嘉靖二十九年的八月二十一日，世宗皇帝在西苑紧急召见严嵩与徐阶。

这次召见的原因是因为蒙古俺答部率兵越过长城，进逼到北京城外。蒙古游骑屡屡在边关滋事，但攻到京师，这还是第一次。一时间，北京城内人心惶惶。却说八月十八日到二十日这三天，俺答率部队从通州渡过运河向西开进，前锋七百骑兵抵达安定门外校场并在此安营扎寨。第二天，俺答骑兵攻到东直门，并在那里捉拿了皇帝马厩的八名宦官。士兵将宦官押到中军帐下，俺答傲慢地对八名宦官说：“我不杀你们，现在放你们回去，给你们的皇帝老儿送封信。”这封信的内容是要求通贡。嘉靖皇帝于是召见严嵩。老奸巨猾的严嵩看过俺答的信后，推诿说：“通贡是礼部管的事，这件事应该让礼部来处理。”

在这火烧眉毛的节骨眼上，世宗皇帝对严嵩不肯承担责任感到恼火，于是又紧急召见徐阶征询对策。徐阶清楚在大敌当前的形势下，回答稍一有误，就有可能招致杀身之祸。于是他斟酌答道：“敌寇已经深入内地逼近京师了，如果不允许他们通贡，恐怕会激怒他们。如果允许他们通贡，他们就会提出更多的要求，臣建议皇上派出使者用假话哄骗他们缓兵，让我们有时间加紧防备，待援兵到达，他们害怕被围歼，就会主动撤兵。”

应该说，只要具备三流智商的人，就会提出这样的建议，俺答只要稍稍动动脑筋，也会看穿这是缓兵之计。但在当时的情势下，世宗却认为徐阶出了一个好主意而一再称善。

九月一日，俺答率部离开京师，经张家口和古北口而出塞。他之撤退与各路勤王兵马的到来没有关系。这些勤王之师没有一支部队敢主动出击。俺答是因为在京城郊区大肆抢劫，其收获大大超过预期，而主动宣布撤兵。

京师的解围，世宗认为是徐阶建议的缓兵之计起了作用。因此对他的信任增加。这样一来，严嵩对徐阶的猜忌更加厉害。严嵩与夏言是死对头，而徐阶最初的赏识与推荐者正好是夏言。因人划线党同伐异历来是官场难以解决的顽疾。严嵩从根本上对徐阶就不可能产生信任，加之徐阶在世宗面前抢了几次风头，更是让他感到威胁。于是，他一直等待机会要对徐阶下毒手。

果然，严嵩等到了机会。盖因徐阶当过裕王的老师。因此，在皇太子夭折之后，排行老二的裕王就成为实际的储君，但世宗似乎不太喜欢裕王。徐阶担任礼部尚书，三番五次要世宗早立太子。明眼人一看便知，他这是为裕王说话，这件事引起世宗的不愉快。世宗听信道士陶仲文的话，认为自己要想长寿，就不能立太子。立太子就是“二龙会面”，小龙会克老龙的阳寿。但徐阶却不顾及世宗的心态，坚持要及早定下皇太子，世宗于是开始疏远徐阶。有一次，他召见严嵩说起徐阶，言语之间表示了不满。严嵩见有机可乘，便中伤道：“徐阶这个人并不缺乏才能，他的问题是有二心。”

“二心”之说，指的是徐阶坚持立太子。这句话戳到了世宗的痛处，越发对徐阶冷淡。

徐阶敏感地觉察到世宗态度的变化，而且他也准确地判断是严嵩从中离间。审时度势，他感到自己眼下还远不是严嵩的对手。于是一改游离状态，千方百计讨好世宗并在严嵩面前表现得服服帖帖。他为斋醮所写的青词比过去更为精心。经过一年多的调整，他终于重新获得世宗的信任并部分解除了严嵩对他的戒心。

嘉靖三十一年（1552）三月初九，世宗终于任命徐阶为东阁大学士，并入阁参与机务。

徐阶入阁时，也已年近六十。此时，他的政治谋略，已到了炉火纯青的地步。