雍正即位满一年时，他说“国家政治，皆皇考所遗，朕年尚壮，尔等大学士所应为之事，尚可勉力代理，尔等安乐怡养，心力无耗，得以延年益寿，是亦朕之惠也”。他代行臣下之事，除朱批奏折外，就是设立军机处，躬理庶务。

雍正七年(1729),雍正开始对准噶尔策妄阿拉布坦用兵。为了这场战争的顺利进行，他采取了许多措施，设立军机处，便为其中的一项。六月，雍正发出上谕“两路军机，朕筹算者久矣。其军需一应事宜，交与怡亲王、大学士张廷玉、蒋廷锡密为办理”。这时，军机房正式建立，命允祥、张廷玉等人主持其事。

军机处设有军机大臣，雍正从大学士、尚书、侍郎等官员中指令充任，人数不限，正式称呼是“军机处大臣上行走” “军机大臣上学习行走”,统称“办理军机大臣”, “军机大臣”则是它的简称了。它是军机处的主官，下属有军机章京，雍正时也没有定员，由内阁、翰林院、六部、理藩院、议政处等衙门官员中选择充任，他们负责满、汉、蒙古诸种文字工作。

军机处要办理机密紧急事务，办公地点必然要靠近寝宫，而不能像内阁在太和门外。据王昶记录，军机值房最初设在乾清门外西边，不久迁至乾清门内，与南书房相邻，后来移到隆宗门的西面。无论是在乾清门内或门外，都离雍正寝宫养心殿很近，便于沟通。雍正初设军机处时，它的房舍是用木板盖成，乾隆初年才改造瓦房，建筑很不讲究。

军机处只有值房，没有正式衙门，有军机大臣和军机章京，但他们都因有别的官职，派充的军机处职务；军机大臣不是专职，本职事务仍照常办理；军机章京以此为职责，但仍属原衙门的编制，占其缺额，升转也在原衙门进行，因此王昶说军机处“无公署，大小无专官”。

正因为如此，军机处这样闻名后世的行政机构，原来甚至于自它问世后的一段时间内，竟没有被人们承认为正式衙门。比如，最早担任军机大臣的张廷玉，在乾隆年间自陈履历，备言他历任各种官职和世爵以及临时性的差使，唯独没有提到担任军机大臣的事。乾隆五十年前后纂修成功的《清朝通典》《清朝通志》《清朝文献通考》等官书，也没有把军机处作为正式衙署看待。军机处成立了，人们还没有充分意识到它的重要性，这是由于它没有官署和专职人员的特点所决定。

军机处的职责是，面奉谕旨，书成文字，并予转发。雍正每天召见军机大臣，形成一套制度，因其记载尚缺，不得其详。稍后的情形是，每天寅时(3~5时),军机大臣、章京进入值房，辰时(7～9时),皇帝召见，或有紧要事务，提前召见。每天见面一次，有时几次。退出后，军机大臣书写文件。雍正勤政，估计他召见军机大臣的时间不会晚，次数不会少。当雍正即位之初，办理康熙丧事，特命吏部左侍郎张廷玉协办翰林院文章之事，那时， “凡有诏旨，则命廷玉入内，口授大意，或于御前伏地以书，或隔帘授几，稿就即呈御览，每日不下十数次”。由于撰写谕旨的需要，每日召见多至十几次，这当然不是张廷玉后来军机大臣任上的情况，但它却是日后雍正召见军机大臣，指授区划的预演。及至张廷玉为军机大臣时， “西北两路用兵，内直自朝至暮，间有一二鼓者”。八九年间，雍正身体不好， “凡有密旨，悉以谕之”。这时，张廷玉在圆明园内军机处值房中工作，雍正不分昼夜地召见，以至一二更后才返回住宅。在鄂尔泰入阁以前，张廷玉是雍正最亲近的朝臣，他的繁忙程度与一般官员相比又有所不同，不过他的每日频被召见，则还是反映了军机大臣的重要性。

雍正向军机大臣所授旨意，以西北两路用兵之事为重要内容。如雍正十年(1732)二月，宁远大将军岳钟琪奏劾副将军石文焯纵敌，雍正命办理军机大臣议奏。同年，西路军大本营要移驻穆垒，雍正为它选定六月初四日已时启行，于四月十三日命军机大臣通知岳钟琪， “将一应事宜预先留心备办，但军营切宜慎密，以防漏泄”。其他方面的军政、八旗事务，也命军机大臣办理。

雍正九年(1731),雍正认为山东登州是滨海重镇，所辖地方辽阔，只有六千兵丁，怕不够用，命军机大臣详细讨论，是否酌量增添兵额。次年，打牲乌拉地方的丁壮问题，也命军机大臣提出处理意见。看来，在军机处设立之初，主要是办理战争、军政和八旗事务，而后扩大范围到所有的机要政事。

