雍正处置谢济世后几天，就提出科甲人结党的事情了。他说， “师生同年之联络声气，徇私灭公，惑人听闻之邪说，其害于世道人心者更大”“若科目出身者徇私结党，互相排陷，必至扰乱国政，肆行无忌”。雍正五年(1727)二月，雍正谕大学士九卿詹事科道：科甲出身的人作弊，还不如非科举出身的，因为后者易于败露，而前者巧诈隐密，互相袒护，不易识破。他表示要把官场中科甲人的“唐宋元明积染之习，尽行洗涤”。雍正七年(1729),谕科目晋身官员“乃科甲出身之人，不思秉公持正，以报国恩，相率而趋于植党营私之习，夤缘请托，朋比袒护，以至颠倒是非，排陷报复，无所不为”。又说， “科甲流品相夸尚，其风自唐宋以来就有之，至前明而流弊已极”。又说， “科甲之习一日不革，则天下之公理一日不著，尔等当豁然醒悟，庶可使历代相沿之弊习，廓然顿除也”。由此可以看出，雍正以为科甲人的朋比是唐宋以来的千年积习，不清理是不行了，明确了反对科甲朋比的态度。
为此，雍正采取擒贼先擒王的办法，有计划地打击科目领袖，惩治李级，即为显例，而抑迫吏部尚书、云贵总督管云南巡抚事的杨名时又是一个典型事例。雍正在给云贵总督鄂尔泰的朱谕中说， “今海内李光地辈已逝，如杨名时者少矣”“朕整理科甲积习，伊挺身乐为领袖”“仗伊向来夙望，必因其党庇恶习，抗违朕意，即如朱轼、张廷玉现任大学士，莫不因伊前辈，慑服尊重”,若不惩治他， “恶习万不能革”。于是，他屡次降旨呵责杨名时。雍正五年闰三月革去他的职务，只命他署理滇抚事务。这时，杨名时奏请用盐务盈余银两修浚洱海河道，雍正就此大加责难，说他即将离任，始有是请，是给自己在地方上留好名声；他的请求不用折本先请示，而径用题本，欲令众人皆知，以博赞誉；不把好事留给后任，也是沽名，所以他“但知有己而不知有人，并不知有君，尚得面见颜自命为读书人乎?”又说他既想加惠地方，就命他以己资修治洱海河道，他死后， “着伊子孙承办，使天下之人知沽名邀誉之徒不但己身获罪，而且遗累子孙也”。同年秋天，
新任巡抚朱纲参奏杨名时任内亏空钱粮仓谷，雍正说亏空应当同布政使常德寿有关，但杨名时不行弹劾，是乐于自负其责，就勒令他赔偿，而不与常德寿相干。次年正月，雍正命杨名时进京，特谕地方官民，在杨名时行程中，不许以礼接待，不许为他鸣不平，不许造作谤语，揭帖。由此可见，雍正是蓄意打击他。
雍正对一般科举晋身的官员，也搜寻他们的过失，予以惩治。雍正五年(1727),任命浙江观风整俗使王国栋为湖南巡抚，要他到任不要犯“偏袒科目、姑息绅衿”的毛病，要他严参一二科甲出身的庸员，重惩数名败检不肖的劣生， “令众人晓然知尔心迹方好，否则年谊故旧之夤缘请托，音问书札，络绎纷纭，即不胜其酬酢矣”。同年，田文镜又题参进士出身的知县周知非“顽废不职”,雍正认为这是科甲入仕者怨恨田文镜而废弛政治，将其革职拿问， “俾科目出身之员因结党怨望上司而废弛公事者知所儆戒”。与此同时，对科甲人之间的相互包容严肃处理。雍正五年，湖南攸县革职知县陈溥任内仓谷霉变，没有买粮补足，接任知县萧师谔谎报称陈溥已补完，接印理事。萧师谔、陈溥都是科目人，雍正认为萧师谔故意袒护陈溥，朋比为奸，因罚他代替陈师谔完纳亏项，若在一年内不能全完，即监禁严追。给事中崔致远丁忧回山西原籍，雍正说他人品不好，命晋抚伊都立考察他，一年后伊都立没复奏，雍正说他因系科甲晋身，保护同类，故而不能奉命，命将他交吏部严行议处。
雍正还从组织措施上压抑科目人。给事中、御史和吏部司官，历来从科甲中选拔，雍正为杜绝党援的弊病，于是变通旧例，指示这些官职的补充，不一定非从科甲中选拔。清朝吏制对官员的任用有许多回避的规则，但没有师生回避的条例。雍正七年(1729),御史提出外任官回避各种条款，雍正因命知府、知县若为师生，自应回避，司道以下有谊关师生者申报督抚，督抚有者报吏部存案。接着吏部定出师生陋习徇庇处分例，规定若师生馈送徇庇，道府失察州县、督抚两司失察道府均须议处。雍正希望用这些办法，防止科甲官员结党营私。
