朱常洛立为太子之前的一个月，首辅赵志皋去世，沈一贯接任。万历皇帝晋升他为太子太保，户部尚书兼武英殿大学士。当了首辅的沈一贯办成的第一件事，就是终于顺利解决立储风波。这并不表示他的才能高过赵志皋，而是机遇好。立储之后，朝廷的混乱局面却是愈演愈烈。

关于沈一贯主政后的局势，《明史·沈一贯传》是这样描述的：

自一贯入内阁，朝政已大非。数年之间，矿税使四出为民害；其所诬劾逮系者悉滞狱中；吏部疏请起用建言废黜诸臣并考选科道官，久抑不下；中外多以望阁臣，一贯等数谏不省。而帝久不视朝，阁臣屡请皆不报。

由此可见，此时的皇帝，完全可以用“渎职罪”论处。国政的三大弊端：矿税、冤狱、缺官不补，全由万历皇帝一手造成。

到沈一贯接任时，全国官员空缺的职位有：中央政府缺尚书三人，侍郎十人，给事中和御史九十四人；全国缺巡抚三人，布政使、按察史六十四人，知府二十五人。到这年年底，全国知府即今天的地市级一把手的职务，已经空缺一半之多。

如果说缺官不补，各级权力机构无法正常运转，已经让国不像国的话，那么矿税之灾，则更让老百姓深受其害。所谓矿税，即万历皇帝直接委派太监到各地强征各类矿山之税，太监趁机横征暴敛，并私自巧立名目，加大征税范围，导致民不聊生，各地杀死太监及爪牙的案件时有发生。在万历二十八年腊月，凤阳巡抚李三才鼓足勇气，两次上疏陈述矿税之害，他在第一封奏疏中说：

陛下爱珠玉，民亦慕温饱；陛下爱子孙，民亦恋妻孥。奈何崇聚财贿，而使小民无朝夕之安！

近日奏章，凡及矿税，悉置不省。此宗社存亡所关，一旦众叛土崩，小民皆为敌国，陛下即黄金盈箱，明珠填屋，谁为守之！

这篇奏章可谓火力十足，李三才不仅指出了官逼民反的可能性，而且讥刺万历皇帝爱财富不爱百姓可能导致的后果。这篇奏疏如果是写给朱元璋的，必定会株连九族；如果是写给嘉靖皇帝的，一定会立即逮捕，并严刑拷打，找出一个“反革命集团”来。但万历皇帝不像他的列祖列宗，他看过后，不温不火、不急不躁，当然，他一如既往全然不搭理。

看到李三才以骂大街的形式上疏也不起作用，户科给事中田大益便以摆事实、讲道理的方式再次上疏陈述矿税六害：

内臣务为劫夺以应上求，矿不必穴而税不必商，民间丘陇阡陌皆矿也，官吏农工皆税之他。公私骚然，脂膏殚竭，向所谓军国正供，反致缺损。即令有司威以刀锯，只足驱民而速之乱耳，此所谓“敛巧必厥”也。

陛下尝以矿税之役为裕国爱民，然内库日见不已，未尝少佐军国之需。四海之人才反唇切齿，而冀以计智甘言掩天下耳目，其可得乎？此所谓“名伪必败”也。

财积而不用，祟将随之。脱巾不已，至于揭竿，适为奸雄睥睨之资。此时虽家给人予，亦且蹴之覆之而不可及矣。此所谓“贿聚必散”也。

夫众心不可伤也。今天下上自簪缨，下至耕夫贩妇，茹苦含辛，扼掔侧目而无所控诉者，盖已以久。一旦土崩势成，家为仇，人为敌，众心齐倡，而海内因以大溃。此所谓“怨极必乱”也。

国家全盛二百三十余年，已属阳九，而东征西讨以求快意。上之**主心，下之耗国脉，二竖固而良医走，死气索而大命倾。此所谓“祸迟必大”也。

陛下矜奋自贤，沉迷不返，以豪珰奸弁为腹心，以金钱珠玉为命脉。药石之言，褒如充耳。即令逢、干剖心，皋、夔进谏，亦安能解其惑哉！此所谓“意迷难救”也。

此六者，今之大患。臣畏死不言，则负陛下；陛下拒谏不纳，则危宗社。愿深察而力反之。

这封奏章，指出万历皇帝由矿税而生发的一些治国措施，都是祸国殃民的败政，长此下去，必然危及大明王朝。但是，万历皇帝执迷不悟，仍然不作任何回答。

所有指斥时弊的奏章，都像是拳头打在棉花上。而全国各地因为矿税而引发的政治危机则愈演愈烈。比较突出的有如下几件：

万历二十七年三月，临清平民奋起自保，将万历皇帝委派下来征收各类杂税的太监马堂的衙门围住，打死马堂随从三十七人。

万历二十七年十二月初二，武昌、汉阳两镇居民为反抗征税太监陈奉的横征暴敛，万余人围攻征税衙门。陈奉被击伤后，下令武装卫士放火纵烧民房，平民再度围攻陈奉居处，陈奉下令屠杀，许多人被杀死，尸体剁碎扔在街上。

万历二十九年三月，武昌再度发生民变，太监陈奉逮捕为民求情的武昌知府冯应京，使武昌市民非常气愤，聚集数万人围攻陈奉官邸，并将陈奉爪牙十六人扔进长江淹死。

万历二十九年六月初六，苏州发生民变，将征税太监孙隆的随员六名杀死。

万历三十年三月二十日，云南腾越州发生民变。税监杨荣横行妄为激怒百姓，他们放火烧毁杨荣官邸，并杀死他的部属。

万历三十年五月，江西南昌发生民变，他们与宗室人员联合砸毁征税太监潘相的府宅，潘相逃走免于一死。

类似这样的案件，每年发生几十起。但是，万历皇帝仍一味地偏袒他委派的收税太监，沈一贯虽然位居首辅，眼看着国家的危机加大，税监与老百姓之间的尖锐对立无可调和，却一筹莫展。