冯国璋代理总统时，段祺瑞仍为国务总理。段褀瑞是安徽人，冯国璋是直隶人，一时遂有皖系和直系的名目。当我国加入欧战时，曾大借日款，练成参战军。以段祺瑞为督办。欧战既终，改为边防军。民国九年（一九二○），第三师师长吴佩孚自衡阳撤防北上，段祺瑞将边防军改为定国军。两军在近畿冲突。定国军战败。段祺瑞遂辞职。是为皖直之战。

皖、直战后，曹锟（kūn）为直、鲁、豫巡阅使，吴佩孚副之。王占元为两湖巡阅使，张作霖（lín）为东三省巡阅使，又兼蒙疆经略使，节制热、察、绥三区。民国十年（一九二一），湖南军队攻入湖北，给吴佩孚打退。遂代王占元为两湖巡阅使。十一年（一九二二），直系各军又和入关的奉军在近畿冲突，奉军败退出关。是为直奉之战。战后，东三省遂独立。