雍正惩治科目人的原因，除结党以外，还有其他重要内容。他说谢济世参劾田文镜的目的， “不过欲使天下督抚皆因循苟且，庸碌偷安，邀众人之虚誉，保一己之身家，而不为国家实心效力，以快其党锢之私心”。在呵斥杨名时的时候，已指责他好名而不顾及君父和同僚，又痛诋他“性喜沽名邀誉，而苟且因徇，置国家之事于膜外”。雍正厌恶科目出身的官员讲假道学，不务实政，只能因循苟且，博安静持重的虚名，不利于贯彻他的革新的政治方针，是以对好犯因循废弛毛病的科目人大加整饬。
由李级弹劾田文镜产生的雍正打击、压抑科甲出身的官员，就具体问题而论，田文镜、李级各有是非，雍正却全面支持田文镜，重惩李级，看似不公平，然而他并不是有心袒护一方。反对朋党，改革积弊，这是他的既定施政方针，科举人易犯的徇庇和守旧的毛病，正是他所要清理的内容，李级、谢济世不期而然地反对执行他的方针最有力的“模范督抚”田文镜，他才把科甲人当作结党营私加以打击，以推行他的政令。
当谢济世发往阿尔泰军营效力时，他的同乡陆生樽也遭此厄运。陆生神，举人出身，经江南吴县知县引荐，雍正将他改授工部主事。外任知县，历俸多年，或大计卓异行取，才能升补此职，陆生神初仕就得到这种任用，应该说是受到雍正赏识的。自李级、谢济世事发，雍正也因他是广西人，“平日必有与李级、谢济世结为党援之处”,便把他革职，也发往军前，与谢济世一块儿效力。雍正七年(1729)五月，振武将军、顺承郡王锡保奏参陆生神书写《通鉴论》十七篇， “抗愤不平之语甚多，其论封建之利，言辞吏属狂悖，显系诽议时政”。陆生神对封建、建储、兵制、君臣关系、无为之治等问题，就《资治通鉴》所叙述的历史，发表了许多议论。他以为古代的分封制，是“万世无弊之良规，废之为害，不循其制亦为害，至于今，害深祸烈，不可胜言。”陆生樽就汉武帝戾太子事件议论建储，认为“储贰不宜干预外事”,而且要使他懂得干涉政事对于朝政的危机。又以钩弋宫尧母门之事，认为应早立储君。他谈到无为之治，认为国事应抓纲领， “不人人而察，但察铨选之任；不事事而理，只理付托之人”。他说人主只需要“察言动，谨几微，防谗间，虑疏虞，忧盛危明，防微杜渐而已。筑篷豆之事，则有司存”,等等。陆生神讽刺康熙前不能教育太子，致有废黜之事，后不能预立储贰，致使皇子互争，骨肉成为仇人。他同情允裸等人，谴责雍正滥用君权，主张无为而治。雍正说他“借托古人之事几，诬引古人言论，以泄一己不平之怨怨。”对他的观点逐条进行辩难。雍正认为封建抑或郡县，是“时势”决定的，称赞柳宗元的公天下自秦始、苏轼的封建者争之端的观点是确有所见，并从秦朝、元朝及清朝的统一，说明郡县优于封建，反对陆生神主张分封的观点。陆生构讲道“蓄必深，发必毒”,雍正说这是他“指阿其那等而言”,意即雍正与允裸等人积怨太深太重，所以处理狠毒，因此雍正指斥他“狂悖恶乱，不亦甚乎”。挑明陆生神的观点与允裸的关系。讲到皇帝的亲理庶务，雍正说，圣明君主“未有不以勤劳为励，而以逸乐无为为治者也”。皇帝一定要励精图治，亲理庶务，革新政治。
陆生构作为一个不知名的小臣，以读书人的身份探讨政权形式和治理方法，雍正同他的争辩，是地主阶级内部不同政治见解的交锋，本来是正常的。但是陆生神结合时政进行评论，抨击了康熙和雍正两朝的某些政事，站在允裸一方，对雍正政治的指责并没有多少道理。雍正“以牙还牙”,说他“罪大恶极，情无可免”,于雍正七年(1729)年底下令，将其在军前正法。
谢济世与陆生构可以说是难兄难弟，锡保在告发陆生樽时，也把谢济世参了一本，说他借着批注《大学》,讽刺时政，怙恶不悛。这是对他的文字加以附会，乱加罪名。雍正也深明其事，免其死刑，但同他开了一个“玩笑”,命锡保假意将他和陆生神同时正法，俟陪绑后才宣布免死的决定。雍正耍弄这种心机，是刻薄的表现。
雍正反对允裸集团、年羹尧集团，打击的对象是一部分满洲贵族和一部分官僚，这些官僚中，有科举出身的，也有非科举人。而第三次整治朋党，则以反对科举入仕者为目标，所以第三次反朋党，内容、性质各不相同，而出问题多的则在第三次，这是他在前两次胜利的情况下，不够谨慎的结果。而这三起事件的目标，归结起来则是一个，就是澄清官方，推行他的改革政治。