1920年12月，陈炯明请陈独秀到粤主持广东全省教育。陈独秀在月初致函李大钊、胡适等九人，说自己将赴广州，“此间编辑事务已请陈望道先生办理，另外新加入编辑部者，为沈雁冰、李达、李汉俊三人”。该信仍是胡适在处理，他在信上批注：“请阅后在自己名字上打一个圈子，并请转寄给没有圈子的人。”[84]由于这是“公信”，说得较为“客观”，没什么解释。
陈独秀于12月16日动身前夕，又致信胡适、高一涵，进一步申说其意。他表示，近来“《新青年》色彩过于鲜明，弟近亦不以为然。陈望道君亦主张稍改内容，以后仍以趋重哲学文学为是。但如此办法，非北京同人多做文章不可。近几册内容稍稍与前不同，京中同人来文太少，也是一个重大的原因”。[85]他在12月20日到广州的次日，再写信给二人，述说了前引希望杜威能派一人来实验其新教育等事。显然，陈独秀当时并不觉得他对编辑部的处置有什么不妥，对北京同人的感觉也不错。
但北京同人显然对陈独秀把《新青年》编辑事务交与他人，并让编辑部新增数人的做法非常不满。[86]这在很大程度上或许即归因于所谓“新青年社”并未正式“由编辑部同人自行组织”，则每个人都可认为自己是“社员”，同时也觉得对“编辑部”的扩充有发言权。最先表态的是陶履恭，由于当时官方已“不准邮寄”《新青年》，陶氏主张不妨“就此停版”，并建议“日内开会讨论一番，再定如何进行”。[87]这与大家此前对陈独秀办刊的放任态度，已经很不相同了。
北京同人的不快，系统表述在稍后胡适给陈独秀的信中。对陈独秀所说《新青年》“色彩过于鲜明”，胡适表示已经难以抹淡，盖“北京同人抹淡的工夫，决赶不上上海同人染浓的手段之神速”。他提出三个解决办法：一是“听《新青年》流为一种有特别色彩之杂志，而另创一个哲学文学的杂志”；二是恢复“不谈政治”的戒约，从9卷1号起把《新青年》编辑事务移归北京同人处理，并发表一个新宣言，“注重学术思想艺术的改造，声明不谈政治”；三即陶履恭所建议的“暂时停办。但此法与‘新青年社’的营业似有妨碍，故不如前两法”。胡适表示，他以外至少有六人赞同第一二两法。不过，胡适在信中使用了“上海同人”的说法，信末并云“此信我另抄一分，寄给上海编辑部”，似已实际接受陈独秀的扩军。[88]
这一次，脾气不好的陈独秀又大怒了。他在1921年1月9日给胡适等九人发出一封公信。此信重要，兹录如次：
适之先生来信所说关于《新青年》办法，兹答复如左：
第三条办法，孟和先生言之甚易。此次《新青年》续出，弟为之甚难。且官厅禁寄，吾辈仍有他法寄出，与之奋斗（销数并不减少）。自己停刊，不知孟和先生主张如此办法的理由何在？阅适之先生的信，北京同人主张停刊的并没有多少人，此层可不成问题。
第二条办法，弟虽离沪，却不是死了。弟在世一日，绝对不赞成第二条办法。因为我们不是无政府党人，便没有理由可以宣言不谈政治。
第一条办法，诸君尽可为之，此事于《新青年》无关，更不必商之于弟。若以为别办一杂志，便无力再为《新青年》做文章，此层亦请诸君自决。弟甚希望诸君中仍有几位能继续为《新青年》做点文章。因为反对弟个人，便牵连到《新青年》杂志，似乎不大好。
再启者：前拟用同人名义发起新青年社，此时官厅对新青年社颇忌恶，诸君都在北京，似不便出名，此层如何办法，乞示知。又白
从前几封信看，陈独秀本带着较好的心情离沪赴粤，且对自己的主张并无多少不好的感觉。他自有其理由：北京同人既不怎么出款，又不寄稿，上海不另找人，稿件从何而来？且此信明确了“新青年社”实际并未组成，所以对他也没有什么太明确的约束。最主要的当然是他正在广州满腔热情地张罗，忽然被泼冷水，心情难以扭转，说话也就情绪十足了。其实陈氏自己在四五月间曾两次提出三项建议，都包括不继续出版的选项，所以陶履恭的建议并不太出格。但因陈独秀心绪已不佳，再加上他注意到北京同人多不赞成停刊，故怀疑陶履恭已被梁启超等“研究系”收买，单独给陶写了一封几乎绝交的信（原信未见，从胡适回信中得知）。
胡适随即回信陈独秀，说他“真是一个卤莽的人”。他特别强调，梁启超等人与《新青年》同人，是“我们”与“他们”的关系，长期处于竞争之中，最近还有日趋激烈的趋势。换言之，陈独秀对陶履恭的怀疑，几乎等于认友为敌。但胡适表示，“我究竟不深怪你，因为你是一个心直口快的好朋友”。他提醒陈独秀，现在谣言甚多，“北京也有‘徐树铮陆军总长、陈独秀教育总长’的话”。若这也相信，岂不也可以像陈独秀警告陶履恭一样说出什么“一失足成千古恨”的话？胡适并说，“这事，我以后不再辨了”，颇有些“言尽于此”的味道，显然他也“往心里去”了。[89]
