然而，王安石变法推行之初，朝中的保守力量如司马光、文彦博等就以“妄改祖宗之法”为理由，极力反对新法。王安石对此的应对充满了自信，留下了著名的“天变不足畏，祖宗不足法，人言不足恤”[11]的“三不足”之说。20岁就即位的天子宋神宗也以少年人的勇气和君主的强制力，一力相助变法的推行。司马光、文彦博等人相继被罢官，新法才得以施行；但是变法派同保守派之间的激烈斗争始终未停止，新法所蕴含的各种问题和冲突也导致斗争的进一步发展。

新法的主要内容如前所述，涉及事项涵盖土地、水利、耕种、赋税、兵防、市易等多方面内容，这些都是关系到国计民生的大事。不同于庆历新政直接以改革政治弊端为主要内容，王安石变法的切入点和改革重点集中于经济和军事领域，是以“富国强兵”为主要目标的。王安石有多年地方执政经验，深谙北宋地方弊端，变法的多项内容也曾进行过小范围的试验性推广，故而推行之初，进展还较为顺利。但伴随着变法的全面实施，各种矛盾和问题也纷纷暴露。以青苗法为例，青苗法的实质是一种小额的农业贷款。宋朝粮食产量较低，自耕农储粮受自然条件限制，往往储量较少，经历一冬之后，至第二年春播时分，多有农民陷入无粮可种的局面。故而，青苗法规定由地方政府出资，在春播时节给农民提供低息的小额贷款，助其渡过难关，秋收之后再将所贷本息收回。这一方面保证了农民的基本生活；另一方面保障了自耕农的利益，抑制了地方豪强对农业的操纵，也就保障了自耕农对土地的控制，抑制了土地兼并。自耕农的权益得到了保障，也意味着国家能够有稳定的税收来源，增值的贷款可以弥补地方政府的财政亏空，不管从哪方面看，都是利国利民的良法。但事与愿违，在各级官吏与地方豪强势力的联手下，这一良法很快就成了一种恶法。青苗钱的利息非常低廉，但是地方官吏为了获得高额收益，往往设置各种门坎，增加借贷难度，有些地方还私自提高贷款利率，榨取农民收益。官吏与地方政府成为青苗钱的最大受益者，农民却承担了所有的经济负担。农民畏惧青苗钱不愿贷款，政府为了私利也往往强制推行。中国古代农业经济受自然条件限制，秋后收成往往难以估算，但即使遇到天灾，如狼似虎的官吏也是不问收益，一定要收回本息。长此以往，青苗钱成为压在农民头上的另一重负担，苦不堪言。青苗钱也成为保守派批判新法的主要例证，一力反对新法的士大夫领袖范镇，在给宋神宗的奏札中就尖锐指出：“养民而尽其财，譬犹养鱼而欲竭其水也。今之官但能多散青苗、急其期会者，则有自知县擢为转运判官、提点刑狱，急进侥倖之人，岂复顾陛下百姓乎？陛下有纳谏之资，大臣进拒谏之计；陛下有爱民之性，大臣用残民之术”[12]，尖锐指出青苗钱的实质是在与民争利、为国敛财，完全背离了抑制高利贷、维系民生的本意，成为地方官员的进身之阶。

面对变法导致的重重危机，王安石并非全无应对之策，但在法制建设和监督机制还颇为薄弱的中国古代社会，王安石能采取的手段也只不过是多派巡视官员，命令他们监督地方，督促和整顿新法的实施。然而情况往往是，巡视官员一旦来到地方，脱离了中央的管控，很容易在利益和人际关系的诱导之下，与地方官员沆瀣一气，成为地方官员盘剥农民的帮凶。薄弱的法制无力制裁官员的贪欲，体制内的监督往往因为利益的一致性，而成为欺上瞒下的帮凶。官员通过对权力的分赃获取了大量的利益，社会矛盾却被进一步激化。

熙宁七年（1074），王安石第一次罢相，变法活动受到重挫。一年后王安石虽又复相，但失去了宋神宗的信任，变法前途堪忧，其重点也逐渐过渡至官制改革。元丰三年（1080），宋神宗在蔡确、王珪的协助下，对职官制度作了改革。宰辅制度恢复了唐三省制规模，以尚书左、右仆射为宰相，左仆射兼门下侍郎，行侍中之职，右仆射兼中书侍郎，行中书令之职，借以发挥中书揆议、门下审复、尚书承行的职能，实际上权归中书。同时，参知政事改称中书侍郎、门下侍郎和尚书左、右丞。同年八月下令，凡省、台、寺、监领空名者一切罢去，使各机构有定编、定员和固定的职责；许多机构便或省或并，如三司归户部和工部，审官院并于吏部，审刑院划归刑部。过去“官”仅用以定禄秩、序位著，此次改革，一律“以阶易官”，自开府仪同三司至将仕郎共为25阶，此后升迁、俸禄等都按新定的《元丰寄禄格》办理。元丰改制以《唐六典》为准，所看重的也是因为唐朝官制似是模拟古制而来。然而《唐六典》官制因循《周官》之名，但实则与周朝官制无涉。王安石的改革活动虽以经济为出发点，但从《万言书》开始，对官制的治理和对道德的重构，就一直被他所重视。经济改革阻力重重，元丰改制的复古，实有恢复古礼、效法“春秋”的意味。但是，官制改革一直浮于表面。元祐四年（1089），时为右谏议大臣的范祖禹上疏，要求“尽复祖宗之法”[13]，其中对元丰改制亦有批评，称“有司亦失先帝本意，一切遵用唐之六典，大唐六典虽修成书，然未尝行之一日，今一一依之，故自三省以下无不烦冗，重复迂滞，不如昔之简便”[14]。