抛开褊狭的性格不讲，高拱在处理国事上，还是有他的过人之处的。

他重回内阁担任首辅时，还兼任吏部尚书一职。这在明代没有先例可循。因为内阁首辅柄政，吏部尚书管人，是朝廷最重要的两个官职，由一人担任，则是真正的权倾天下了。

高拱兼任吏部尚书，做了几件很有创见的事情。第一是如何选用边疆地区的官员，他说：

边方有司，实兼牧民御虏之责，宜择年力精壮、才具超卓者除补。不宜付杂流及迁谪者，其课最以三年为率。比内地加等升迁或不次擢用，不职者降三级别用或罢斥治罪。

他认为边疆官员，无论是提拔还是惩罚，都要加重，以之保证疆土安全。另外，对于军事干部，他也有自己的用人标准：

兵者专门之学，非素习不可卒应。储养本兵，当自兵部司属始。宜慎选司属，多得智谋才力晓畅军旅者，久而任之，勿迁他曹。他日边方兵备督抚之选，皆于是取之。

在高拱之前，各地的军队长官，督抚大于总兵。而督抚都是流官，即现在所说的“万金油干部”，今日当上巡抚，明日又安排去当督抚，对军事并无专门研究。高拱觉得如此用人，弊病太大，建议专才专用。他的这些建议，穆宗一一批准。

明朝的官员使用，制度也极为严格。譬如说不能在本地做官。自朱元璋定下规矩后，二百余年没有人提出异议，执行起来也极为严格。但高拱也将这一规定作了调整，他上疏说：

国家用人，不得官于本土，此惟有民社之责者则然耳。若夫学、仓、驿等官，非有民社之责，其官甚卑，其家甚贫，一方远授，或弃官而不能赴，或去任而不得归，零丁万状，其情可悯。近例，教官得授本省地方，乞推广之，凡仓、驿杂职，均循此例。

从以上三则来看，高拱是一位优秀的吏部尚书。他不断研究问题，对于陈腐的用人制度敢于改革，敢于创新。

但高拱柄政期间最大的功绩，并不是人事制度的改革，而是正确处理了与蒙古的关系。