由于不愿意为新的圣彼得堡市长效力，普京经历了一段时间的短暂失业。但为了养家糊口，他还得出来自谋生路，开始接下来的生活。

上帝总是把机会留给那些有准备的人。1996年，好的机会又一次降临到普京身上。这天，普京手里拿着飞机票正准备登机，到外地寻找之前的旧交，准备做一些养家糊口的小买卖。就在这时，电话铃声突然响了起来。电话的另一头正是原先在一起共事的圣彼得堡副市长——阿莱克塞·鲍尔萨科夫。“听着，弗拉基米尔，你是否打算到莫斯科来？”他问道，“明天我要去见一个非常重要的领导，主要也是谋一份差事，不知道你有没兴趣一起前往呢？”从他的口气中可以听出来，这个一度在莫斯科大街游**的家伙此时此刻是非常兴奋的。

原来，此时的鲍尔萨科夫已经在叶利钦身边担任了国家副总理。就这样，普京应鲍尔萨科夫的邀请，来到了首都莫斯科，并担任了总统事务局的副局长，专管法律处和俄罗斯境外财产以及政府外贸的相关事项。

1997年3月份，普京又被任命为总统办公厅副主任兼监察局局长一职。这个总统办公厅和总务局可不是一个概念，总务局主管的是具体的物，即房子和房子有关的具体事项，而办公厅则是专门为总统服务的专职部门。

1998年5月，普京得到总统叶利钦的器重，并开始担任总统办公厅第一副主任，在这个过程中，普京与叶利钦建立起了“家人”的关系。叶利钦曾在自己的回忆录《午夜日记》中说过，自己身边的波雷耶娃、丘拜斯、亚历山大·沃洛什、瓦连京·尤马舍夫等人是他的家人。同年7月，普京又被叶利钦任命为联邦安全总局局长。俄罗斯联邦安全局主要是由联邦安全局和对外情报局组成，从某种层面而言，这两个机构就是克格勃的一个缩影，不过这两个机构已经脱胎换骨，成为了俄罗斯十分重要的强力机构。当时的普京军衔不过是预备役中校，叶利钦想把他提拔为将军，可是普京并没有接受叶利钦的这一想法。因为，普京心里明白，从一名中校直接提升为将军，是很不合适的，即便是少将也是不可能的。普京以预备役中校的身份管理联邦安全局让很多人不服气，但普京根本就不在乎这些。上任当天，普京就站在俄罗斯联邦安全总局的大楼，当然也是过去克格勃的总部大楼，说了一句话：“我回家了！”

起初，安全局的其他工作人员对这个任命有着强烈的不满情绪。但在接下来的工作中，他们发现，普京的确是一个业务精通、善于管理的好领导。普京在任期间，对安全总局的机关部门进行了一系列的大改组，将中央机关原有的6000人一下子精简到了4000人，同时还在地方加强了该机关的力量。

1998年9月，叶甫根尼·普里马科夫出任俄罗斯联邦总理，左派人员开始进入政府部门，并且构成了政府核心。普里马科夫对左派人员还是有一定好感的，他一直寻求得到被左派控制的议会支持，同时还通过实际措施提高人民的生活水平，遏制经济的下滑状态。一时间，普里马科夫的呼声明显增高，叶利钦的支持率受到了挑战。

而那时，叶利钦正遭受着国家杜马议员的弹劾，这些杜马议员主要对叶利钦进行了5个方面的质控，主要包括：瓦解苏联、炮打白宫、发动车臣战争、搞垮军队以及军工企业、对俄罗斯人民进行种族灭绝等，并把此项指控交到了杜马理事会审议。加之俄罗斯国内的经济形势逐渐恶化，因此国内“倒叶”的呼声一浪高过一浪。这时，普京又一次显示出了对上司无比忠诚的态度，他没有考虑离开叶利钦，而是帮他度过了重重危机。

1999年3月初，叶利钦一心想要免去总检察长尤里·斯库拉托夫职务，可是遭到了联邦委员会的一致反对。普京为了帮助叶利钦实现这一夙愿，亲自上阵。作为一名资深的克格勃人员，查找斯库拉托夫“不妥”的证据可谓是小事一桩。到了3月中旬，俄罗斯电视台播放了一条新闻消息，消息的内容就是一位酷似斯库拉托夫的人正在与妓女鬼混的场面。这下，罢免斯库拉托夫便有了充足的罪证，普京在这件事上可以说立了大功，叶利钦对其十分满意。

成功处理了“斯库拉托夫事件”之后，普京在叶利钦心目中的地位达到了无人能及的地步。3月29日，普京成功接替了博尔久扎的位置，就任联邦安全委员会秘书，并且继续担任联邦安全总局局长的职务。联邦安全委员会秘书是由总统亲自任命，并且直属于总统，在国安会以及国家机关当中拥有很大权力。普京一个人兼任两项工作，既加强了联邦安全局的工作效率又在某种程度上扩大了安全委员会落实内部决策的可能性。这时的普京，俨然成了叶利钦的“钢铁盾牌”。

可以说，普京成为联邦安全委员会秘书是其政治生涯的巨大转折。此时，车臣战争刚刚结束，而叶利钦的任期还剩一年多的时间，叶利钦本人长时间身体欠佳，媒体也经常曝光他酗酒失态的消息。此时的俄罗斯面临着各种社会问题和经济问题，政治斗争也愈演愈烈。国际方面，北约背离联合国，惨无人道地对南斯拉夫进行了为期78天的远距离轰炸，南斯拉夫无奈从科索沃撤军。美英此举就是想把俄罗斯彻底地从该维和区域排挤出去。

在这种情况之下，刚刚就任安全委员秘书的普京就凸显了其强硬的政治手腕。他对叶利钦的决策坚决维护，并主张以特殊形式解决科索沃问题。其实，早在北约干涉波黑战争时，普京就觉察到，北约所做出的军事行动无非是在“项庄舞剑”，最终目的就是将俄罗斯彻底地赶出巴尔干地区。为此，叶利钦还特别宣布，巴尔干地区是俄罗斯的政治范围。但生性傲慢的美国人并没有理会叶利钦的任何说辞，决定先下手为强，想利用已经集结的军队和便利的交通，抢先控制科索沃局势。可是，正当北约打着如意算盘准备向科索沃首府普里什蒂纳驻军时，一支俄军伞兵小分队，抢在英国人之前如天降神兵一般抢先占领了机场，英国维和部队原本想在此地设立总部基地的。消息一传出，北约盟军总司令，美国上将韦斯利·克拉克命令英军采取措施夺回俄军占领的机场，却遭到了英军司令迈克尔·杰克逊的严词拒绝，他表示：“亲爱的将军，我不想为您点燃第三次世界大战的战火。”通过这一事件我们完全可以相信，在事先筹划这一军事行动的时候，普京身为联邦委员会的秘书、联邦安全局局长，确实是发挥了其应有的作用。