云南、贵州、广西以及同它们邻近的湖南、湖北、四川居住着许多少数民族，他们经济落后，生产方式不同，与中央政府关系疏密不一。大体上说，元、明以来，实行土司制度，土司管辖各该民族，他们的承继行世袭法，然需中央政府批准；土司在内部自行征纳赋役，仅向中央进贡少许银物；土司自定成文的和不成文的法令，对属民生杀予夺，中央政府概不过问，在这里实现的是土司的意志，而不是中央的政策。还有一些少数民族，连中央政府承认的土司也没有，只受该族头人的统治，可以说是土舍制。但他们往往受邻近的土司控制。
土司、土舍是大大小小的割据者，因而产生中央要加强对他们辖区的统治与他们维护旧制度的矛盾。明朝以来，中央政府就在条件成熟的地区，取消土司世袭制，设置府厅州县等地方政权，派遣一定时间进行调换的流官前往治理。这就是改土归流。这种办法，明朝和清初偶或实行，所以土司制严重的问题仍然存在着。到雍正统治时期，由于弊端的积累，暴露得更清楚了。
土司对属民任情役使，赋税是“一年四小派，三年一大派，小派计钱，大派计两”。他们掠夺的远比向中央进贡的银子多得多。土司恣意虐杀属民，对犯其法而被杀害者的家属，要征六十两、四十两、二十四两不等的银子，还名之曰“垫刀银”,真是凶恶至极。
土司之间，为了争夺土地、人畜，互相厮杀，经年不解，世代为仇。如广西西隆州古隆地方土司王尚氏等与贵州普安州捧酢地方的土司阿九等常年争夺歪染、乌舍、坝犁、鲁磷等寨，雍正二年(1724)告到官府，因事涉两省，地方官互相推诿，到雍正四年(1726)还没有审理。又如湖南永顺地方的诸土舍，于雍正元年相互仇杀。
明代土司还发动过对中央的战争，清代虽无此事，但土司、土舍到邻近州县抢劫，屠杀汉民的事却屡屡发生。于是出现双重矛盾，一是土司属民与汉民的对立，属民往往成群结伙骚扰汉民，有的在夜间乘人不备，焚屋屠戮，但他们又害怕汉民，一离开村寨，就怕被汉人杀害。土民、汉民问题基本上还是土司造成的，土司与地方政府也是矛盾重重。有的汉人犯罪，逃匿土司，为其保护，州县官只有“用银钱买求”,才能得到，这就破坏了地方政府的司法权。有的地方官无端欺凌土司，土司继承，需要州县官转呈，有的州县官借机勒索，否则多方刁难。有的土司向州县官送礼，若被上司知道，州县官反诬土司行贿钻营，若不送礼， “则加以傲抗之名，振拾小事，申报上司”,使土司左右不是。有的地方官向土司要钱，致使土司不敢到府县城里，怕被拘留勒逼。这些弊病，令土、汉民遭殃，致使中央政令不能统一贯彻，因而导致地方吏治败坏。
在土司内部，为争夺继承权，也经常发生械斗，如雍正三年(1725),署川陕总督岳钟琪奏报大小金川土司争位仇杀。
土司制妨碍国家的统一，破坏地方经济文化的发展，不利于社会安定，是阻碍社会进步的因素，破坏它，是历史发展的要求。而实现的条件，一则是它的落后性充分暴露，愈加不能为土民与汉民所容忍；一则是中央政府力量强大，有能力瓦解土司的势力。
到了康熙雍正两朝之世，土司制的罪恶已暴露无遗，土民有着脱离土司统治的强烈愿望，有的全村离开土司、土舍，呈请改归地方政府统辖。汉人也关心这样的事情。雍正二年(1724),幕客兰鼎元提出削夺土司的办法：依据土司犯罪轻重，削减他的村落里数，这如同官员的罚俸降级处分；若罪情严重，则夺其土司，将地方改归流官治理；若不便改土归流的地方，就将为恶的土司除掉，把他的领地分散给其子弟，以众建土司，分其势力。由此可见，全面推行改土归流的条件业已具备，剩下的问题就看执政者的认识和态度了。
对于土司问题，雍正初年，大臣中看法不一，广西巡抚李级认为土司虽然为恶，但还不至于非改土归流不可。雍正对土司的过恶是清楚的，雍正二年(1724)五月谕令四川、陕西、湖广、广东、广西、云南、贵州等省督抚提镇，命这些封疆大吏加强对土司的管辖，但如何加强，他并没有办法。