军机大臣当面聆听皇帝旨意，草拟文书。在清代，皇帝的诏令有数种。“旨”,批答朝内外官员关于一般事务的题本的文书， “敕”,颁给各地驻防将军、总督、巡抚、学政、提督、总兵官，榷税使的文书。这两种文书均由内阁草拟，经内阁发六科抄出，宣示有关衙门和人员。上谕，有两种，一是宣布巡幸、上陵、经筵、蠲赈以及侍郎、知府、总兵官以上官员的黜陟调补诸事，这也由内阁传抄发送，叫作“明发上谕”;另一种内容是“诰诫臣工，指授兵略，查核政事，责问刑罚之不当者”,由军机处撰拟，抄写，密封发出，叫作“寄信上谕”,它因不是由内阁，而是朝廷直接寄出，故又称“廷寄”。这几种公文，军机处承办的寄信上谕最重要，内阁所办理的倒是一般性事务。廷寄，经由张廷玉的规划，形成一套制度，凡给经略大将军，钦差大臣，参赞大臣，都统、副都统、办事领队大臣、总督、巡抚、学政的，叫“军机大臣字寄”;凡给盐政，关差、布政使、按察使的叫“军机大臣传谕”。字寄，传谕封函的表面都注明“某处某官开拆”,封口处盖有军机处印信，所以保密程度高。有关军国要务，面奉谕旨，草拟缮发，这是军机处的主要任务。

军机处还有被咨询的任务，比如雍正命军机大臣议奏增加登州驻军问题，即为征询意见，以备选择，这是指皇帝主动提出的问题。朝内外官员所上奏疏，雍正有的发给军机大臣审议。这样军机大臣可以和皇帝面议政事，有参议的职责和权力。

官员的奏折，皇帝览阅，朱批“该部议奏”“该部知道”的，或没有朱批的，交军机处抄成副本(“录副奏折”),加以保存，这也是军机处的一项工作。

军机处三项任务，最后一项是保存文件，对决定政事无关紧要。参议政事一项，要由皇帝决定参议某事，不是固定职权，似有顾问的性质，其与闻事务的多少，与皇帝从政能力、兴趣有关。雍正统治时期，军机大臣不过是承旨办事，乾隆时当过军机章京的赵翼说，雍正以来，军机大臣“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”。这个结论，用在雍正时代最为确切。军机处做文字工作，王昶就此说它职司的“知制诰之职”。唐代知制诰，为翰林学士官，专掌诏令撰拟，它是朝廷官职，但又具有“天子私人”的性质，即秘书性质，所以军机处似乎成为皇帝的秘书处了。军机大臣对皇帝负责，它的下属军机章京因系其他部门官员兼任，所以他们之间虽有上下级关系，但后者不是前者的绝对属吏，很难结成死党，因此军机大臣不能对皇帝形成尾大不掉之势，只能是绝对秉承君命。

军机大臣奉旨撰拟机务和用兵大事，而这是原来内阁的职权，至此却被军机处所夺，使内阁只能票拟寻常事务的文件，这实际上是降低了内阁的职权。军事要务由军机处承旨，内阁的兵部从事军官考核、稽察军队名额和籍簿，这是些日常琐务，用兵方略、军政区划方面都无由问津了。

雍正所用的满人军机章京，系从议政处调来，这是给议政处来了个釜底抽薪，也使它名存实亡。

雍正统治时期，军机处的性质，可以从军机大臣和军机章京的任用显示出来。雍正任命怡亲王允祥，大学士张廷玉、蒋廷锡、鄂尔泰、马尔赛、平郡王福彭、贵州提督哈元生、领侍卫内大臣马兰泰、兵部尚书性桂、内阁学士双喜、理藩院侍郎班第、銮仪使讷亲、都统莽鹄立、丰盛额等为军机大臣，内阁侍读学士舒赫德、蒋炳、兵部主事常钧、庶吉士鄂容安、内阁中书柴潮生、翰林院编修张若霭等人为军机章京。允祥、张廷玉、鄂尔泰与雍正关系密切自不必说，蒋廷锡于雍正四年任户部尚书，协助允祥办理财政，从而获得雍正的信任。马尔赛被雍正用为北路军营抚远大将军，早得眷宠。莽鹄立于雍正初年为长芦盐政，即得雍正的欢心。哈元生，在西南改土归流中立有大功，雍正见他，解御衣赐之，宠待有加。讷亲，雍正病笃，以之为顾命大臣，可见信任之专。张若霭、鄂容安分别为张廷玉、鄂尔泰之子。雍正的军机大臣，原来的官职，由正一品至从四品，相差悬殊，所以他们之被任命为军机大臣，官职是必要条件，但主要的取决于他同雍正的私人关系，吴振械就此指出“军机大臣惟用亲信，不问出身”。这些亲信入选之后，必定更秉命于雍正，所以军机大臣只能从事撰述传达工作，而不能成为与天子有一定抗衡权的宰相。雍正给军机处书写“一堂和气”的匾额，是希望他的亲信们和衷共济，不另立门户，共同对他负责，安心做忠顺奴才。

