当国会解散后，广东、广西即宣布不受非法内阁干涉。及复辟之役既定，黎元洪辞职，由副总统冯国璋入京代理。北方的人，主张民国业经中断，可仿民国初年之例，召集参议院。于是云南亦宣言拥护《约法》。国会开非常会议于广州，议决《军政府组织大纲》。在《临时约法》未恢复前，以大元帅任行政权，选举孙中山为大元帅。后又改举总裁七人，组织总裁会议，由政务员所组织的政务院赞襄之，以行使行政权。是为护法之役。

护法军和北军战于湖南，彼此无甚结果。北方召集参议院，修改《国会组织法》和《两院议员选举法》，据以召集国会。选徐世昌为总统。于七年（一九一八）十月十日就职。就职之后，通电南北停战议和。在上海开和平会议。至八年（一九一九）五月间，亦卒决裂。