杨廷和进入内阁时，首辅是李东阳。对于杨廷和的到来，李东阳深表欢迎。因为自刘健、谢迁等阁臣致仕后，他在内阁苦撑危局，备尝艰难。另一位新补的阁臣焦芳与刘瑾沆瀣一气，扰乱朝纲，无所不用其极。杨廷和入阁可以与他联手，对焦芳进行牵制。

关于杨廷和初入阁的情况，《明史·杨廷和传》如此表述：“瑾横益甚，而焦芳、张彩为中外媾，廷和与东阳委曲其间，小有济救而已。”说他们小有济救，乃是因为朝廷中邪恶势力过于强大，他们取得武宗皇帝的信任，故有恃无恐。李、杨二人，只能在夹缝中求生存。

离京三年，武宗身边的小人越聚越多。正德十四年二月初八，一直在西北边关巡游嬉闹的武宗回到北京。五天后，应杨廷和的请求，武宗按礼仪在南郊举行大规模的祭祀天地的典礼。礼毕，杨廷和将《居守敕》呈还给皇上。朝廷规矩，皇上出巡，内阁首辅留守处理政务，必须得到皇上颁赐的《居守敕》，方为名正言顺。皇上返京，《居守敕》必须交还。

当杨廷和将《居守敕》交还时，武宗并不接受。他说：“朕还会经常巡行，你不要把《居守敕》归还。”杨廷和一听这话不对劲，立即面奏：“请求皇上立即下达诏书，向天下的官吏百姓明确表述，从今以后，再不离京出游。”武宗报以暧昧的一笑，竟带着一百余骑弁卒，到南海子打猎去了。

七天以后，武宗将告谕送到礼部：“威武大将军、太师、镇国公朱寿，今往两畿、山东祀神祈福。”

杨廷和得知消息，极力劝阻，武宗不听。于是，朝廷各大衙门官员纷纷进谏请求皇上不要南巡，终于酿成了一场很大的政治风波。

首先上疏劝止的是兵部郎中黄巩，署名的共有六人。接着是翰林院修撰舒芬、吏部员外郎夏良胜、礼部主事万潮、太医院医士徐鏊，共一百零七人上书谏止。

这些官员的劝谏，应该都是在杨廷和的默许下进行的。明代官场的潜规则，大凡首辅想要采取什么行动，诸如劝谏、诛除皇上身边佞臣，一般让级别较低的官员先行上书，以此试探皇上的态度。若皇上因此动怒，此事就告停止；若皇上犹豫，第二批级别更高的官员就跟着上书。

武宗像过去一样，对官员的劝谏一概不理，但看到谏章越来越多，不满的调门越来越高时，武宗这才沉不住气了，他又拿起黄巩的奏章，读到其中这一段：

昔舜之戒禹曰“罔游于佚，罔**于乐”。周公告成王曰“毋**于观、于逸、于游、于猎”，陛下始游戏不出大廷，论者犹谓不可。既而幸宣府，幸大同，幸太原，幸陕西、榆林、延绥诸处，所至费财动众，州县骚然，至使民间一夫一妇不能相保。陛下为民父母，何忍使民至此！亏损圣德，贻讥万世，陛下自以为何如主也？近者复有南巡之旨，南方之民，争先挈妻子以避去者，流离奔踣，敢怒而不敢言。几何不驱之于死亡，流而为盗贼也！一旦变生，陛下悔之晚矣。彼居位之大臣，用事之中官，昵之近侍，皆欲陛下远出以擅权自恣，乘机为利也；否则亦袖手旁观，如秦人视越人休戚之不相涉也。夫岂有一毫爱陛下之心哉！

这封奏章长达千言，可谓直捣黄龙、风雷满纸。特别是读到上面这一节，武宗以及他身边的那几位佞臣都勃然大怒。武宗下旨将上书言辞最激烈的黄巩、万潮、徐鏊、陆震、夏良胜、陈九川等六名官员抓起来，投入锦衣卫大狱，将舒芬等一百零七人押到午门外罚跪五天。第二天，又逮捕大理寺正周叙等十人，第三天逮捕二十人，第四天又逮捕三人。

常言道，政治清明的表现是武官不怕死，文官不爱钱。武宗时代，却成了武官没有钱，文官不怕死。考诸明朝历史，文官中虽不乏小人，但主体上仍是君子占上风，越是朝廷中小人当道，君子愈显气节。按一般的常识：“君子道长，小人道消。”武宗当政时，这种情形一直呈绵延之势。

被逮下狱和下跪的官员，并不因为受到严惩而畏惧，君臣的对立到了白热化的程度。武宗下令将不肯认错的官员处以杖刑，先后死于杖刑的多达十七人。刑部劝谏的奏疏，由郎中刘校执笔，杖刑之前，他大声喊道：“我死而无畏，只恨我死前不能见到老母。”他的儿子刘元娄，年仅十一岁，站在一边痛哭。刘校对儿子说：“你要懂得事君死于义的道理。你回去好好伺候祖母和母亲，不要愧对你的父亲。”说完后就被杖打至死。

武宗听到这个故事，竟然也受到了感动，终于取消了南巡的打算，但对劝谏的官员，仍然都给予了削职、降级或贬谪的处分。