鉴于诸位大臣的意见，也考虑到大唐王朝的稳定，唐太宗始终克制自己不要废立太子。然而，贞观十五年（641年）初，唐太宗为胜利平定高昌宴请群臣。在庆功宴上，唐太宗兴致很高，与诸位大臣讨论高昌为何会灭亡。看到唐太宗兴致勃勃，魏徵趁机进谏，向唐太宗讲述了汉高祖刘邦未能废嫡立庶，使汉朝传承几百年的历史，借此劝谏唐太宗必须听取大臣们的意见，慎重地思考废立太子的事情。唐太宗闻言心生不悦，却没有当众斥责魏徵。此后不久，唐太宗外出巡幸，让尚书右仆射高士廉辅佐太子李承乾监国。

贞观十六年（642年），有一天，唐太宗与诸位大臣讨论国事，问大臣们当前国家里最紧急的大事是什么。谏议大夫褚遂良趁机劝谏唐太宗：“当今天下，太子之位稳固是最紧急的大事。”唐太宗对于褚遂良的意思心知肚明，当即感叹道：“诸位爱卿所言极是。现在，朕既然已经立下太子，诸位爱卿就不要再猜疑，而是要为朕遍访贤德之人，辅佐太子早日成器。”从此之后，唐太宗知道诸位大臣都不支持他改立魏王为太子，只得限制诸王的权力，巩固东宫的地位。

一直以来，唐太宗都很信任正直、无私的魏徵。因此，他当众任命魏徵担任太子太师，以匡正太子李承乾的君德。他大公无私地昭告大臣们：“满朝文武，魏徵最为忠直。现在，朕派魏徵辅佐太子，你们可以不再猜疑朕准备废立太子了。”

当时，魏徵大病初愈，当即上表请辞太子太师。唐太宗下诏给魏徵：“爱卿知道废嫡立庶会危害国家，就应该担任太子太师，助朕维护太子的地位。”魏徵深明大义，知道匡正太子之责关系到大唐王朝的江山社稷，也知道唐太宗委任他担任太子太师是对他给予重任，因而接受了这个艰巨的任务。

自从贞观十年（636年）之后，唐太宗表现出废立太子的想法之后，朝廷中的文武百官已经形成了派系，政局略显混乱。有些大臣是支持唐太宗立魏王李泰为太子的，此刻看到唐太宗的态度又发生了转变，全都鼓动李泰发起攻势，主动出击。李泰当然也对太子之位垂涎已久，因而就开始散布流言，说自己将会取代李承乾成为太子。与此同时，他还发展魏王府的势力，想要瞅准机会夺取政权。

贞观十七年（643年），郑国公兼太子太师魏徵因病去世。唐太宗回忆起魏徵大公无私、忠心耿耿的一生，哀叹自己失去了一面镜子。与此同时，太子李承乾也失去了一位忠诚的教导者，更失去了保护他的屏障。李承乾整日担心自己的太子地位即将不保，居然天真地认为只要除掉李泰，他就没有了后顾之忧。在这种想法的驱使下，他派人去刺杀李泰，却以失败而告终。后来，他又召集了很多心腹，想要起兵夺权。

贞观十七年（643年），唐太宗的第五子、齐王李祐起兵造反，很快就被平定了。这次叛乱使得唐太宗得知太子李承乾也正在密谋政变。唐太宗大为震惊，当即命几位大臣配合相关机构一起调查这件事情。最终，调查小组认定李承乾的确在谋反。唐太宗先是下诏废黜李承乾太子之位，将李承乾贬为平民，囚禁于右领军，后又下令把李承乾流放到偏僻之地。自此，朝廷中的各方势力都对太子之位虎视眈眈，却都不敢轻举妄动。

魏王李泰曾经最有希望被立为太子，因而此时按捺不住，蠢蠢跃动。他心急如焚，居然对唐太宗发誓：“如果父皇能立儿臣为太子，将大位传于我，那么儿臣保证会在临死之前杀死自己的儿子，把皇位传于晋王。”得知李泰的这番言论，谏议大夫褚遂良直言进谏，让唐太宗不要被这种奇怪的论调所欺骗。唐太宗自此不再有立李泰为太子的心思。后来，唐太宗想要立隋炀帝之女杨氏的儿子李恪。但是，李恪是庶出，继承的资格排在嫡子后面。因此，长孙无忌当即推荐立晋王为太子，并且劝谏唐太宗要早下决定。