胡适关于“我们”与“他们”的描述，是比较贴切的。按照沈雁冰的回忆，梁启超等人想要独立从事文化事业的“群体自觉”，恰在这段时间才明朗化。张东荪本也是谈唯物史观的，并曾参与在上海筹组共产党的活动。后得“随梁任公游欧之某某函告，彼等一系之政治立场及文化工作方策，经已决定”，乃“不能不改变论调”，使人感觉其言论“判若两人”。[90]而张东荪“议论大变”后，陈独秀本人就和他辩论过，这对他应该是记忆犹新的事。[91]
这是当时的敏感话题，一时“北京同人”纷纷就“研究系”问题表态。钱玄同劝解说，“仲甫本是一个卤莽的人，他所说那什么研究系底话，我以为可以不必介意。我很希望你们两人别为了这误会而伤了几年来朋友的感情”。盖陈独秀“本是老同盟会出身，自然容易和国民党人接近；一和他们接近，则冤枉别人为研究系的论调，就不知不觉地出口了”。其实，“广东、上海本来是一班浮浪浅薄的滑头底世界。国民党和研究系，都是‘一丘之貉’”。[92]在给周氏兄弟的信中，钱氏明言：“所谓长江流域及珠江流域的议论，大概就是邵力子、叶楚伧、陈望道等人的议论。”陈独秀“疑心适之受了贤人系的运动，甚至谓北大已入贤掌之中”，就是受了这些人的影响而“神经过敏”。[93]
李大钊也对胡适说，“关于研究系谣言问题，我们要共同给仲甫写一信，去辨明此事”。则在《新青年》“北京同人”眼中，“我们”与“他们”或许有各种不同的区分，但“研究系”的异己性，似乎超过苏俄、劳农等标签。李大钊进而说，“现在我们大学一班人，好像一个处女的地位，交通、研究、政学各系都想勾引我们，勾引不动就给我们造谣”。而“国民系看见我们为这些系所垂涎，便不免引起点醋意，真正讨嫌”！[94]这是一个萌芽中的重要现象——或因“五四”的推动，北大的新派诸人已成各方面接近的对象。在大家都感觉北大诸多不顺之时，李大钊能看到这一发展中的权势转移，眼光甚敏锐。
同时，李大钊另给胡适一信，表示“对于《新青年》事，总不赞成分裂。商议好了，出两种亦可，同出一种亦可”。若是《新青年》“演起南北对峙的剧来，岂不是要惹起旁人的笑死”！尽管他也说知道胡适和陈独秀“都不是一定要抢《新青年》这个名称，还是主义及主张有点不同的缘故”。同时承认自己的主张“与仲甫的主张相近”，但仍强调：“不拘《新青年》在哪里办，或是停办，总该和和气气商量才是。”陈、胡二人的“朋友交情”，不能“因此而大伤”！若《新青年》“是你的或是他的，我们都可以不管；如果大家都与他有点关系，我们也不应该坐视你们伤了感情”。他并表示，仍将尝试进行调停。[95]
那时李大钊调停的对象，似乎首先针对钱玄同和周氏兄弟。他给钱玄同的信说：“仲甫由粤寄来信三件，送上。看过即转交豫才、启明两先生。他们看过，仍还我，以便再交别人。”钱玄同自己的感觉，是“陈、胡二公已到短兵相接的”程度[96]，大概陈独秀那几封信的口气已甚尖锐。钱的日记说，“接守常信，知仲、适两人意见冲突，一则主张介绍劳农，又主张谈政；一则反对劳农，又主张不谈政治”。他自己两皆不以为然，视之为“猪头问题”，但他第二天仍为此事“往与守常商量”。[97]
随着事态的发展，胡适很快发现，北京同人因陈独秀的动怒似乎对他有些“误会”，于是在1月22日给北京同人写了一封详细的信，特别附上他给陈独秀的原信和陈独秀给陶履恭的信，以说明情况。胡适在信中不得不两次说“我并不反对独秀”和“我也不反对《新青年》”，他不过盼望《新青年》像陈独秀说的那样“稍改变内容，以后仍以趋重哲学文学为是”。这里的《新青年》，当然是特指，即那个已经转向、而北京同人此前并未特别支持的《新青年》。胡适表示，他现在“很愿意取消‘宣言不谈政治’之说，单提出‘移回北京编辑’一法”；盖正因刊物“此时在素不相识的人的手里”，故北京同人未曾多做文章。他要求各位同人对他的建议“下一个表决”。[98]
这一次，各人意见很不一致。此前的研究者未能看到上面那封陈独秀“误解”的原信，所以影响了对胡适建议和其他同人反应的理解。现在此信“出现”，很多事情都更清楚了。基本上，虽然多数人不无保留地赞同了胡适移京编辑的意见，但都强调了任何处置都应坚持陶履恭所说的不能“破坏《新青年》精神之团结”的原则。团结体现在“精神”上，这一用语相当有分寸，尤其周作人和鲁迅都指出了“现在《新青年》的趋势是倾于分裂的，不容易勉强调和统一”的现实。[99]胡适此信及北京同人的各种反应，过去都能看到，也早有人使用，就不在这里详细引述了。
随后胡适在2月6日致函陈独秀说明情况，陈独秀在2月15日复信，说“现在《新青年》已被封禁，非移粤不能出版，移京已不成问题”，算是为此事划上句号。[100]或许是胡适的解释澄清了误解，或许是分裂已成事实，陈独秀此函虽仍有一些不和谐的意思，口气却相当温和，大概也是在试图维持彼此间“精神之团结”。他当然知道“分裂”的实际后果，在同一天写给鲁迅、周作人的信中说，“北京同人料无人肯做文章了，唯有求助于你两位”了。[101]