《通典》是一部讲典章制度的书，它涉及许多历史文献。《通典》的史论，有时就是针对某些历史文献而发，其中不乏史学批评的段落和论点。
《通典》史论的史学批评，极重视史家的见识。《刑法典四》在讲到春秋时期郑国大夫子产铸刑书而遭到晋国大夫叔向作书的责问这一事件时，杜佑议曰：“古来述作，鲜克无累，或其识未至精，或其言未至公。观《左氏》之纪叔向书也，盖多其义，而表其词。孟坚从而善之，似不敢异于前志，岂其识或未精乎？”这里，是在批评《左传》所记这一史事以及班固（孟坚）《汉书·刑法志》引用了《左传》的这一记载。他说《左传》所记是“多其义，而表其词”，这是说《左传》在此事上的“其言未至公”。而对于班固援引《左传》不敢有异，是“其识未精”。杜佑提出这一批评的根据，是“五帝以降，法教益繁”、“周氏三典，悬诸象魏”，以及《左传》记孔子评论晋国事说：“晋国将守唐叔之所受法度，以经纬其民。”这是说的“令守晋国旧法”。据此，杜佑认为“铸刑书”之前，已有公开的法度，因而叔向的指责既不能成立，《左传》所记自非至公之言，而《汉书》又据《左传》“从而善之”，则表明班固“其识未精”。当然，从今天的认识来看，杜佑提出上述批评所依据的文献以及所说“五帝以来，法教益繁”，未必都是确切的；但他在当时人们对这些文献的理解的基础上，提出的疑问和批评是有很重的分量的，表明他不迷信经典和先贤的可贵的批判精神。
《通典》史论的史学批判，注重于从事物全局的逻辑关系上着眼。《刑法典七》在讲到西汉张释之执法严明时，杜佑发表评论说：“释之为理官，时无冤人，绵历千祀，至今归美。所云：‘法者，天子所与天下公共。廷尉，天下之平。若为之轻重，是法不信于民也。’斯言是矣。又云：‘方其时，帝使诛之则已。’斯言非矣。”杜佑钦佩张释之的执法，但对他所说的这两句话，则赞扬前者而批评后者。张释之的这两句话，是针对一件具体事情说的，《汉书·张冯汲郑传》记：张释之为廷尉，“顷之，上行出中渭桥，有一人从桥下走，乘舆马惊。于是使骑捕之，属廷尉。释之治问。曰：‘县人来，闻跸，匿桥下。久，以为行过，既出，见车骑，即走耳。’释之奏当：‘此为犯跸，当罚金。’上怒曰：‘此人亲惊吾马，马赖和柔，令它马，固不败伤我乎？而廷尉乃当之罚金！’释之曰：‘法者天子所与天下公共也。今法如是，更重之，是法不信于民也。且方其时，上使使诛之则已。今已下廷尉，廷尉，天下之平也，壹倾，天下用法皆为之轻重，民安所措其手足？唯陛下察之。’上良久曰：‘廷尉当是也。’”杜佑的议论，就是针对此事而发。但是，杜佑所要批评的，并不是张释之说了“方其时，上使使诛之则已”的话，而是批评班固在记载此事时，应全面考虑到张释之的为人及其在处理这一案件时的基本倾向，而不必把一些枝枝节节都写入传中，以致对后人产生不良影响。他说：“纵释之一时权对之词，且以解惊跸之忿，在孟坚将传不朽，固合刊之，为后王法。以孝文之宽仁，释之之公正，犹发斯言，陈于斯主，或因之**刑滥罚，引释之之言为据，贻万姓有崩角之忧，俾天下怀思乱之志，孙皓、隋炀旋即覆亡，略举一二，宁唯害人者矣。呜呼！载笔之士，可不深戒之哉！”杜佑的这一看法，是否与史学上的直笔传统相悖？细考杜佑此言，第一，所谓“方其时，上使使诛之则已”，似是“权对之词”，并非张释之的本意；第二，“以孝文之宽仁，释之之公正”，这样的事情也难免发生。这正是从事物全局的逻辑关系上来看待历史记载的，与直笔原则并不相悖。在此基础上，再说到历史记载可能产生的历史影响，则杜佑所论是中肯的。
