虽然雍正大力推行保甲、宗法、礼法等制度，宣传纲常名教，但是没有也不可能室息人民的反抗思想，没有也不可能绝对控制人民的行动。雍正年间，农民、工匠进行了多种形式的斗争；雍正仇恨人民运动，一概予以残酷镇压。

康熙六十年(1721),台湾朱一贵的起义虽然在当年就被镇压下去，然而余众却在大陆继续活动。福建上杭人温上贵在台湾被朱一贵封为元帅，即返回家乡组织群众，朱一贵死后，他转移至江西万载，继续联系棚民，准备攻打县城。此举在雍正元年被知县施昭庭侦破，就与前来镇压的清兵格斗，三百余人英勇就义，温上贵被俘遇害，雍正命给施昭庭议叙。温上贵的同伴裘永锡等逃亡，清政府严行缉捕。又在万载、瑞州一带添设同知、游击，加强对该地区的统治。温上贵的族弟温廷瑞继续进行反抗活动，任命沈子荣为大将军，温淘滨、温庭奉为军师。他们夜聚晓散，操练武艺，打造兵器。雍

正十一年(1733)九月，赵弘恩署理两江总督，重申对温案的通缉令，次年二月，被温廷瑞委任为千总的温坤生向清朝政府自首，温廷瑞等遂遭逮捕。雍正得到报告，说“蔓草不除，逢时勃发”,忧虑于温上贵党众活动的长久性，要求赵弘恩继续“严饬搜缉，务尽根芳，毋使一匪漏网”。

湖南辰溪人谢禄正在康熙五十九年(1720)着手组织反抗队伍，占据山谷。雍正四年(1726),清军一千多人前来镇压，谢禄正等奋起抵抗，失败后，谢禄正逃亡。雍正指责湖广提督赵坤等“因循疏忽，纵盗养奸”。不久谢禄正被捕，残遭凌迟，妻子为奴，同伴陈彬臣等被杀，张如茂等被充发到三姓地方为奴。温上贵和谢禄正分别组织了一部分群众，准备武装起义，正在发展中，被清廷发觉，于是被镇压下去，但从他们与清军对阵情况看，已构成武装暴动性质。

江西兴国县佃农在康熙年间就组织会馆，反对地主撤佃转佃，于康熙五十二年(1713)取得一定成效。因而会馆保持下来，每到分租季节，就以收成只有七八成，不许地主按原额取租，地主若不应承，就率众捣毁他家房屋，收回已取的地租。雍正初年仍是这种情况。佃农林其昌反对田主、举人曾霖的退佃，曾霖告官，林其昌召集同伙，乘曾霖出门之机，在路途中将他痛打。江西巡抚迈柱获悉后，进行镇压，拆毁会馆，解散农民组织。江苏崇明县地主对佃农的剥削花样繁多，每年收夏、秋两季地租，还要轿钱、折饭、家人杂费等附加地租。雍正八年(1730)五月，地主催收麦租，迫使佃户反抗，拒不交纳，商人罢市支持。夏君钦等撰写传单，贴于街市，揭发大地主施大受与崇明镇总兵施廷专联合，送金帛美女，倚势勒逼佃户交租。浙江总督兼管江苏盗案的李卫认为这是佃户图赖正租，聚众妄行，恶风断不可长，一定要捉拿为首之人，严行惩治。雍正指示： “崇明边海要地，刁风尤当禁遏。”支持李卫的举措，同时把施廷专调离崇明，免得他同不法豪绅相勾结，使事态扩大。佃农和地主的对立，是构成封建社会基本矛盾的要素，兴国、崇明农民反对撤佃和抗租，反映了农民要求耕地和反对地租剥削的愿望。

