1864年6月1日，天王洪秀全死了。

他是首义六王唯一的一个死于卧榻上的，所谓寿终正寝。

洪秀全得病于5月中旬，时好时坏。李秀成说：

此人之病，不食药方，任病任好，不好亦不服药也。……天王之病，因食甜露病起，又不肯食药方，故而死也。

李秀成说洪秀全得病是因食草团开始得病，这是写给曾国藩读的。意在贬低洪秀全。其实洪秀全不会吃草团，他吃草团那是做做样子，要围城里的军民向他学习、看齐。可是很少有人相信他的“天话”，要是有多人跟着吃草团，何以不死？

洪秀全生前，儿子幼主洪天贵福每天向他请示三次。洪秀全患病后就免去了，洪天贵福因为多天未见天王，知他是得病了。但因天王并非天天上朝，天天接见重臣，所以外间人等不知道，洪仁发、洪仁达不知道，李秀成也不知道。后来才风闻得了重病。

洪秀全病死时，第二号女人、又正月宫的元配赖娘娘和儿子洪天贵福都不在身畔，洪仁发、洪仁达不在身畔，李秀成也不在身畔。

天王的遗体，是道州宫女黄某等几人用黄缎包扎、不用棺木作安葬的。没有什么隆重仪式，按太平天国传统法则，天王是升天，是回归到上帝父亲的大天堂处去了。他与皇上帝父子团圆，与大哥耶稣重聚，与天上的第一号女人、正月宫欢会，是喜事，是大好事。洪秀全死后当即下葬。

洪天贵福应当是参加了最后的葬礼。他被俘后回忆说：“十九日老子死毕，是遣女宫来葬的。葬在新天门外御林苑东边山上”，“尸身未用棺椁，以随身黄服葬于宫内御林苑山上。”

李秀成没有参加葬礼。他是在天王死后两天才知道的，所以他在供词里说洪秀全四月二十三日（6月3日）而亡。

曾国藩为邀功，把洪秀全病死改为服毒自杀。

洪秀全没有遗嘱留世。后来人有向望太平天国、歌颂天王，为他病重时编了诏书与宫内外臣工：“大众安心，朕即上天堂，向天父天兄领到天兵，保固天京。”

还有好事者为突出李秀成的忠义，有意编造天王临死时的追悔：“天王唏嘘执秀成手曰：朕惩于东杨，惑于四王，能任汝而不能信汝，以至于此，今无及矣，出亦何益。朕已与天父约，誓殉此城矣。秀成泣涕，不能仰。”（《太平天国野史》卷十三）又编有洪秀全临死前夕，与两兄谈话：“天王唏嘘泣下，复曰：我前疑秀成，质其母妻，减其兵力，今知其心无他，朕甚悔之。”（《太平天国野史》卷一）

其语其事皆子虚乌有。

李秀成供词里为讨好清廷和曾国藩，对洪秀全作有不少的诋毁，其中不少是言不由衷，但也有出自肺腑之言。在供词结尾的“天朝十误”，与天王直接有关，这就是他对天国晚期朝政与洪秀全的批评，共有五条：

六、误主不信外臣，用其长兄次兄为辅，此人未有才情，不能保国而误。

七、误主不问政事。

八、误封王太多，此之大误。

九、误国不用贤才。

十、误立政无章。误国误命者，因十误之由而起，而性命无涯。

清兵发掘天王尸首（吴友如《点石斋画报》）