《静水深流:哲学遐思与文化断想》分哲学遐思、文化断想、读书札记、思想对话、学术演进四章，主要内容包括：哲学的位置在哪里；哲学的作用是什么；哲学思维的特点；历史哲学：在哲学和历史学的交叉点上等。
- 重读马克思：我的学术自述（代序）
- 哲学遐想
- 哲学的作用是什么
- 哲学思维的特点
- 历史哲学：在哲学和历史学的交叉点上
- 批判历史哲学的基本特征及其启示
- 后现代历史哲学对历史客观性的质疑
- 重新理解马克思哲学所实现的哲学变革
- 马克思的哲学：形而上学批判、意识形态批判和资本批判的统一
- 唯物史观的创立：“双桅船”不断前进的历史
- 唯物主义历史观本身就是一种方法
- 以实际问题为中心研究马克思主义
- 马克思主义中国化：问题与实质
- 面向21世纪的中国化的马克思主义
- 中国马克思学：文献学还是文本学
- 西方“马克思学”视野中的马克思主义哲学
- 西方马克思主义对历史唯物主义的重建
- 异化、人道主义与马克思主义
- 南斯拉夫的“实践派”和“辩证唯物主义派”
- 深入而全面阐释马克思主义哲学的基本观点
- 马克思的世界概念
- 一般和个别不等于共性和个性
- “悖论”与思维本身的矛盾性
- 历史必然性的重复性与历史事件的不可重复性
- 社会发展中的自然形态与派生形态
- 人的本质与人的本性
- 人是生命冲动与精神活动的统一体
- 人的个性化与社会化
- 时间是人的发展的空间
- 重建公平
- 人文关怀的取向与历史尺度的坚守
- 文化断想
- 传统与现代性的冲突：两种异质文明的冲突
- “黄色文明论”与地理环境决定论
- 文化的实力在文化之外
- 奥运：在文化和哲学的视域中
- 展示独特的话语空间
- 《国外马克思学译丛》的出版旨趣
- 《钱玄同文集》的出版旨趣
- 《启功全集》的出版旨趣
- 粉本大千世界
- 社会科学方法的西方走向
- 高等文科教育改革：路在何方
- 读书札记
- 邓小平哲学思想的特色——读《邓小平文选》
- 艰难中的创造——读《社会学大纲》
- 曲折中的探索——读《马克思主义哲学基础》
- 夕阳中的黄昏——读《哲学导论》
- 危机中的重建——《唯物主义历史观的现代阐释》序言
- 寥廓江天万里霜——读《走向历史的深处》等
- 当代马克思主义哲学的研究纲领——读《马克思主义哲学的当代视野》
- 当代中国伟大变革的宏伟交响——读《大转变时期》
- 开辟从本体论认识现实的道路——读《马克思哲学本体论及其当代意义》
- 卢卡奇物化理论的双重逻辑——读《卢卡奇的物化理论及其演变》
- 走近工程哲学——读《实践哲学视野中的工程》
- “真话”、“新话”、“家常话”——读《从怎么看到怎么办？》
- 实践唯物主义研究：中国学者的“知识产权”——《唯物主义的现代形态》前言
- 理论的深度与思想的容量——《当代马克思主义哲学研究文库》序言
- 以哲学的方式反映和引导现实——《东方的崛起》序言
- 领悟日常事物——《杨耕自选集》后记
- 多少往事烟雨中——《危机中的重建：唯物主义历史观的现代阐释》后记
- 沉思往事与发现未来——《为马克思辩护》（第二版）后记
- 渴望思想平静——《为马克思辩护》第三版后记
- 思想对话
- 唯物主义历史观的当代意义
- 哲学家的当代良心和使命
- 马克思：现代哲学的开创者
- 马克思：从“天上”回到“人间”
- 今天马克思仍然“在场”
- 深化对社会主义的认识
- 行走在哲学与出版的路途上
- 在学术传播与市场运作之间
- 学术演讲
- 苏联马克思主义哲学模式的形成、特征与缺陷——在复旦大学的演讲
- 后现代主义的崛起及其实质——在华中科技大学的演讲
- 附录
- 与哲学连成一体——访杨耕教授
- 书缘人生——访杨耕教授
- 后记