沈一贯因为研究历史而得到张居正的赏识，又因为讲课影射张居正而得到万历皇帝的赏识。但是，对张居正这位恩师，他始随终弃，在他的著作中，没有一字提到这位师相。对万历皇帝，他则委曲求全，并不肯当诤臣、直臣。所以，在明代的帝师与相臣中，他只能算平庸的一位。但奇怪的是，他对知识分子的风气变坏却痛心疾首。在《送杜伯理序》一文中，他这样说道：

夫士含秀葆灵，揽三才之粹。居则范乡党，出则效百职。乃今之士坏矣。夫民坏，法刑可纠之。士坏则逃其口而匿其身，以为礼即不我收耳。刑如予何？斯国家之大妖也。余行游四方，大抵山谷之俗庞，近野之俗鄙，都市之俗狡矣。邑愈大，俗愈薄。此犹民也，怒而靡，喜而解，情可知，法可行也。坏俗者莫甚于士，尤莫甚于上都之士。上都之士戴峨冠、蹑鲜履，翱翔揖让，逡巡容与，颂说先王，比于邹鲁而中实不然。赴利如湍奔，避难如鼠窜……

在这篇文章里，沈一贯将上都之士称为大妖。上都，指的是北京、南京两地的寄身于官场的读书人。沈一贯为我们勾画出上都之士“赴利如湍奔，避难如鼠窜”的丑恶嘴脸。在他看来，国家的风气，全被这些上都之士搞坏。客观地说，上都之士的变坏，固然有自身的原因，也有皇帝的原因。如果为那些“国家大妖”排一个座次，第一个大妖就是万历皇帝，接下来恐怕就要排列到他沈一贯头上了。《明史》评价他“枝拄清议，好同恶异，与前后诸臣同。至楚宗、妖书、京察三事，独犯不韪，论者丑之。虽其党不能解免也。一贯归，言者追劾不已。其乡人亦多受世人诋娸”。

楚宗指的是朱氏宗藩楚王袭爵之事，一贯因收受假楚王巨额贿赂而颠倒黑白；妖书为万历三十一年发生的一件大案。有人炮制一本《续忧竑议》的书，假托郑福成的口气就朝廷大政发表评论。所谓郑福成的含义是“郑贵妃之子福王应当成为太子”。这本书引起万历皇帝震怒，斥为妖书，下令搜索奸人。沈一贯借机陷害弹劾过他的礼部侍郎郭正城，又因郭正城是内阁次辅沈鲤的门生，又想通过郭正城构害沈鲤。于是唆使万历皇帝制造冤狱，虽然阴谋最终没有得逞，但其阴险为士林所不齿。第三件京察指的是沈一贯任首辅期间，利用京察将与他政见不和或不合作的官员尽行驱逐。

官场中人，大都有两面性。但沈一贯的两面性尤其明显。一方面，他骂上都之士是国家大妖；另一方面，他又不断地将自己妖魔化。一方面，他贪恋禄位，在官场呼风唤雨；另一方面，他又向往林泉生活，想当与世无争的农夫。他写过《山中杂咏四首》，且录其二：

老树横溪稳作桥，故人惯饮不须招。

白纶巾上青山好，日遣松风绿酒瓢。

山田处处白云飞，流入溪田带雨肥。

若使巢由辞颍上，更无人共饮牛归。

不计人品，这是两首好诗。放进唐诗中，亦算上乘。如果说沈一贯只是在这里表露虚情假意，恐怕失之苛刻。中国为官的读书人，奸臣也罢，良相也罢，庸官也罢，循吏也罢，其性格特征都具有两面性。但性格的两面性不等于政治的两面性。这犹如公正不等于清廉，变通不等于圆滑。沈一贯的问题在于，他性格、政治上都有两面性。遇到挫折时，他想当巢由，但更多的时候，想着的却是荣华富贵。

万历三十四年（1606）七月十六日，沈一贯与沈鲤同时退休。

此前，淮扬巡抚李三才上疏弹劾沈一贯，指责他没有将皇帝颁行的撤销矿税、释放囚徒、起用贬官、增加言官几件事狠抓落实，导致政局仍旧死气沉沉。万历皇帝看到弹章后，偏袒沈一贯而严厉斥责李三才，给他停发五个月工资的处罚。但是不久，给事中陈嘉训、御史孙居相又分别上疏指责沈一贯“一贯奸贪”。沈一贯又羞又怒，老脸无处搁，便请求辞职。万历皇帝一方面将陈嘉训罢免，孙居相罚俸，一方面又同意了沈一贯的退休请求。沈一贯担心自己走后，沈鲤接任首辅于己不利，便暗中活动让沈鲤一同退休。恰好沈鲤也要求退休，于是万历皇帝也就同意了。

虽然，退休的诏书是两个人一块儿发的，但诏书中只对沈一贯一个人表示安慰。正直的沈鲤，始终是万历皇帝不喜欢的刺儿头，对沈一贯这样的老滑头，他倒总是眷顾。

2009年12月5日至6日写于闲庐