攻破江南大营陈玉成部是立有首功、大功的，苏南地区攻取也是靠陈玉成和李秀成、李世贤齐心协力取得的。陈玉成当然要想在苏南有一席之地，李秀成却要把苏南打造为自己独家经营的管辖区。
太平天国倒退了。东王杨秀清时期的天京中央高度集权制，随着东王被杀、天京内讧，中央权力受到了削弱。到了后期，各个大小军事领袖在战争实践中都懂得有军才有权，有军才能不倒的道理，而拥有自己和自己家族固有的军队，必须要有供养军队的财赋、土地。
李秀成直隶的军队经过歼灭江南大营、东下苏常，沿途有了成倍的扩充。他拥有十余万人马。
李秀成的军队和陈玉成的军队，是同时进入苏州的，陈玉成的部将，还先后夺取丹阳、无锡、江阴、常熟等地。李秀成很讨厌陈玉成部将的介入，担心陈玉成会分尝杯羹。陈玉成部是当时太平天国中拥有老兄弟最多，装备最好，战斗力最强悍的一支大军。天京内讧后太平天国战胜敌人的重大战役如三河之战、攻破江北大营之战以及此次攻灭江南大营、东下苏常，都处处有他着力，且起了根本性的作用。可以说，没有陈玉成军队的全力以赴，李秀成仅以本部人马，是不可能占领苏南诸城的。以太平天国习惯的那种夺城占城法则，陈玉成要分占苏南大部分地区，至少是他的部将已所占领地区。他在天京、安庆都设有王府，为了进入苏南，名正言顺，又在常州、苏州建立英王府，发号施令，指挥所部将士。
李秀成以已度人，先作打算，在进入苏州后，就开始排挤陈玉成。他有意在本地民众散布陈玉成部队的暴虐、害民，而自己是仁慈、爱民。
1860年6月5日（四月十六日），李秀成在占领苏州的第四天，就别有用心地于苏州城乡，“四处贴出告示，略论：本月二十八日，英王将移兵本城，尔等善良之庶民，本无罪孽，若遭涂炭，事尤可哀。故此，自今日起至明晚止，应速散去，倘若迟滞，待英王兵至，忠王虽爱惜苍生，恐亦无能为力，等等。适大开苏州六门，放出百姓。盖闻此英王者，一向草菅人命，所到之处，不同男女老幼见则必杀，健壮之民，悉令从事。顺之者生，逆之者亡”（程家棠《避难纪略》）。
这类中伤英王出自太平天国高层李秀成的语言，自有很大的杀伤力；当然李秀成亦全非妄言，陈玉成部和其他多家太平军，如杨辅清、刘官芳等部都不懂得治理民众、安居乐业，反而强制民众从军和服各种劳役。
李秀成因此为自己在民众中留下了爱民的印象。
陈玉成和所部将士为占领苏南流血亦流汗，当然不会轻易放弃苏南这块物华天宝的富庶之地。当时记载就有：“江阴、常昭两县为英逆麾下攻取，苏省为忠逆独占。陈逆不慊，每择繁华市镇，多设一卡，归英逆管辖，以资军需。”（华翼纶《锡金团练始末记》）
同患难易，共富贵难。李秀成和陈玉成为既得利益的分配，发生了碰撞和倾轧。
两人的冲突明朗化就在争夺常熟的主持权。
常熟是陈玉成部定南军主将黄文金、大佐将李远继攻占的。黄文金等执行太平天国传统的征贡和圣库制，搞男营女营，因改变了民众生活方式，引起了社会动**和民众怨恨。李秀成就以“统下擅违限期，不先申禀缘故”，责令黄文金率定南军回守原驻地安徽芜湖，而派心腹慷天燕钱桂仁率同骆国忠、董正勤等前来驻守。李秀成如此调动，行使苏福省最高统帅权力，不需通知陈玉成，以守将更换，就把常熟控制在自己管辖之中。陈玉成相当愤懑，“不肯独让主张，亦拨评天福侯逆前来监守。一应民间事务归钱逆作主，军令口号侯逆作主，均于今日入城。”（《海虞贼乱志》）“侯逆”，即侯裕田、侯贤提，在攻取南京、武昌前就参加了太平天国，资历、官爵都高于地主钱桂仁，陈玉成选择侯裕田，以此压制钱桂仁。钱桂仁奉行李秀成指示，且在多处违制，如组织戏曲班子搭台唱戏，请僧人做道场；侯裕田坚持太平天国既定方针，加以阻止，甚至亲自出场打翻香案，赶走僧人。两人常闹得不可开交，还曾同书上奏苏州李秀成、常州陈玉成。陈玉成鞭长莫及，李秀成公开支持钱桂仁所作所为。一年后，侯裕田被挤出常熟，到天京担任天京水师主将，做一个麾下无战船的乘轿子将帅。
