道教经典东汉时有《太平经》、《老子想尔注》、《周易参同契》、《河上公章句》等。随着道教的发展和佛教的兴盛，道教需要更多的经书扩大传播以抗衡佛教，因此，道教信徒不断改编前代道书。魏晋时有《三皇文》、《五岳真形图》，《五岳真形图》是魏晋方士所编制的符箓图书，内容涉及召神劾鬼、堪舆、卜问吉凶、治病除灾等。两晋之间有葛洪的《抱朴子》，经过东晋时期的发展，更多的道教经典出现，并促使新的道教派别产生。这一时期主要的经典有《上清经》、《灵宝经》，由此而形成上清派和灵宝派。

《上清经》是由一组经书组成，据南朝陶弘景《真诰》记载在晋哀帝兴宁二年（364）太岁甲子，由南岳魏夫人下降授予弟子琅琊王司徒杨羲，使作隶字写出，杨羲后传许谧及其子许翙。南岳魏夫人即魏存华，是西晋司徒魏舒之女，任城人。她自小好道，经常别居闲处。奉父母之命结婚后生有二子，当儿子长大后，即斋于别寝。她拜清虚真人为师，真人授其《太上宝文》、《大洞真经》等经。北方战乱渡江南下，年83岁，托剑化形而去。《上清经》托魏夫人授予杨羲，实际上可能是杨羲等人所编撰。《上清经》中的一些篇章在魏存华时已出现，在《上清源统经目注序》和《上清经述》都提到魏存华从清虚真人王褒接受《上清经》，但清虚真人是汉代人，与魏存华并非生活于同一时代，是假托古仙人所作。魏夫人还从上真景林夫人得到《黄庭内景经》，是天师张道陵传授给她的治精治鬼法。从此《上清经》才流传行于世。杨羲假托魏夫人下降授以《上清经》，后又以之传授给许谧及其子许翙。许翙之子许黄民在其父去世后收集杨羲、许谧、许翙3人所写经符秘箓，在亲戚间传布。从《上清经》流传过程来看，应该是杨羲、许谧、许翙等人不断改造而成。

由奉行修持《上清经》产生了道教内部一个新的派别即上清派。上清派的形成与天师道密不可分，是天师道分化的结果。被上清派奉为祖师的南岳魏夫人担任过天师道祭酒，杨羲曾得到许谧的推荐做了公府舍人，曾从魏存华长子刘璞处得到《灵宝五府》。杨羲与许氏关系密切，许谧是丹阳句容人，出身士族，即道士许迈之弟，都曾师从鲍靓，是世代奉道的家族。上清派的开创者都出身士族，是他们对民间道教进行改造而成。

《上清经》的内容繁杂，包含道教的众多道术，如金丹服食、导引、召神伏魔等。但最为重视的是存思守一法，是上清派重要的修炼方法。人体身上各部位都有神灵驻守，其中三丹田最为重要。三丹田指上、中、下一处丹田，上丹田在眉间入3寸，中丹田为心，下丹田在脐下3寸。人们通过存思固守身上各神，即可开生门，塞死户；另外还配以诵经念咒，叩齿、咽津等方法，即可治病长生，甚至飞升上清名列仙籍。上清派的另一经典《黄庭经》的内容与《上清经》相似，也是主张以存思之法镇守身上各部位的神以达到长生久视。总之，上清派比较注重精、气、神的修炼，不重视符箓服食，主张通过炼神而炼形。

灵宝派与上清派大致同时出现，信奉修持的是《灵宝经》系列的经书。《灵宝经》中的《灵宝五符》，东汉袁康《越绝书》里记载：“昔禹治水于牧德之山，遇神人授以《灵宝五符》”[31]，传说大禹治水时得到神人传授，后来把它藏在洞庭的包山，这说明在东汉时可能已有灵宝符出现。葛洪在《抱朴子》中也提到《灵宝经》有《正机》、《平衡》、《飞龟授袟》3篇仙术，春秋时代吴王伐石得之。不过这都是道士们的杜撰。《云笈七签》记述了《灵宝经》的传授世系，提到“有葛孝先之类，郑思远之徒，师资相承，蝉联不绝”[32]。葛孝先即葛玄，《三洞并序》则是说葛玄传郑思远，思远传玄从弟葛奚，奚付子葛悌，悌付子葛洪。但这传授世序在葛洪《抱朴子》里并未提到。因此，《灵宝经》的一些篇卷可能在汉末以来已有流传，但真正形成系统应从葛巢甫开始。“葛巢甫造构《灵宝》，风教大行”[33]，葛巢甫是葛洪的从孙，后传任延庆、徐灵期。汉末以来的流传《灵宝》经符经过葛巢甫等人的增添构造，已形成系统，灵宝派另一经典《度人经》也大致出现于这个时候。从此之后“世世录传，支流分散”，影响日广，形成一个新的道教派别。

灵宝派也受到天师道的影响，修炼方法注重符箓科教，《灵宝五符经》上卷讲存思服气，中卷为服食草木的药方，下卷是吞服或佩带符箓以辟邪。但更强调斋仪，灵宝派认为斋戒是立德之本。灵宝派和其他派别不同之处还在于它认为修炼不仅是个人得道成仙，应该“普度一切人”。如果只顾自己修炼，不念度人；不行大乘之法，只好乐小乘之法，只能成为地仙，无法成为天仙。灵宝派度人的大乘思想产生于晋末，显然是受到当时佛教的影响。灵宝派把修道与儒家思想相结合，灵宝派有三合成德的理论，三指道、德、仁，只有三者相融合，才能得道成仙，灵宝派还制定戒规不得乱语和论及世务。

上清派和灵宝派都是经过对民间道教改造形成，比较符合上层社会，更有利于传播。道教新经典的出现，是道教发展过程的需要，丰富了道教的教义和修行方法，从而又促进道教的进一步改革和发展。