雍正三年(1725),云贵总督高其倬奏准，在贵州贵阳府广顺州仲家族的村寨建设营房，增置防汛，当即在宗角盖造完毕，及至计划在长寨建筑，该寨土舍用大石堵塞路口，不容清军建房进驻。署理贵州巡抚石礼哈，提督马会伯先后提出用兵要求。此时，雍正尽管认为石礼哈、马会伯所奏有理，但怕他们年少鲁莽，谋虑不周，不能成功，反倒惹事，因此要他们“万不可轻举妄动”。又怕石礼哈“过于勇往直前”,派何世堪为贵州巡抚。而何世堪反对用兵，奏请招抚，雍正准许，然而其并没有招抚办法，一无成效。这时雍正所想的是：土司、土舍问题应当解决，但要有得力的官员和妥善的办法。他认为石礼哈等人不是能解决这件大事的主持人，因此不能下用兵的决心。
同年冬，雍正任命鄂尔泰为云南巡抚管云贵总督事，召高其倬至京，进一步了解云贵少数民族情况，并征询他的意见，高其倬主张征剿，雍正于是下旨询问鄂尔泰。这时已是四年春天，广顺土舍更加猖狂，焚烧清军营房。鄂尔泰看到事态严重，必须用兵， “穷究到底，杀一警百，使不敢再犯”。雍正欣赏鄂尔泰的才能，认为他是“才德兼优之督臣”,必能担此重任，同意他用兵，并预先指示他，将来事定， “当以军功赏叙”,表明他对此事的重视。在鄂尔泰进军过程中，何世堪主张适可而止，总兵官暂理贵州大定协副将事丁士杰提出三不可剿说，鄂尔泰表示绝不姑息，并以三不可不剿答复了丁士杰，可见，他要把事情进行到底。雍正支持鄂尔泰，指责何世堪是书生之见，要他努力协助鄂尔泰完成此役；数说丁士杰见解谬妄，失于怯懦因循。
鄂尔泰在对长寨用兵中，感到对土司、土舍蹈袭阵法难以治理，用兵时他们逃跑了，或伪装投降，军队一撤，事故立即出现，这时他认为筹措一劳永逸之法是当务之急。鄂尔泰于是年九月，正式提出改土归流的建议。他在奏折中阐述了改土归流的必要，推行这一政策的战略方针和具体措施。他对改土归流的客观要求认识很深刻，因而能将其摆在第一要务上；他的改流策略，既要用兵，又不专恃用兵，争取波及面小，尽量减少阻力，以便快速实现，而且少留后遗症。
雍正阅览了鄂尔泰的奏折，与对耗羡归公一样，经历了不赞成一调查研究一赞成的过程。值得一提的是当中一个环节，他进一步了解土司制的弊病、改流的必要性和迫切性，研究和制定了改流的方针、办法，选择了合适的执行人，这才下了决心。由此可见，雍正是善于考察社会问题，肯于接纳臣下的意见，也正是由于有这样的政治品格，才比较适时地决策：推行改土归流的政策。
雍正四年(1726)四月，鄂尔泰命令对广顺州长寨用兵，不久亲至贵州，到长寨等地巡视，事定后，设立长寨厅(今长顺县)。长寨用兵，成为雍正时期大规模改土归流的开端。
同年十月，雍正实授鄂尔泰云贵总督，并加兵部尚书衔，以利他在辖区推行改土归流和其他政策。在改流过程中，因广西与贵州接壤，改流事务也较多，雍正遂将它从两广总督辖下划出，归云贵总督管理，于雍正六年(1728)十二月特授鄂尔泰为云南、贵州、广西三省总督。鄂尔泰受命后，奏称广西情形与云贵稍异，请容他斟酌实际情况，积极料理，但速度从缓。雍正准奏，并表示“卿自有次第料理措置之道，实不烦朕南顾之怀也”。鄂尔泰以改土归流为己任，雍正对他充分信赖，君臣际合，改流事项就能大力推行了。
镇沅土知府刀瀚、沾益土知州安于蕃是一伙“势重地广”的“积恶土官”,他们视“命盗为儿戏，倚贿庇作生涯，私占横征，任其苛索”,雍正四年(1726)六月，鄂尔泰发兵擒拿刀瀚、安于蕃，在其辖地分设镇沅州(今镇沅县)、沾益州(今沾益县)。同年冬天，鄂尔泰因乌蒙土知府禄万钟攻略东川府，镇雄土知府陇庆侯助之为虐，遂命游击哈元生率军讨伐，在四川军队配合下获得全胜，于是在其地改设乌蒙府(后改称昭通府)和镇雄州(今镇雄县)。雍正为奖励哈元生的功劳，命鄂尔泰以副将或参将题用。后来哈元生在多处立功，几年间升至云南提督。