因为李秀成与陈玉成交恶，9月，洪秀全派洪仁玕前来苏州调停。此事连基层也传遍了。时人有记：“八月间，伪天王弟洪军师到苏，即调停英忠二酋误会也。贼中互相猜忌如此，然忠酋外柔内刚，深得民心；英酋恃勇而骄，人皆惮之，江南无立足之地。”（《锡金团练始末记》）
洪仁玕本因陈玉成支持自己的改革引为同志，但此时正拟与李秀成商定联络外国友人进攻上海事宜，为促使李秀成能顺利东征上海，竟然袒护李秀成。
陈玉成的部队在苏南以征服者姿态，本着纳贡对民间勒索，这在新区颇为地方民众反感。李秀成却改变了传统的勒索，而与地方各界合作，尽力解除、减轻社会动**，给民众有安身立命之处。因此颇得民心。
相形见绌。陈玉成不得人心，不得民心。
陈玉成又心挂两头，因为安庆危急，不得不陆续撤走刘昌林、赖文光等随征苏南的主力部队，不少攻取驻守的县镇也只得主动放弃，交由李秀成部队接管，之后只留有贴近天京、属于天京省的丹阳城，由族叔陈时永镇守。
1860年9月，陈玉成无奈要离开苏南，返回安徽战场。离前，他曾亲赴苏州，与李秀成晤面。有史料称，他是为“会商大计”，要李秀成迅速组织西征大军，实施解救安庆的计划。这是继洪仁玕来苏调停后的事。
李秀成在忠王府隆重款待陈玉成，但双方谈得甚不融洽。李秀成无心即赴天京上游，引起陈玉成不满。据《磷血丛钞》称：陈玉成“至苏之日，忠殿设宴相款，予亦在座，亲闻其语，然犹欲小作勾留。酒半，忠府女乐八人，来相侑觞，即令伴宿。天未曙，忽传令拔队去，语忠殿侍人云：寄语尔主，吴中女兵，势不可当，欲建事业，其速去苏，我不及面语尔主矣。”
黎明，陈玉成不辞而别。李秀成独霸苏南的目的终于达到了。
李秀成颇有城府，头脑比他简单的陈玉成，实际战斗经验虽比他丰富，但于政治舞台、人际复杂关系处理，就差得多了。李秀成赶出陈玉成，正是农民私欲的既得利益的不断膨涨的表现。亦即同时代的太平将帅黄文英对他的批评写真：顾已不顾人。
从此两人的友谊走进了死胡同。
他们都是近代农民。近代农民领袖在造反取得某些胜利时，都摆脱不了这条规律：共患难易，同富贵难。
可是，过去若干有关李秀成和陈玉成传记都是非常认真地写实两人牢不可破的友谊。其中较早也颇受后来太平天国史学者们所注意的是1923年王文濡编写的《太平天国野史》，说陈玉成“在军中与李秀成独相得，洪仁玕倾轧秀成，玉成每调解之，玉成死，秀成闻之，叹曰：吾无助矣”（《陈玉成传》）。“阴指秀成为叛逆，而出之于江苏，秀成将行，叹息曰：英王死，吾无以自介于干王矣！先是秀成攻苏州，城全克，仁玕忌其功，为天王作事谕秀成……陈玉成自安徽驰书止之，秀成始得克江苏。仁玕又尝以外交家自命，以寄书招白齐文，欲任以军事……秀成建议白齐文浮滑不可持，实无战才。仁玕怒斥秀成通敌阻大计，欲诛之，玉成复为介之，固得免。玉成，仁玕之妹婿也，有功于仁玕；仁玕信之，故秀成云然。”（《洪仁玕传》）此书还参照传统文化忠佞之争故事，编造李遭毁害，赖陈相护，以至还不惜于陈玉成被俘、与清人裕朗西论评太平天国将才，故意在字里行间添上原来没有的李秀成名讳，“乃举太平朝诸将以绳之，则曰：皆非将才，惟冯云山、石达开、李秀成差可耳”（《陈玉成传》）。
此后半个世纪的许多太平天国史著作凡涉及陈玉成和李秀成关系，多循此为据，誉美这是农民英雄一种无可伦比的德行，同气相求的阶级友爱；并称之为两人合作则天国存，两人分道各自为战则天国危。它还见自某些戏剧，如20世纪40年代初风行大后方的话剧《忠王李秀成》（欧阳予倩著）。也有以陈李真挚友谊作插曲的，生动地写明李秀成听到英王因天王封锁长江，致使被迫北走寿州被俘而悲愤失去了“好兄弟”。这种叙述和描写，是有悖于史实的。