隆庆六年六月十六日早朝时，小皇帝朱翊钧并未出现，而是让太监王蓁当众宣读圣旨，让首辅高拱回籍闲居，而张居正则顺利地接替首辅之位。

关于这次权力斗争，本由高拱与大太监冯保之间的仇怨引起，但张居正无疑是最大赢家。史家通常的说法是张居正“附保逐拱”，这被当作张居正人生的污点而让人诟病。

张居正与高拱，都是徐阶看中并着意栽培的人物。两人同在国子监共事，又同为裕邸旧臣，关系一直很好，但随着高拱与徐阶反目并欲置徐阶于死地，两人便产生了分歧。张居正尊重导师，在高拱对徐阶的三个儿子施以毒手时，张居正则尽力保护。为此，两位心心相印的政友产生了矛盾。穆宗皇帝死后，两人的矛盾公开化。说实话，如果不是张居正与冯保结为政治同盟扳倒了高拱，以高拱的性格，在他收拾了冯保之后，也一定会将张居正逐出内阁。为自身的安全计，张居正此举虽有可指责之处，却并没有太多的过错。政治斗争你死我活，与其成为失败者让人同情，倒不如当一个胜利者，哪怕受到非议。更重要的是，张居正与冯保结为盟友，并非沆瀣一气做尽坏事，而是将朝廷中最大的一股政治力量团结起来，使其推行的“万历新政”得以顺利展开，从这点上看，张居正团结冯保，实际上是做了一件利国利民的好事。

张居正当上首辅的第三天，即隆庆六年的六月十九日，小皇帝在乾清宫前面的平台单独接见张居正。其时，张居正因去万寿山视察穆宗陵寝工程而中暑，在家养病。小皇帝见到张居正，便安慰道：“先生为父皇陵寝，辛苦受热。”接着又追述先皇之言：“先生忠臣。”尔后又道：“凡事要先生尽心辅佐。”

十岁的小皇帝说出这番话，令张居正大为感动，于是伏地奏道：“臣叨受先帝厚恩，亲承顾命，敢不竭力尽忠，以图报称。方今国家要务，唯在遵守祖制，不必纷纷更改。至于讲学亲贤，爱民节用，又君道所当先者，伏望圣明留意。”

这是张居正当首辅后第一次向小皇帝表述自己的施政纲领。关于这一次谈话，历史学家樊树志先生在其所著的《万历传》中有如下评价：

这个极力主张对弊政扫除廓清的人，此时只字不提改革，而强调遵守祖制，不必纷纷更改，用心颇为良苦，非不为过，实不能也。地位尚未稳固，时机还不成熟。他是个深沉有城府，人莫能测的政治家。

樊先生的剖析很有见地。张居正倡导的改革，可以说是从“遵守祖制”开始。所谓祖制，指的是洪武与永乐两位皇帝在明朝创立之初而制订的一系列施政纲领。明朝初年的政治，对官员是苛严的，不要说贪墨，就是政务稍有懈怠，也严惩不赦。但是对老百姓，采取的却是休养生息的政策。面对武宗以来吏治腐败的状况以及民不聊生的局面，张居正十分向往洪武、永乐两朝的国家清明的局势，因此提出“唯在遵守祖制”。这不是随口说出的客套话，而是含有正本清源廓清政治的大谋略。

其时，张居正在小皇帝面前的角色，既是相，又是师。他上面的那段话，前半段是以首辅的身份说话，而后面的“至于讲学亲贤，爱民节用，又君道所当先者”，这席话，又是以老师的身份来教育学生。实际上，在张居正独秉朝纲的十年，他一直将辅臣与老师两种身份集于一身。