雍正五年(1727),广西泗城土知府岑映宸自恃力量较强，聚兵四千，耀武于南盘江以北地区耀武扬威，当他听到乌蒙改土归流的消息，遂撤兵敛迹。鄂尔泰巡察到贵州南部安笼镇，准备对他进剿，岑映宸乞降，就把南盘江以北划归贵州省，设立永丰州(后改称贞丰州，今贞丰布衣族苗族自治县),又改泗城为府(治所为今凌云县)。这时梧州、柳州、庆远等地土民，为反对土舍的酷虐， “争备粮请兵”,推动了广西的改土归流政策的推行。
雍正六年(1728),鄂尔泰认为清理黔东南土民问题，重点应在都匀府，其次是黎平府，复次为镇远，要分别轻重，次第解决。就命贵州按察使张广泗带兵深入黎平府古州(今榕江县)地区的古州江(今都柳江)流域，都匀府丹江(今雷山县)地区小丹江(九股河上游)流域和八寨(今丹寨县),在镇压顽抗土舍势力基础上，设厅，置同知，理民事。
与云贵广西接界的湖南、湖北、四川等省的土司、土舍，本来就因比较接近内地，势力较小，与地方政府的联系也较多，土民、汉民交往密切，这些是改土归流的有利条件。及至云贵广西改流、建制的浩大声势，给它们以猛烈的冲击。在其内部，土民纷纷逃向官府，请求改流、建官。土司在内外强大压力之下，相继呈请交出世袭印信，让出领地。雍正六年(1728),湖南桑植、保靖两处土民分别控告土司向国栋、彭御彬，湖南巡抚王国栋出兵问罪，这时处在两地之间的永顺土司彭肇槐自动申请改土归流，雍正接受他的请求，授予参将，赐予拖沙喇哈番世职，世袭罔替，又赏银一万两，听其在江西祖籍置买产业。次年于其地设立永顺府，并设桑植、保靖二县，归该府辖治。
当永顺府建立之时，邻近它的湖北容美土司田旻如心怀疑惧，表示改恶从善，雍正降旨诫谕，望其改过自新。但他依旧私征钱粮，掳掠临近土民，滥发委任状，雍正因命其进京询问，他拒不应召，土民见其不道，相继逃亡，其所属石梁司长官张彤硅亦率领土民投交印信令箭，由于土司内的民众催促田旻如出首，田内外交困，自缢死，于是把他的家属“分别安插到别省居住”,将其地改置为鹤峰州(今鹤峰县)。施南土司覃禹鼎与田旻如为翁婿，相济为恶，容美土民将覃禹鼎押交官府。与此同时，忠峒土司田光祖等十五个土司到武昌省城，恳请归流，于是在施南土司处设宣恩县，忠峒等土司亦隶属于它。
四川土司，经总督岳钟琪、巡抚宪德、总督黄廷桂等先后料理，有的实行了改流。雍正七年(1729),将天全土司改为天全州，土民、汉民杂居的黎大所改为清溪县，原来统辖这些地区的雅州直隶州升为雅州府。雍正十三年(1735)七月，在酉阳土司处改置县制。
在改土归流中，对土司本人，根据他们的态度处以不同的处置，对自动交印者，多加奖赏，给予现任武职，或给世职；对顽抗者加以惩罚，没收全部或大部分财产。开始，将土司及其家属留于原地。雍正五年(1727)春，原镇沅土官刀瀚族人、属官闹事，滇抚杨名时题请将刀瀚家属迁往昆明，雍正考虑：若留原处，管束太严，则不能生存，放松管理，又会闹事，不如远远打发他们，因命将刀瀚家属迁往江苏的江宁，由两江总督进行安顿。乌蒙土司禄鼎坤，先因其投降较早，免长途迁徙，安插于昆明，后仍以不妥，移至河南，授为归德营参将，赏银一万两做安家费，由归德知府代其置办产业。酉阳土司冉广烜发往浙江安置。接受安插土司的各地督抚，往往不着意办理，不及时拨给房屋，所给土地由州县经手，胥役中饱，以致生活无着，私自逃跑。雍正因命各地妥善办理。迁移土司，使他们远离原来的领地，这是比较彻底地实现改土归流的有效措施。
改流的实行，清军驻防地扩大，雍正为加强对新设府县的控制，增添营汛。在云南设置乌蒙镇、昭通雄威镇及普洱元威镇，贵州另设古州镇和台拱镇，广西添立右江镇，湖广增加永顺协、永绥协。
与此同时，在改流地区，变革赋役方法，废除原来土司的征收制度，与内地一样，实行按田亩征税的原则，但征收多少，又根据当地的情况来确定，一般少于内地。改流后，土民所受的剥削比前稍微减轻了。
赋税与土地相联系。原来土司占有大量耕地，设立庄园，他们的宗族和土目也拥有很多田地，土民只有少量的贫瘠土地。改流时，将土司、土舍的田产当作逆产加以没收，发给兵士，每丁三十亩，实行军屯。所给土地为“军田”,允许军丁照民田买卖。
