虎门销烟之后，林则徐下令恢复了中英贸易，但坚决禁止鸦片的输入。林则徐在禁烟斗争中的基本原则是：“鸦片必要清源，而边衅亦不容轻启。”他对外国商人实行了“奉法者来之，抗法者去之”的方针，任何国家的商船，只要不夹带鸦片，并且具结合证以后也不带鸦片，都允许进口。而义律则利用各种机会，扩大事态。他下令英国商船一律不准进口做买卖，并要求英国政府派军队，准备武力解决。7月，在九龙的尖沙咀发生了英国水手行凶伤人事件，村民林维喜伤重致死。林则徐要求英国人交出凶手，义律无理拒绝，并于9月率英舰闯进九龙借机挑起战事，炮击九龙山口。中国方面予以还击，打退英舰进攻，此为九龙之战。10月，义律率英舰又闯入珠江口，在穿鼻洋阻拦进口的英国商船，并与中国师船接战，是为穿鼻之战。此后，英军曾在10天之内6次进犯中国军队的驻地，均被击退。

面对英国侵略者的武装挑衅，林则徐进行了积极的防备。他与两广总督邓廷桢、广东水师提督关天培一道，着手整顿水陆两军，下令增修虎门炮台，在虎门海口安设木排、铁链，购置和仿制西式大炮，以加强防务。他召募数千名渔民、疍户、丁半，编为水勇，精练夜袭火攻之法。同时还发布安民告示，与当地群众相约，如英军闯入内河，许人人持刀痛杀。林则徐的这些备战措施，收到了明显的成效。

1839年12月，道光皇帝在接到穿鼻之战的奏报后，命令停止中英贸易。林则徐奉旨于1840年1月宣布断绝中英贸易。在此之前，英国政府已经决定出兵侵华。

1832年，英国船只“阿美士德”号来中国测量沿海港湾的航道，调查沿海港口的情况，并将此绘制成图。同时，对中国的军事、政治、经济状况进行刺探。1835年，该船船长胡夏米向英国政府提出武装侵略中国的建议，并提供了具体的作战方案。鸦片战争前，英国外交大臣巴麦尊曾召见大鸦片贩子查顿，在一起拟订对中国发动战争的具体计划。英国资产阶级挑起侵略战争蓄谋已久，禁烟问题成为他们发动战争的导火线。

1839年10月1日，英国召开内阁会议，作出了“派遣一支舰队到中国去”的决定。1840年2月，英国政府任命曾在好望角舰队担任总司令的海军上将乔治·懿律和商务监督查理·义律为正、副全权代表，懿律为侵华英军总司令。4月，英国议会正式通过了发动侵华战争的决议案。6月，英国侵略军4000人及由48艘舰船组成的远征舰队，从印度侵入中国广东海面。一场由英国资产阶级挑起的、“旨在维护鸦片贸易而发动的对华战争”正式爆发了。

战争从1840年6月下旬开始到1842年8月下旬结束，经历了三个阶段。

战争的第一阶段，自1840年6月下旬英军封锁珠江口开始，至1841年1月义律发布所谓《穿鼻草约》为止，历时7个月。

英国侵略军到达中国海面后，对广州实行了封锁。广州的军民在林则徐的带领下，对入侵者早已严加戒备。懿律见无隙可乘，按原定计划，掉转船头，率兵北窜。7月，英军进犯福建厦门。新任闽浙总督邓廷桢已有防备，英军在此也未能得逞。英舰继续北驶，进犯浙江，攻陷了防御薄弱的定海。接着又有部分兵船北上，于8月到达天津白河口。懿律在这里递交了巴麦尊给清政府的照会。英国在照会中提出赔款、割地、自由贸易等项无理要求，并且声称，如上述要求得不到满足，便要“相战不息”。

定海的失陷使清政府大为震动。妥协派趁势散布流言蜚语，对抵抗派进行攻击。他们把英国发动的侵略战争，归罪于林则徐领导的禁烟运动，声称：“上年广东缴烟，先许价买，而后负约，以至激变。”在这种投降理论的影响下，道光皇帝十分恐慌，决定对英国侵略者实行笼络政策，寄希望于和谈。他下令不必对驶入海口的英船开枪开炮，同时指派直隶总督琦善前往天津河口，与英国侵略者谈判交涉。

琦善在同侵略者的交涉中屈膝求和，他表示：林则徐等人在广东查禁鸦片“操之过急”，实属“办理不善”，一定要“重治其罪”，希望英军退回广东具体谈判，保证能得满意的结果。英国侵略者在得到了琦善的保证后，遂于9月中旬折回南方。道光帝于9月17日任命“退敌有功”的琦善为钦差大臣，赴广东继续办理中英交涉。同时，以“办理不善”的罪名将林则徐、邓廷桢革职查办。抵抗派因此受到沉重打击，妥协派开始占了上风。

