严世蕃被刑部判为“发极远地区充军”，获得世宗同意。严嵩回到江西袁州后，上书世宗请求将严世蕃改戍近地，世宗没有批准。但严世蕃未经同意，却擅自返回家中，大举修筑园林，势焰丝毫不减。

江西方面的官员将严氏父子的情况密报徐阶。为了掌握更多动向，徐阶派遣自己的心腹南京御史林润以巡视长江防务的名义到达江西，与袁州推官郭谏臣密议之后，迅速发出密疏驰送京城。第四天，世宗就读到林润的疏文：

臣巡视上江，备访江洋群盗悉窜入逃军罗龙文、严世蕃家。龙文卜筑深山，乘轩衣蟒，阴有不臣之心。而世蕃日夜与龙文诽谤时政，摇惑人心。近假名治第，招集勇士至四千余人。道路恟惧，咸谓变且不测，乞早正刑章，以绝祸本。

对严氏父子，世宗什么都能容忍，唯独不能容忍的就是谋反。所以，看到林润的密疏，世宗立即下达了逮捕严世蕃、罗龙文的命令。奏疏中提到的罗龙文，是严世蕃交往多年的心腹。

当严、罗二人押解来京后，刑部拟罪，悉数罗列严氏父子的罪恶，包括冤杀杨继盛与沈炼之事。奏疏送给世宗之前，先给徐阶过目。他看过后，把奏疏搁在一边，将刑部尚书黄光升与御史林润请入内室，屏退左右，轻声说道：“二位君子，你们认为严公子应当死，还是应当活？”黄光升答：“当然是应当死，严世蕃死有余辜。”徐阶接着问：“那么，你们二人审理此案，是要杀他呢，还是要救他？”黄光升答：“严世蕃的诸多罪恶，最令人发指者莫过于冤死杨继盛与沈炼。我们特别加上这一条，就是要将此案办成不可更改的铁案。”

徐阶笑道：“二位想法不差，但却忽略了另一面，杨继盛、沈炼之死，天下人皆知其冤，但杨继盛是中了严嵩之计触犯皇上忌讳，皇上颁下特旨处死。两人虽然均为严氏父子所害，但却都是皇上下旨杀掉的。皇上从来不认为自己做错了什么事。这份狱词若到了皇上手里，他必然怀疑你们是揭发严氏父子的罪行来彰显皇上的过失，这会引起他的盛怒。到时候，严世蕃可以从容出狱，而你们二位恐怕就会被定为死罪了。”

二人一听，脸色大变，表示重新商议，徐阶说：“事不宜迟，若泄露出去，恐生意外。”说着从袖中取出一稿，说：“我拟了一稿，你们速让写本吏员到这里来，连夜誊正，盖上刑部印，明天一早送进宫中。严嵩人虽走，但京城耳目甚多。今夜，凡参与者一个也不准离开！”

第二天上午，世宗读到严世蕃的罪行，杨继盛、沈炼只字未提，其中却有这样一段：

罗龙文与汪直交通，贿世蕃求官，世蕃用日者言，以南昌仓地有王气，取以治第，制拟王者，又结宗人典模阴伺非常，多聚亡命，南通倭，北通虏，共相响应。

世宗读到这里，可谓七窍生烟五官挪位，也不容细想，立即就同意了刑部的判决，将严世蕃及其党羽罗文龙绑赴西市斩首。

严世蕃于嘉靖四十四年（1565）四月被执行死刑。两年后，严嵩贫病交加，寄食于墓舍而死。从徐阶入阁起意要将严嵩置于死地到如今，已整整过去了十五年。由此可见，一个政治家要想做成一件大事，必须有着常人不可企及的耐心。