归军机处办的事情，不问大小， “悉以本日完结”,绝不积压。这样的办事作风效率自然较高，寄信方法也是快捷的。张廷玉提出的廷寄办法，是军机处将上谕函封后交兵部，由驿站递相传送。军机处根据函件内容，决定递送速度，写于函面，凡标“马上飞递”字样的，日行三百里，紧急事，另写日行里数，或四五百里，或六百里，甚至有八百里的。这就和内阁发出的不同了，内阁的明发上谕，或由六科抄发，或由有关部门行文，多一个衙门周转，就费时日，保密也不容易，往往被地方官员探到消息，雇人先行投递，他们在正式公文到来之前，已悉内情，做了准备，加以应付。这样的事不乏其例，如四川布政使程如丝贪婪、人命重案，在成都审理，待后刑部的判处死刑意见被雍正批准，程如丝竟在公文下达前五六天获得消息，自杀于狱中。雍正深知这些情弊，不止一次地讲到这类问题，并设法加以遏制。雍

正五年(1727)三月，他说泄密严重， “内外咨呈文书往来，该衙门尤易疏忽，以致匪类探听，多生弊端，间有缉拿之犯，闻讯远扬，遂致漏网，此皆不慎之故，贻误匪轻”。他命令“有关涉紧要之案，与缉拿人犯之处，内外各衙门应密封投递，各该管应谨慎办理，以防泄漏”。如有疏忽，严惩不贷。雍正在军机处设立前，已着手解决重要公文的保密和驿递问题。军机处成立后，经张廷玉规划，创廷寄之法， “密且速矣”,于是既保证中央政令的严格贯彻，速度又较前加快，从而提高了清朝政府的行政效率。

军机处是在雍正清理财政之后设立的，当时整个吏治比较好。军机处官员虽居机要之地，但没有什么特权。军机大臣有每日晋谒皇帝之荣，没有分外特权。雍正允许军机章京和军机处笔帖式挂朝珠，表示宠异。朝珠，文职五品、武职四品以上才许悬挂，出任军机章京的大多是六七品官员，其中编修、检讨、内阁中书均是七品小官，他们破例得同四品以上官员一样挂朝珠，是雍正给的特殊荣誉。然而这种虚荣，并没有实质性的好处。其时军机处官员非常注意保密，不与不相干人员往来。嘉庆五年(1800),仁宗曾就军机处漏密事件发布上谕，他说“军机处台阶上下，窗外廊边，拥挤多人，借回事画稿为名，探听消息"。因此规定不许任何闲人到军机处，即使亲王、贝勒、贝子、公、大臣亦不得到军机值房同军机大臣议事，违者重处不赦。又特派科道官一人，轮流在军机处纠察。这是乾隆后期以后吏治败坏下的情况，雍正年间完全不是这样。张廷玉任职年久，据说“门无竿牍，馈礼有价值百金者辄却之”。讷亲“门庭峻绝，无有能干以私者”。雍正年间军机处官员的廉洁，使他们有可能不违法，保守机密，得以忠实的履行职责。

雍正创设军机处，使它日益取代内阁的作用，是行政制度上的重大改革。它使议政处名存实亡，使内阁形同虚设，军机大臣虽具有一定权力，但主要是秉承皇帝意旨办事，没有议政处的议决权，内阁的票拟权，这些权力都统归于皇帝了。所以行政机构的改革，加强了皇权，削弱了满洲贵族和满汉大臣的“相权”。军机处设立与奏折制度的确立相辅相成，雍正亲自批答奏折，向军机大臣面授机宜，天下庶务皆归他一人处决。由此可见，雍正的专权与明朝的朱元璋相同，但是又有不同。朱元璋日理万几，忙不过来，找几个学士做顾问，然而不是固定的班子在皇帝指导下处理政事，因此皇权是强化了，行政效率却不一定高；而雍正建立军机处，加强皇权的同时，还提高了行政效率，使得皇权能够真正地充分地实现，所以他的权力实际上比朱元璋还要集中，他以前的其他帝王对他更是不可企及的了。