约在雍正元年(1723)冬天，山西万泉县农民几千人，冲破关闭的城门，进入县城，焚烧衙署，抗议知县瞿某的横征暴敛，瞿某及其幕客、家奴跳墙逃跑，巡抚诺敏一面参劾瞿某，一面令平阳知府董绅擒拿群众首领。董绅调绿营兵和民壮二百人去农村拘捕，愤怒的群众拿起弓刀，操起火器，把官兵几乎全部杀死。董绅亲自前来，发誓不伤害群众，只要他们交出三个人来，给官府一个面子，就可以完结，对交出的人，董绅写了文书，保证不加杀害。这样才将事情了结。雍正四年(1726),福建安溪人民反对追征屯地欠银，举行罢市，浙闽总督高其倬逮捕为首的群众，严刑打死，雍正支持他，说“应如是惩治，以警刁顽”。约在雍正六年(1728),安徽唐缮等人抗粮，发动罢市，打闹公堂。抗粮，把矛头直接指向满清政府的赋役剥削。

雍正四年(1726)五月，广东米贵，群众抢米厂，到衙门说理，打伤前来阻拦的军官和士兵，参加的人中还有驻防士兵。雍正认为事态严重，派兵部左侍郎塞楞额驰驿赴广州，会同署理广州将军阿克敦、巡抚杨文乾审究。

雍正五年(1727)春天，湖北人民因去年水灾，春荒无食，结伙找富户强借粮食。雍正要求署理湖广总督福敏“竭力惩治，以振其颓风”。

苏州的踹匠，是碾布作坊手工工人，多是来自江苏南北和安徽的失业农民，人数众多，雍正时期达到两万余人。他们工价低廉，还受作坊包头的盘剥和压迫，并受满清政府的严密控制。他们入坊要有保人，被政府编入保甲，白天做工，夜间被关闭在作坊里，驻防兵丁昼夜不停地在附近巡察。踹匠若投河、自刎、自缢由保人及亲属领回尸体，不得告官。踹匠不堪坊主与政府的压迫，又无家口拖累，不断进行斗争，所谓“凡遇盗案发觉，常有踹匠在内”。康熙九年(1670),踹匠窦桂甫因米价上涨，发动停踹，要求增加工钱，勒令破坏罢工的店主程美请戏赔礼。康熙三十二年(1693),踹匠罗贵领导“齐行增价”斗争，撕毁清政府的镇压告示。雍正中他们继续反抗斗争，雍正元年(1723),踹匠栾晋公、徐乐等聚众，准备在五月五日抢夺仓库，如遇官兵即行战斗，失败就逃亡海上。正在筹备中，被包头吴景范获知告官，三十五人被逮捕。雍正命地方政府残酷地屠杀十三人，栾晋公、徐乐也逃亡，清朝政府多年搜捕，均告失败。雍正七年(1729),栾晋公的侄儿栾尔集与段秀清等人拜把结盟，遭到巡营把总的迫害。同时，松江府嘉定县踹匠王朝也在进行反抗活动。

苏州丝织业发达，机工很多，他们同踹匠一样进行反对作坊主机户和满清政府的斗争，联合伙友停工，要求增加工钱，作坊主请求地方政府干涉。雍正十二年(1734),苏州府长洲县发生“禁机匠聚众叫歇勒加阻工一案”,地方政府竖立“永禁机匠叫歇碑”,迫使机工停止反抗。兼管江苏督抚事务李卫、署两江总督史贻直、江苏巡抚尹继善为了有效的控制踹匠、机工以及其他各界人民，加强对苏州、松江的管理，联名向雍正建议：设立专事“弹压”的官员，适当改变地方驻军的规制，严格实行关汛的巡逻，进一步规划稽察治安的方法。雍正对此予以支持，同意实行。

雍正六年(1728),户部宝泉局铸钱工匠潘士花等人集合抗议官员剋扣工食钱。对此，雍正说，若匠役曾为工食事禀过监督，责在监督， “若不曾禀明，辄敢聚众喧嚷，则刁风断不可长，应将匠役人等严加治罪”。

