万历五年的九月二十五日，张居正的父亲张文明逝世的丧报传到京城，这一下，给张居正出了很大的难题。

按明朝规定，凡父母双亲去世，官员必须在丧报到达之日当天，即向吏部具文回家守孝三年，期满后再回朝廷复职，此举称为守制。在以忠孝立国的明朝，守制是天经地义的大事。一般士人都不能违反也不敢违反。设若某位官员碰到此类情况，恰逢朝廷中有紧要公事无法脱身，皇帝会额外下旨令其留任，这种情况被称为“夺情”。在整个明代，夺情的官员少之又少，而且，凡夺情者不管是什么原因，都会被士林耻骂。

张居正遭遇父丧，按道理必须回家守制。但是，万历新政的推行刚刚有了一点眉目，而清丈田亩的攻坚战还未打响，如果在这节骨眼上离开首辅之位，那么，改革事业可能半途而废。从古至今，人亡政息的例子不在少数。

张居正是个孝子，听到父亲去世的噩耗之后，他五内俱焚，作为人子，他恨不能立刻启程回荆州奔丧。但是作为一个政治家，他知道此时离开京城，就意味着改革的成果顷刻丧失。因为改革而丧失特权的外戚与势豪大户组成的强势利益集团，正巴不得早一天赶他下台。经过权衡，张居正觉得应继续留在首辅位子上推行改革。但是，鉴于朝廷的规定，他的去留须由皇上决定，他自己必须立即申请守制。于是，在收到报丧书的翌日，他即向皇上写了一封《乞恩守制书》：

臣于本月二十五日，闻父讣音，即移咨吏部，题请放臣回籍守制。随该吏部题奉圣旨：“朕元辅受皇考付托，辅朕幼冲，安定社稷，朕深切倚赖，岂可一日离朕？父制当守，君父尤重。准过七七，不随朝。你部里即往谕著，不必具辞。钦此。”

臣在忧苦之中，一闻命下，惊惶无措。臣闻受非常之恩者，宜有非常之报。夫非常者，非常理之所能拘也。

……且人之大伦，各有所重，使幸而不相值，则固可各伸其重，而尽其所当为；不幸而相值，难以并尽，则宜权其尤重者而行之。今臣处君臣父子，两伦相值而不容并尽之时，正宜称量而审处之者也，况奉圣谕，谓：“父制当守，君父尤重。”臣又岂敢不思以仰体而酌其轻重乎……

从这篇奏疏中可以看出，张居正要求守制的决心并不强烈，犹豫之态度随处可见。这也是京城各大衙门的官员攻击他的原因之一。

据说，丧报到京后，李太后、冯保都不愿张居正回家奔丧，两人的态度对神宗产生了直接的影响，加之神宗此时对张居正的确倚赖甚深，所以很快做出了让张居正夺情的旨令。

按规定，直接处理这件事的是吏部。斯时，担任吏部尚书的是张瀚。论资历，此公绝不可能到此“天官”的位置，是张居正看他办事认真且非强势人物，才把他从南京调来北京担此重任。一些官员讥笑他是张居正“夹袋中人物”，凡事唯首辅马首是瞻，绝不敢自己做主。张居正认为皇上要他夺情，圣旨到部，张瀚就会立即执行并咨文照会各大衙门。谁知张瀚这次却壮起胆子拒不执行，而是向皇帝送上辞呈。张居正没想到张瀚关键时刻背叛了他，心中怒不可遏，神宗也非常恼火，当即勒令致仕。

尽管神宗已经下达夺情圣旨，但是，京城各大衙门的官员却一片沉默。这多少有点让张居正难堪。于是，既是张居正同年又是同乡的户部侍郎李幼滋第一个站出来给神宗上疏，支持夺情之议。兹后，御史曾士楚、吏科给事中陈三谟等都上疏挽留张居正。一时间，附和三人上疏的官员很多。此情之下，本来连连上疏请求守制的张居正终于改变主意，请求在官位上守孝。不久，神宗皇帝派太监到张居正家宣读诏书：张居正仍担任首辅，在职守孝，每日仍穿官服处理政务。

诏书一下，舆论哗然。一些清流官员认为张居正是贪恋禄位而不肯尽人子之义。于是，翰林院编修吴中行、检讨赵用贤首先上疏反对夺情。接着，刑部员外郎艾穆、主事沈思孝再次上疏。四篇疏文矛头所指的都是张居正。因此，在京城广为传诵，一时舆情汹汹。

却说神宗看了这四篇疏文后，亦非常震怒，当即下旨将四人抓进锦衣卫大狱，并作出决定将吴中行、赵用贤各廷杖六十，艾穆、沈思孝各廷杖八十。

圣旨一出，各方营救，一些官员来到张府请求张居正出面让神宗更改旨意，张居正拒不肯疏通。廷杖之日，神宗命京城所有官员都到午门广场观刑。廷杖之后，吴中行气息已经断绝。他的朋友中书舍人秦柱带着医生赶到，给他喂了一小勺药，才苏醒过来。赵用贤是个胖子，杖刑后手掌大的烂肉纷纷溃落，一条左腿只剩下骨头。他的妻子把溃肉一块一块收捡装了一面盆，然后用盐腌制成腊肉贮藏起来。吴中行、赵用贤当日就被逐出京城。而艾穆、沈思孝在杖刑之后，半死不活地又被戴上木枷手铐，三日后发配戍边。这四人怆然离京时，竟没有人敢去问候和送行。

经历这一次夺情风波，张居正与清流官员形成了尖锐对立。此前，一些外戚与权贵也对他恨之入骨。现在，大量的清流又加入到反对他的行列。在当时，清流是士林即读书人的主体。权贵掌握了社会资源，清流掌握了话语权，两相夹击，张居正的悲剧已是无法回避了。