西晋灭亡后，大批士人南渡，天师道在江南的流传加快，上层士族很多家族都世代信奉天师道。从北方迁来的侨姓士族中如琅琊王氏、高平郗氏、陈郡殷氏、颍川庾氏、阳夏谢氏、谯国桓氏、汝南周氏等都信奉道教。

据《晋书·王羲之传》载“王氏世事张氏五斗米道，凝之弥笃”，学者考证琅琊王氏事奉五斗米道，可上溯至其先祖与方术道士交往的家世渊源。王羲之是王氏家族中信奉天师道的代表人物，王羲之是东晋名相王导的从子，其传记中说他雅好服食养性，他和道士许迈一起“共修服食，采药石不远千里，遍游东中诸郡”[24]。他的儿子王凝之尤为笃信，任会稽内史，遭到孙恩军队的攻击，却不做任何的防备，因为他已祷请大道以鬼兵相助，最终被孙恩所杀。

高平郗氏与王氏世代通婚，郗鉴及其两个儿子都信奉天师道。谢万曾说：“二郗诌于道，二何佞于佛。”[25]二郗所指为郗鉴的两个儿子郗愔和郗昙。王羲之是郗愔的姐夫，他们并有“迈世之风，俱栖心绝谷，修黄老之术”[26]。陈郡殷仲堪也是道教的狂热信奉者，《晋书》本传记载他自小信奉天师道，精心事神，每天都要读《道德论》。

江南吴郡大族中也有许多家族崇信道教，著名者如葛氏、许氏。葛氏中的葛玄、葛洪都是道教中著名的道士。与王羲之交往密切的道士许迈出身丹阳许氏士族，也是世代奉道。许迈不慕仕进，精心道法，曾师事鲍靓。

钱塘杜氏家族也是世奉五斗米道，东晋时杜子恭创立了教团。杜子恭是吴郡钱塘人，通灵有道术，自小信奉天师道，精通符箓禁祝等道术。他能够做到行己精洁，虚心拯物，不求回报。后来他立治宣教。由于他善治病，能够预测人间善恶，因此他的信徒非常多。当时江南豪富之家和权贵之门都事之为弟子，对他非常恭敬。杜子恭本身即出身士族，他与当时的名流都有交往，如王羲之、谢安、桓温等人。谢氏家族中的谢灵运出生后即被送到杜家静室寄养。杜子恭不仅在上层社会有众多信众，在下层民众中更拥有大量的信徒。杜子恭死后，虽然其所创立的教团由他的弟子孙泰统领，但杜氏子孙也仍是世代信奉天师道，南齐的杜京产即杜子恭玄孙，其家族是“世传五斗米道”。

接替杜子恭统领教团的孙泰属于另一世奉五斗米道的士族，孙泰与西晋时的孙秀是同族，是琅琊人。琅琊孙氏是门第相对较低的士族，也是“世奉五斗米道”。孙泰以道术与上层社会的王公士族多有交往，曾仕宦，官任辅国将军，新安太守。他看到东晋政局混乱，以为晋朝气数已尽，企图参与政治权力的争夺。于是他煽动百姓，私自纠集徒众，三吴士庶多追随之。孙泰作为教团首领私自纠集徒众的行为引起统治阶层的疑惧。统治阶层害怕他作乱，之后被当时执政的司马道子诛杀。孙泰被杀身死，然而他的弟子们并不这样认为，他们认为孙泰是蝉脱登仙了。他的侄子孙恩继承其业，继续统领其徒众。孙恩逃到海上，纠合徒众，等待时机，志在为孙泰复仇。隆安三年（399）司马元显纵暴吴会，征发江南八郡免奴为客之人当兵，激化百姓原本就对官府不满的情绪。孙恩趁机从海上率部众袭击会稽（今浙江绍兴），击杀会稽内史王凝之。孙恩的起事得到贫苦下层民众的支持，当时东晋境内的八郡都有民众起来响应，“一时俱起，杀长吏以应之”[27]，短短10多天即聚众数十万。孙恩起事遭到东晋镇压，元兴元年（402），孙恩被临海太守辛昺打败，穷蹙之下，赴海自沉。其余部众为其妹夫卢循所领，南下广州。义熙六年（410）卢循与其姐夫徐道覆率众北上，被刘裕击败。卢循逃到交州后，自投水而死。孙恩起事利用了道教民间组织，其过程也反映出许多民间道教的一些原始落后的特点，如狂热迷信、嗜杀等。孙泰、孙恩死后，其徒众都认为他们是仙解。孙恩赴海自沉，其部众“谓之水仙，投水从死者百数”[28]，只有狂热的宗教信仰才会使得他们自愿追随其教主去投水从死。《晋书·孙恩传》记载，在孙恩起事中，孙恩称其党为长生人，并下令诛杀异己，甚至戮及婴孩，由是死者十有七八。其部众所到之处“皆烧仓廪，焚邑室，刊木堙井，虏掠财货”[29]。有些妇女因有婴孩之累不能跟随去，便用囊簏盛婴儿放置河水之中，并祷告说：“贺汝先登仙堂，我寻后就汝”[30]。这些记载既反映出起事者诛杀异己的残酷和对道教中成仙的狂热迷信，又反映出徒众对现实痛苦生活的绝望，才会把自己的孩子投水送上仙堂。孙恩起事沉重打击了流行于江南地区的五斗米道，战争中不仅起事的徒众死者数以十万计，不少信奉五斗米道的士族官僚也被杀。孙恩起事促使道教进一步分化、推动道教信徒对道教进行整顿改造。

北方在晋室南迁后，虽然大批信奉天师道的士族南迁，但北方的道士仍然十分活跃。十六国政权的统治者一方面崇信佛教，同时也宠信和重用道徒方士。道士台产隐居于商洛南山，他精通天文、洛书、风角、星算、图谶之学，尤其善于望气、占候、推步之术。前赵刘曜闻其名而重用，官至太子少师，封爵关中侯。道士王嘉，据说不食五谷，能够预测吉凶，还会隐形之术。不管他隐居到哪里，都会有徒众跟随而至。曾得到前秦苻坚、后秦姚苌的礼遇。除此之外，史籍中还许多道士活动的记载。