内务府佐领每年所需钱粮，康熙中为三十余万两，雍正初增了一倍多，至七十余万两。雍正为了减少开支，于雍正二年(1724)十月，命削减内务府佐领披甲人数，佐领下人见夺其钱粮，数百人到参与此事的廉亲王允裸、内务府总管李延禧家中吵闹，步军统领阿奇图派兵捉拿为首者。雍正说这件事是办事人经理不善，将管理内务府总管事庄亲王允禄罚俸三年，革去常明、来保内务府总管，后者还枷号三月，鞭一百，以平众怒，同时把闹事的佐领下人中一部分人分发云南、贵州、四川、广西，另户安插当苦差，若原系奴仆，则给该处兵丁为奴。这件事，是八旗下层的反抗活动。

雍正五年(1727)七月，河道总督标下参将兴王政克扣兵饷，激起兵丁交甲退伍。雍正命将兴王政革职拿问，同时严惩闹事兵士，指示“至该营兵丁等果有被屈情由，理应赴上司衙门控告，何得倡率喧哗，目无法纪”。著严提究审， “将为首者按律治罪，其愿退名粮者，具著革退兵丁，押回本籍，令该县严加管束，不许复生事端，倘再有过犯，从重惩治”。

雍正不仅重视民变、工变，而且还极力反对民间秘密结社。人民为了反抗封建政府和地主阶级，往往通过秘密结社，进行思想动员，组织起来，当条件成熟时，拉起队伍，打出旗号，进行武装反抗斗争。清朝以前的有些农民起义就是这样发生的。秘密宗教，一般都有连续性，一次起义失败了，后来者换个名称，或者还用旧名，继续利用它从事组织活动。雍正统治时期，民间有许多秘密宗教，继前朝遗绪，活动不断。它们的名目很多，叫作清净教、无为教、白莲教、罗门教、悟真教，三元会、祖师教，等等。活动地区广泛，山东，河南、直隶，山西、陕西，湖南、湖北，江西、浙江，江苏诸省都有它们的组织，其中冀、鲁、豫三省尤为活跃。活动方式隐蔽，夜间聚会，教首演说，信徒烧香求福，白昼即行散去，其首领解说内容，或预言天灾、瘟疫要流行，指导教友消灾去难的方法；或言人之生老病死，为人治病除祟；或言天命，如何争取幸福世道的来临。会中有纪律，徒众交香钱。会众有组织，教首设立名号，给教徒封号符札。

雍正对秘密宗教的活动十分痛恨，非禁绝而后快。他当政后，便向各地疆吏布置缉破秘密结社的任务和方法。元年春，命石文焯为河南巡抚，陛辞时要他秘密清除白莲教。雍正二年(1724),谕告湖广总督杨宗仁楚省秘密教徒不少，要“饬行所属各员密访渠魁，严拿究惩，化导协从，去邪返正”。 “但须密加侦伺，设法缉擒” “切戒无知属员急遽声扬，扰民骇众，致生事端，则非徒无益而有害也。慎之，密之”。同年，因江西“颇有邪教”,要求该省官员“密访为首之人，严加惩治”。又在浙抚黄淑琳奏折上告知该省“颇尚邪教”“若不早绝根株，俾致滋蔓，则大费减除矣”。黄淑琳随后奏报没有为教活动情况，雍正于是批示： “此当徐徐而行之事，非急务也，但须时刻留心，不可日久而怠”。又给江南总督察弼纳、镇海将军署江苏巡抚何天培朱谕： “闻江南颇有邪教，妄立名号，惑诱愚氓”,要他们将“为首之人严拿治罪，有能去邪归正者概予从宽，出首者量加奖赏”。从这些朱批、朱谕中，可以看出，雍正对待秘密结社的方针，一是高度重视，把它看作是隐患，不因其势未成，其变未作而忽视；二是秘密进行，以密对密，不动声色，企图抓住首领，一网打尽；三是稳妥，不要急躁图成，因秘密结社不是一朝之事，也非一日能根除的，所以要讲求方法，稳步瓦解它。

