当时西藏实权，全在桑结手里。噶尔丹的内犯，实在是桑结指使他的。而且其时第五世达赖喇嘛已死，桑结秘不发丧。这些情形，都是噶尔丹死后，清圣祖才知道的，乃下诏切责。桑结旋为固始汗曾孙拉藏汗所杀。圣祖正想借他的力量，以收拾藏事，而策妄阿布坦又遣兵入藏，击杀拉藏汗。先是西藏及青海，各立一六世达赖，互争真伪。至是，西藏亦承认青海所立为真。圣祖乃派兵送青海的六世达赖入藏，把策妄阿布坦的兵击退。圣祖死后，和硕特部又煽动青海的喇嘛背叛，亦为世宗打平。青海、西藏，到此就都算平定了。唯有准部，还负固不服。