《通典》作为典章制度的通史，它的史论所反映出来的史学批评涉及制度沿革者要更多一些。如《州郡典二》在讲到古九州时，杜佑根据先秦文献及后人的注，证明禹治水当在尧时，分天下为九州；舜时，更为十二州。而《史记》记禹的治水在舜时，《汉书》则称尧时天下为十二州，禹治水后，更制九州。所以杜佑说：“若稽其证据，乃子长、孟坚之误矣。”又如，《州郡典二》在讲到周末“国之分野”的时候，引《汉书·地理志》所述秦地、魏地、韩地、周地、赵地、燕地、卫地、宋地、齐地、鲁地、楚地、吴地、越地十三个地理区域。而后，杜佑评论说：“所列诸国分野，具于班固《汉书》及皇甫谧《帝王世纪》。下分区域，上配星躔，固合同时，不应前后。当吴之未亡，天下列国尚有数十。其时韩、赵、魏三卿又未为诸侯，晋国犹在，岂分其土地？自吴灭至分晋，凡八十六年，时既不同，若为分配？又按诸国地分，略考所在封疆，详辨隶属，甚为乖互，不审二子依据。”这里，杜佑提出了三个问题，即吴国未灭之时，还没有韩、赵、魏；韩、赵、魏成为诸侯，上距吴灭已有八十六年，不是同时存在的地理区域，怎么好放在一起论列呢。此外，也还有封疆划分上的具体讹误。杜佑在评论的最后写道：“凡为著述，诚要审详者也。但编旧文，不加考核，递相因袭，是误后学。……然已载前史，历代所传，今且依其本书，别其境土，盖备一家之学，示无阙也。其诸郡历代所属，则各具正于本篇。有览之者，当以见察。”一方面指出其不妥之处，一方面也考虑到“已载前史，历代所传”这一事实，即既爱护前人，又不至于贻误后学，这就是杜佑不得不提出批评的缘故。同时，这也反映了杜佑治学的严谨和做人的宽厚。
杜佑撰《通典》，参考经史百家，群士论议，而于论礼之书和论地理之书，尤为重视。《通典·礼典》占了全书半数，而《通典》史论的“说”和“议”，多在《礼典》之中，便是他重视礼和论礼的明证。从上文论九州、十二州孰先孰后以及对《汉书·地理志》和《帝王世纪》的批评，可见他对于地理书和论地理之书的重视。杜佑在《州郡典·州郡序》中说：“凡言地理者多矣。在辨区域，征因革，知要害，察风土；纤介毕书，树石无漏，动盈百轴，岂所谓撮机要者乎！如诞而不经，偏记杂说，何暇遍举（自注：‘谓辛氏《三秦记》、常璩《华阳国志》、罗含《湘中记》、盛弘之《荆州记》之类，皆自述乡国灵怪，人贤物盛。参以他书，则多纰谬，既非通，不暇取之矣。’）或览之者，不责其略焉。”从这里可以看出：杜佑对地理书的要义是极明确的，他不赞成把灵怪之事写入地理书中也是有识之见；但杜佑把《华阳国志》等书一概斥为“诞而不经”，则未免过分。与此相类似的，是杜佑对《水经》等书，也持否定态度。他在《州郡典。州郡四》后议中写道：“佑以《水经》僻书，代（世）人多不之睹，或有好事者于诸书中见有引处，谓其审正，此殊未之精也。……又按《禹本记》、《山海经》，不知何代之书，详其恢怪不经，疑夫子删《诗》、《书》以后尚奇者所作，或先有其书，如诡诞之言必后人所加也，若《古周书》、《吴越春秋》、《越绝书》诸纬书是矣。”对于杜佑的这种看法，今天应作辩证的认识。一方面，《通典》作为一部十分严肃的典章制度通史，杜佑在采撰上采取严肃的、审慎的态度，无疑是必要的、正确的，一千多年来，《通典》始终受到人们的重视，这是根本的原因之一。另一方面，在杜佑所处的时代，一般地说，对于杜佑所批评的这些书，人们还难以做出正确的说明和恰当的利用。这不仅是杜佑个人在史学批评上的局限，也可以说是那个时代的局限。