改土归流和设官建制，不仅使原土司、土舍地区与内地政治、经济联系密切了，文化也相应的发展了。雍正十二年(1734),署理湖南巡抚钟保以永顺设府以来， “人文日盛”,奏请在府县设学，府学设教授，额取文武童生各十二名，保靖等县各设训导，各取童生八名，另在府城建立考棚。雍正给予批准。次年，四川学政隋人鹏也以土民与汉民日趋接近，应鼓励土民读书，提出土民与汉民文武童生一体考试的要求，也获得雍正的准许。原来土司不许属民读书应试，怕出仕脱离其统治，所以办学也是破坏土司积弊的一项内容。
改土归流，包括上述取消世袭土司，触动土舍，设置府厅州县，派遣流官，增添营汛，建筑城池，兴办学校，实行科举，改革赋役制度等内容。实行的地区，为滇、黔、桂、川、湘，鄂六省，而以滇、黔为主，贵州省的改流设官地区之广，大约相当于原来州县的面积。改流之举自雍正四年(1726)开始，一直延续到雍正末年。因主要地区在云南、贵州、雍正八年(1730),鄂尔泰在云、贵边界筑桥，是年为庚戌年，雍正遂为之命名“庚戌桥”,以纪念鄂尔泰推行改流政策的功绩，这一年可视为改流基本成功的年份。
改土归流，废除数百年的土司制度，是一次较大的社会改革，必然引起敌对势力的反抗，改流本身是斗争的过程，巩固成果便是斗争的继续。
镇沅改流后，署理知府刘洪度查田编赋，触及原土司上层的利益，加之他的家人又借机谋利。原土司刀瀚的族人和土目就以刘洪度“编粮苛刻”“勒索银钱”为借口，于雍正五年(1727)正月聚众焚烧府衙，杀死刘洪度。事发后，鄂尔泰当即发兵平乱。雍正认为事件的发生，一则是土司好乱；再则是委官不当，不能妥善治理。他说的相当准确，以后者而言，有的清军到新地方肆行抢掠，有的流官不善经理，骤然增加赋税，兴派徭役，自身又贪婪不法，加之新设镇营的队伍大多是从邻近营汛抽调来的，造成原防区力量的空虚，给原土司上层煽动叛乱以口舌和可乘之机。
贵州古州、台拱地方设官后，原土舍势力仍大，雍正十二年(1734),当地传言“出有苗王”,阴谋恢复昔日政局。雍正为消弭可能发生的事端，派遣吏部侍郎吕耀曾、大理寺卿德福到贵州，会同当地官员去古州宣谕化导，希望该地能相安无事。但是劳而无功，次年二月，终于发生了叛乱。叛乱者以古州、台拱为中心，攻陷镇远府黄平，焚劫都匀府凯里(今黔东南苗族侗族自治州凯里县),围困都匀府丹江厅(今雷山县),众至数万，贵阳为之戒严。为此，雍正任命贵州提督哈元生为扬威将军，湖广提督董芳为副将军，率领滇、黔、楚、粤诸军往讨，并指示“痛加剿除，务尽根株，不遗后患”。又命刑部尚书张照为抚定苗疆大臣，前往贵州理事。还任用果亲王允礼、皇四子宝亲王弘历、皇五子和亲王弘昼、大学土鄂尔泰、张廷玉、公户部尚书复庆等人办理苗疆事务。叛乱发生后，鄂尔泰以对改土归流“布置未妥，筹虑未周”为由请罪，雍正宣布根据有功则赏、无功则辞的原则，削其伯爵，给假养病，实际仍信任他，令他照前参与政务。在贵州，董芳与哈元生不合作，张照支持董芳。他们认为从前不应当改流、建制，现在应该招抚，恢复旧状。因主张不一，将领不和，征伐没有进展。八月雍正死，乾隆继位，坚持平叛，召回张照，命张广泗为七省经略，统一指挥作战，次年叛乱平定。在处理善后时，乾隆命将“古州等处新设钱粮，尽行豁免，永不征收”“嗣后苗众一切自相争讼之事，俱照苗俗完结，不必绳以官法”。根据少数民族地区的特点进行统治。
雍正统治时期的改土归流和设官建制，只是在西南少数民族的一些地区开展实行了，未改流的地方还不少，土舍地区还很多。即使是改流的地方，土司残余势力也还存在，他们仍能不同程度地控制属民，一些地方的流官的权威比他们小得多。但是这一次改流，打击了土司割据势力，减少了叛乱因素，加强了中央政府对边疆的统治；一定程度废除土司；土舍凌虐属民制度，有利于少数民族地区社会经济文化的发展；由于政体的统一，使得民族杂居地区减少了战乱，社会秩序相对安定。