雍正在后来的几年实践中，更加知道破坏秘密结社的困难，并想出打入其内部进行破坏的毒辣方法。雍正五年(1727),他在田文镜的奏折上批示“此等邪党，率皆诡寄深藏，惟彼同类之人，声应气求，原无彰明较著形迹，猝难发摘”。因而指示“非深入其教者断不能窥测底里，访察愈严则闭藏愈固，不但地方大吏莫能施为，便州县有司亦无从探其脉络。盖胥吏中即有党羽为之耳目，以伺官之动静，非才能牧令默运机巧，设法钩致，弗克稽获”。田文镜遂令有才能的州县官选择一二心腹人， “改装易姓，潜入其教”。

在雍正的严密搜查下，发生了两起与秘密结社有关的较大案件。一起是雍正五年(1727)发生的“泽州匪类妖言聚众”案。案中主要人物有：翟斌如，又称翟神仙，河南济源县人，曾在陕西郃阳县所谓“妖道”潘风池率领下传授符术，会看风水，以行医为掩护；张冉公，组织教会，藏有立天后会经一部，内中“俱是泄露天机的话”;有杨廷选，原是河南济源县千总；靳广，原为山西泽州王泰来家人，不满富人的刻薄，聚众在大箕村，练习武艺，准备打劫王泰来家，被人告密。泽州知州刘毓画以查点保甲为名，逮捕会友二人，靳广遂带领群众于途中抢劫被捕人员，打伤州役一人，擒拿十三人，刘毓虽请绅士出面讲和，靳广等蒋州役放回，刘毓虽却暗中抓人。山西方面知会河南，田文镜等人极力配合，翟斌如、靳广先后被捕，杨廷选自杀。此案发生后，雍正派监察御史性桂到山西审理，指示有关人员， “此案人犯竭力缉捕，毋令一名致有兔脱”。“未获人犯，当速行密设赏格，严督擒捕务获”。雍正还说，此案中人有康熙末年亢斑暴动的余众，这是大害，不可大意。最后，雍正命将翟斌如、靳广、张冉公等六人斩决，杨世隆等秋后处斩；办理此案不力的山西巡抚德明销去记录两次，田文镜等从优议叙。因为此案，令怡亲王允祥和大学士转谕各省督抚藩臬，务将民间秘密结社“随时随地逐一搜剔，铲除净尽”。

另一起是山东三元会案。山东东平州人牛三花拉(又名牛三花子，真名牛见德),组织三元会，又名空宗教，以贸易为名，在莱州、青州等府进行传教活动，自称能超度人的祖宗，宣传“正面空家乡，无生父母，现在如来，弥勒我主”经文，告人可以去灾获福。广收徒众。雍正六年(1728)七月，被人告密，高密县令首先抓人，牛三花拉逃亡。雍正见奏后，即指示山东总兵万际瑞“既然是邪教，一定查清是什么教，为何立教，哪些人参加，要分清有政治目标与为敛财两种情况，区别对待”。但“渠魁务须捕获，万勿竦脱”。山东、河南官员追查一年，毫无牛三花拉的踪影，河东总督田文镜题请将空宗教徒分别判处枷号三个月重责四十板、枷号二月重责四十板的刑法，雍正准请，但仍要求他“严缉正犯，务获究拟示惩”。

秘密结社，形式上是落后的，内容上多是荒诞无稽之谈，但在清代，人民处于极度痛苦之中，要求得到解脱，科学文化又不发达，很容易把希望寄托于秘密宗教的神明，想靠天神和自己力量的结合，反抗封建的黑暗现实，赢得幸福生活，这就是它的合理性。

雍正统治时期，虽没有大规模的农民起义，总的来讲，封建社会秩序是稳定的。但上述从群众性的秘密组织活动到小规模的农民暴动的出现，说明人民的反抗斗争始终在进行着，社会并不十分安定。雍正的种种强化统治措施，起到了控制人民的一定作用，所以秘密结社被破坏和其他反抗斗争被镇压。但是这些斗争的不断出现，表明即使雍正那样的严密统治网，也不能阻止人民运动的爆发。