早在唐太宗还在秦王府时，长孙无忌就忠心耿耿地追随唐太宗。此外，长孙无忌还是长孙皇后的哥哥。不管哪位皇子谋反，长孙无忌的子孙都不曾参与其中。为此，到了晚年，唐太宗非常信任长孙无忌。此外，长孙无忌和房玄龄、褚遂良等大臣的关系都很好，他甚至能够代表整个关陇贵族集团。而李恪呢？他早年就离开京城，与朝廷里的大臣们没什么往来。因而大臣之中很少有人支持他。综合这些情况，唐太宗开始关注晋王李治。

魏王李泰万万没想到晋王李治居然会成为他争夺太子之位的拦路石，他知道李治性格软弱怯懦，因而私下里威胁晋王李治。李治为此忧心忡忡，唐太宗得知事情的真相后，非常厌恶魏王李泰，这才意识到李泰颇有心计，且对自己的亲弟弟也形成了威胁。为此，唐太宗更加纠结，不知道应该如何决断。唐太宗万万没想到，最终帮助他下定决心立太子的，居然是被废立的太子李承乾。

唐太宗得知李承乾即将被流放，因而与李承乾进行了最后的谈话。通过这番交谈，唐太宗才知道李承乾已经贵为太子，却还要谋反，就是因为几次三番被魏王李泰谋害。正是因为如此，李承乾极力劝说唐太宗不要立魏王李泰为太子，否则魏王李泰的阴谋就得逞了。唐太宗知道李承乾既然已经被废，说的一定是真心话，又想到李泰说的可怕的誓言，他不由得对李泰心生反感。他非常伤心地说：“承乾说得很对，朕不能立李泰为太子，否则就会有更多的人通过阴谋手段获得储君之位。而且，一旦李泰被立为太子，我其他的儿子们就会有性命之忧。”从此之后，唐太宗彻底不再考虑立魏王李泰为太子了。

既然李泰品行恶劣，李恪在朝廷中又没有任何支持者，那么就只有晋王李治是太子的不二人选了。看起来，唐太宗已经没有其他的选择了。贞观十七年（643年）四月，唐太宗对大臣们宣布欲立晋王李治为太子，大臣们纷纷表示支持。很快，唐太宗诏立晋王李治为太子。其实，在唐太宗心中，李治并非太子的理想人选。他深知李治怯懦，担心李治守不住大唐江山。为此，唐太宗亲自选了一大批重臣，以长孙无忌、房玄龄、萧瑀为首，全力教育太子，好让太子快快成长起来。除了委派重臣教育太子之外，唐太宗经常让李治住在他的寝宫旁边，与他朝夕相处，这样他就可以对李治言传身教了。

唐太宗向来器重和信任长孙无忌。现在，在他的大力支持下，晋王李治被立为太子，也对他非常感激，因而他在朝廷里的势力越来越强大。渐渐地，朝廷中形成了以长孙无忌为核心的强大势力。然而，长孙无忌度量狭窄，不能容忍那些与他意见相左的人，所以他就成为了专权者。唐太宗敏锐地意识到长孙无忌的专权很可能会动摇大唐的根基，必须以其他的政治势力去制约长孙无忌的势力。然而，他没有找到合适的势力介入。这时，唐太宗已经迈入老年，他意识到自己很难改变局面，因而必须尽快让李治成长起来。

贞观二十二年（648年），唐太宗亲自撰写了《帝范》这本书。在这本书里，他总结了自己治理国家的经验，从诸多方面进行阐述，也教导李治怎样才能成为合格的帝王。去世时，唐太宗还在遗诏中诏令长孙无忌、褚遂良等人辅佐李治治理国家。正是因为有了长孙无忌、褚遂良等大臣的辅佐，在李治登上王位之后，大唐才能够保持稳步发展。在永徽初年，大唐呈现出“永徽之治”的繁荣局面，足以与“贞观之治”相媲美。