与事功方面相较，钱德洪在学术思想方面的改动较少，主要原因是嘉靖本编撰的原意就是要凸显学术思想，他在序中说道：
吾师阳明先生出，少有志于圣人之学……迩年以来，亟图合并，以宣明师训，渐有合异统同之端，谓非良知昭晰，师言之尚足征乎？《谱》之作，所以征师言耳……然其事则核之奏牍，其文则禀之师言，罔或有所增损。若夫力学之次，立教之方，虽因年不同，其旨则一。洪窃有取而三致意焉。[84]
可以说原先钱德洪编撰之意是以良知之学即为阳明之学，亦即等同于圣人之学的，而这个目的在全书本并未改变，仅仅在个别文字上有些修改，并增加两条按语，而删掉嘉靖本罗洪先原有的按语。文字上的修改可以阳明与湛若水交往事为例（括号内为全书本所删，底线部分为所加），《年谱》弘治十八年条记云：
惟甘泉湛先生若水时为翰林庶吉士，一见定交\[为莫逆\]，共以倡明圣学为事。[85]
很明显，由于湛氏之师为陈献章，亦与阳明同列于从祀名单中，因此加上“倡明圣学为事”，一方面引湛氏门人为同道，不致阻碍阳明从祀，另一方面则标举阳明亦是从事“圣人之学”的。钱氏增加的两条按语，一是：
按：先生立教皆经实践，故所言恳笃若此。自揭良知宗旨后，吾党又觉领悟太易，认虚见为真得，无复向里著己之功矣！故吾党颖悟承速者，往往多无成，甚可忧也。[86]
一方面提醒看《谱》的人说阳明之学是经过实践而来的，非空言立说；另一方面又批评当时有些王门弟子的弊病，将致良知看得太容易。值得注意的是，最后的说法具有“判教”的意味，暗指那些有弊病的王门弟子，实未能领悟阳明之学，亦显示出自己才是真正掌握阳明之学精神的人。第二条是：
先生（阳明）在龙场时，疑朱子《大学章句》非圣门本旨，手录古本，伏读精思，始信圣人之学本简易明白。其书止为一篇，原无经传之分。格致本于诚意，原无缺传可补。以诚意为主，而为致知格物之功，故不必增一敬字。以良知指示至善之本体，故不必假于见闻。至是录刻成书，傍为之释，而引以叙。[87]
此条乃是针对阳明殁后其《大学》观所引起的纷争，来作补充说明。阳明的《古本大学傍释》并未收在《王文成公全书》内，只有《古本大学序》收入，然阳明未曾仔细说明他思索《大学》古今本的过程，因此钱氏特地于《年谱》中此书刊刻之时，加以补充说明其源流。但是，钱氏于此并未采取像《朱子晚年定论》一书同样的做法，就是原文照录阳明所作的《序》，颇令人玩味。笔者认为这跟阳明前后《大学》观的改变有关，因为阳明曾有两《古本大学序》，一是正德十三年七月，一是正德十六年春左右；然而两《序》皆未收入《年谱》内。钱氏的补充说明汲取的是新《古本大学序》内容，但在全书本内，此《序》著作时间仍题作正德十三年七月。因此，在罗洪先的按语中就指出《大学古本序》内容有改变的问题。按语云：
洪先（罗洪先）考先生之学，始而驰骋于词章，既以考索遇奇疾，乃学长生。居夷三年，困顿备尝，无复杂念，而一专意圣学。然在滁以前，喜人静中悟入，已而畏其沉空守寂，不可以经世宰物也。南都后，拳拳于存天理去人欲两言。久之自觉此心本灵，不昧此灵，无往不善，故辛已（正德十六年）以后，方有致良知之说，而教人亦且三变。然其所指良知，固即悟入之处，天理之真，而未尝一有所异。尝语学者曰：“我此良知，苍蝇停脚不得。”盖言微乎其微，学者须用力而自得之，不可以言传，而亦不能以言传也。戊寅歳（正德十三年），叙《大学古本》有曰：“不务诚意而徒以格物，谓之支；不事格物而徒以诚意，谓之虚。”至是增曰：“不本于致知而徒以格物诚意者，谓之妄；支、虚与妄其于至善也远矣。”末又改曰：“乃若致知，则存乎心悟，致知焉尽矣！”似与初本结语若两人然。呜呼！吾党曷亦反覆先生之学，详其始末所由，凡几变而后良知益觉光茔，其无轻于立言哉！[88]
罗氏此按语有两个不得不删的理由：一是他所谓阳明成学过程有三变的说法与钱德洪不同，钱氏云：
先生之学凡三变，其为教也亦三变：少之时，驰骋于辞章；已而出入二氏；继乃居夷处困，豁然有得于圣贤之旨：是三变而至道也。居贵阳时，首与学者为“知行合一”之说；自滁阳后，多教学者静坐；江右以来，始单提“致良知”三字，直指本体，令学者言下有悟：是教亦三变也。[89]
在阳明成学的第二变中，罗氏认为是学“长生”而钱氏则是学“佛道”。另外，在教人之变中，罗氏提出“滁州以前、南都以后及正德十六年”三阶段；钱氏则是“贵州之时、滁州以后及江右以来”三阶段。两人的分法优劣暂且不论，但差异则是显而易见的，因此必须有所抉择。自全书本《年谱》刊行之后，谈阳明思想或教法变化的过程，钱德洪的说法成为很重要的依据。[90]第二则是前面提到阳明《大学古本序》内容改变的问题，罗氏按语点出阳明《大学》观变化的问题，然此问题早被程朱学重镇罗钦顺（字允升，号整庵，1465—1547）提出，并质疑阳明为何遗下“大头脑”？[91]罗洪先按语的原意是想要表达阳明的“良知说”是经过好几次变化，其良知才“益觉光莹”，并以此告诫其同志勿轻于立说。但显然钱氏有不同的考量，一方面，当时在王门内部就已对“良知”究竟为何有不同的意见，争论不断；另一方面，在阳明殁后，外界对其学说也有很多的质疑，而罗钦顺所论无疑更增加外界的疑虑。所以在全书本《年谱》内完全未见新旧《大学古本序》，就连往后引起更多争议的《大学问》也不见收录，这对以《大学》阐释立论的阳明来说，不啻拿掉其精神所在。而从往后钱氏所加之按语与删除罗洪先按语的动作来看，一方面确立了新《大学古本序》才是代表阳明的《大学》观（《全书》内有收录），另一方面去除两《序》的差异问题，以避免引起更多的争议。