蒙古达延汗的嫡裔是察哈尔，在明代称为插汉儿。[9]其留居汉北的，则有车臣、土谢图、札萨克图三汗，总称为喀尔喀。当明朝末年，察哈尔林丹汗归附中国，和满洲为敌，为清太宗所灭。此时喀尔喀三部，对于清朝，每年赠送白马八匹，白驼一匹，清人称为“九白之贡”。还无甚深切的关系。卫拉特则分为四部，居于西北。

清初，四卫拉特中的准噶尔强盛了。其部长噶尔丹，曾到西藏出家，受封于达赖喇嘛，[10]所以和西藏也有关系。当时喇嘛教分为红、黄两派。黄教盛行于前藏以及青海、蒙古。[11]然红教在后藏，仍有相当的势力。黄教的第巴桑结，[12]乃招和硕特固始汗入藏，击杀后藏拥护红教的藏巴汗，[13]而奉班禅居札什伦布。黄教的势力，在后藏就从此巩固了。然和硕特部因此徙牧青海，干涉藏事。桑结又不愿意，乃再招噶尔丹入藏，将其击破。噶尔丹先已把杜尔伯特和土尔扈特慑服，至此就统一四卫拉特，声势大张。于是徙牧阿尔泰山，以窥伺蒙古。公元一六八八年，噶尔丹突然举兵，袭击喀尔喀。三汗部众数十万，都溃走汉南。圣祖命汉南蒙古，借以牧地，为之出兵击破噶尔丹。噶尔丹既为清所破。其伊犁旧地，又为其侄儿子策妄阿布坦所据，穷蹙自杀。三汗还治汉北。自阿尔泰山以东都平。这事在十七世纪末年。蒙古到这时候，就全部为清所绥服了。