琦善10月离开北京，次年1月到达广州。为了表示谈判的诚意，他下令撤除了珠江口附近的防务，遣散了水勇、乡勇，为侵略者的活动大开方便之门。12月，琦善与英人开始谈判。琦善对义律提出的各项侵略要求无不一一允诺，只是割让香港一事，他不敢作主，表示要“代为奏恳圣恩”。1841年1月，英军发动突然进攻，强占大角、沙角炮台。炮台守将陈连升等进行了顽强抵抗。在战斗中，陈连升以身殉国。然而，钦差大臣琦善却下令撤退各炮台的守兵。1月20日，义律单方面公布了《穿鼻草约》。草约包括清政府割让香港、赔偿烟价600万元、恢复广州通商等项条款。1月26日，英军强行占领香港。

战争的第二阶段，自1841年1月清政府宣战始至5月《广州和约》订立止，历时4个月。

1月27日，大角、沙角炮台失守的消息传到北京，道光皇帝大为恼火，感到定海尚未交出，英军就又在广东挑衅，立即下诏对英宣战。他将琦善革职问罪，任命奕山为靖逆将军，户部尚书隆文和湖南提督杨芳为参赞大臣，并从各省调集了军队17000人开赴广东。中英双方重新进入战争状态。

义律获悉清政府调兵遣将的消息，先发制人，于2月下旬抢先对虎门炮台发起了进攻。62岁的水师提督关天培亲上炮台，率军英勇抵抗。在战斗中，他受伤多处，血染衣甲，仍坚守阵地，誓死不撤。而这时还在广东前线负责军事的琦善，竟拒绝派兵增援。关天培终因孤立无援，弹尽粮绝，与守军数百人壮烈牺牲。虎门陷落，英军占领了十余座炮台和1000余尊炮位。广州的形势变得十分危急。

4月，奕山等人及各省调来的军队先后齐集广州。

奕山抱定“患不在外而在内”的宗旨，希图侥幸取胜。5月下旬，他在没有切实准备的情况下贸然对英船发动了一次夜袭，结果溃败逃回广州。英军趁机反扑，几乎没遇到什么抵抗，轻易占领了城郊的泥城、四方等炮台，包围了广州城，并发炮轰击城内。奕山等人在城上高悬起白旗，派广州知府余保纯出城向英军求和。5月27日，奕山与英军订立了屈辱的《广州和约》。和约规定：清军在6天内撤驻广州城外；7天内缴纳600万元的“赎城费”，赔偿英国商馆损失30万元。

战争的第三阶段，自1841年8月英军再度进攻厦门始至1842年8月《南京条约》签订止，历时12个月。

1841年4月，英国政府获悉义律发布《穿鼻草约》的消息之后，大为不满，认为从这个条约中所获取的侵略权益太少，决定撤回义律，改派曾在印度任职的璞鼎查为全权公使。

8月下旬，璞鼎查率军进犯厦门。总兵江继芸领兵御敌，力战牺牲，厦门陷落。9月，英军北犯定海。总兵葛云飞、王锡朋、郑国鸿等率部抵抗了6个昼夜，重创英军。10月1日，定海再度失陷，三个总兵先后殉难。10月中旬，英军进攻镇海。负责镇海防务的是两江总督裕谦及浙江提督余步云。裕谦集众立誓，愿与镇海城共存亡。在战斗中，他登城指挥，率军抵抗。而余步云却临阵逃脱。镇海失守，裕谦投水自尽。随后，英军又攻占了宁波。

浙东三城的失陷使清廷大为震动。为了挽回败局，保住江南财富之区，道光皇帝下令重新迎战。10月18日，他任命奕经为扬威将军，侍郎文蔚、副都统特依顺为参赞大臣，同时从江西、湖北、安徽、四川、河南、陕西、甘肃等省调集军队近2万人赶赴浙江前线。奕经一路上游山玩水，寻欢作乐，从北京到浙江足足走了4个多月，于1842年2月到达绍兴。奕经同奕山一样昏庸无能，对战事不做认真准备。3月，清军从绍兴分兵三路袭取镇海、定海、宁波三城。因作战消息早有走露，英军已有准备，清军被打得大败，奕经等人逃回杭州，从此不敢出战。

为“外患”“内忧”所困扰的道光皇帝深恐后者甚于前者，为了维持其统治，宁愿屈膝投降。于是从忽战忽和转为一意求和，下令沿海各省不许进兵，并任命盛京将军耆英为钦差大臣，会同被革职的两江总督伊里布赶往浙江前线，办理议和停战事宜。然而英国侵略者拒绝了议和的请求，他们在等待更有利的时机。按照原定计划，英军开始大举入侵长江流域。

1842年5月，侵略军退出宁波和镇海，集中兵力攻陷了海防重镇乍浦。6月，英舰进入长江，全力进攻吴淞口要塞。年近七旬的江南提督陈化成率领守军5000人顽强抵抗。他亲至炮台指挥作战，给敌军以重创。担任后援的两江总督牛鉴却闻风逃遁，致使陈化成腹背受敌，孤立无援，战死在炮台。随后，上海、宝山相继陷落。英军继续溯长江西上，7月下旬进攻镇江。守卫镇江的京口副都统海龄率部殊死奋战，6天之后，侵略者攻陷了镇江。8月初，英军侵入南京下关江面。8月29日，《南京条约》签订。第一次鸦片战争至此结束。