在朱棣当政的二十二年，杨士奇虽然深受信任，但常常还受到敲打。譬如说，朱棣在去世前一年，听信旁人谗言，认为杨士奇辅导太子出了差错，将他打入锦衣卫大牢，不到半个月又下旨释放。朱棣两次让杨士奇到牢中小坐，皆有惊无险。这样反倒增添了杨士奇的戒慎之心。永乐二十二年七月十八日，朱棣在西北榆木川军中病逝，享年六十五岁。他死前让英国公张辅赴京传达遗诏，让太子朱高炽继位。朱高炽于八月十五中秋节这一天登皇帝位，是为仁宗。仁宗是一个勤政爱民的好皇帝，可惜在位时间太短。他死于第二年（即洪熙元年）的五月十二日。只当了九个月的皇帝，享年四十八岁。

在仁宗执政的短短九个月内，他颁发了一系列诏令。对祖父朱元璋、父亲朱棣两位皇帝制造的冤案，都有所纠正；对老百姓的治理，更是大行宽政。因此，朝野上下都对这位新皇帝大加赞赏，认为是真正的太平天子。

他登基后不几天，就下旨恢复被建文帝裁掉的公孤制度。始于汉代的公、孤，是朝廷的最高爵赏。各有三，三公为太师、太傅、太保；三孤为少师、少傅、少保。这六种职务并非专设，而是由尚书、辅臣中德高望重的人兼任。建文帝认为赏爵太滥是朝廷弊政，故革除。永乐一朝亦未恢复。仁宗皇帝恢复公、孤制度，乃是为了报答一直效命的几位股肱大臣。第一批赏封公、孤的有四位大臣。他们是：蹇义为少傅，杨士奇为少保，杨荣为太子少傅，金幼孜为太子少保。

这四位大臣中，蹇义、杨士奇是仁宗身边的老臣，而杨荣、金幼孜则是他的父亲永乐皇帝的心膂。为了显示公正，一边提拔两个。这四人中，最受仁宗信任的，应数杨士奇。

在仁宗执政的九个月里，杨士奇提了不少好的建议。这里记载四条。

第一条：杨士奇担任礼部侍郎、华盖殿大学士、少保三个职务不久，有一天忽然申请求见。时仁宗正在乾清宫外的便殿接见蹇义、夏元吉两位大臣。他吩咐让杨士奇进来，并笑着对在座的两位大臣说：“新任的华盖殿大学士来了，必有谠言，你们一起听听。”杨士奇一进来，果然一番诤谏。原来三天前，仁宗下诏减岁供，目的是减轻农民负担。但大内惜薪司今日传旨，依旧照去年计划，征山东、河南枣八十万斤。杨士奇看到这道旨后，认为与前旨不符，更与仁宗减轻农民负担的初衷有悖。于是特意入宫，请求仁宗更改旨令。仁宗听罢，立刻降旨减半征收。

第二条：仁宗因蹇义与杨士奇辅导有功，决定给他们二人增加俸禄。杨士奇知道后，连忙建议：“汉文帝刘恒即位后，首先增加了自己老师宋昌的俸禄，这件事受到史家的贬斥。请您先给扈从先皇出征的大臣增加。”仁宗听从建议，先给杨荣、金幼孜增加了俸禄。

第三条：御史舒仲成在仁宗尚为太子监国时，曾向朱棣告过刁状，意在帮汉王说话。仁宗对此一直耿耿于怀，登基后，欲找个岔子对舒仲成治罪。杨士奇知道后立即制止，劝谏说：“陛下即位时，曾向全国下达诏书，明言此前一切忤旨者都不追究，尽行宽宥。如今却要处罚舒仲成，这与诏书的精神不符。这样一来，很多人都会感到恐惧，对政局的开展不利。陛下应该学习汉景帝对卫绾的态度，卫绾反对他，他却不计前嫌给卫绾升官，这才是从谏如流的仁政。”仁宗听罢，点头称许。

第四条：由于仁宗推行一系列勤政爱民的善政，短短几个月，国家便呈现出生机勃勃的新气象。于是，有一位大臣上疏，称太平盛世已到来。仁宗很喜欢这个说法，把这封奏疏拿出来让大臣们讨论。大臣们多数都积极附和，唯独杨士奇站出来对仁宗说：“陛下虽然恩被天下，但还有许多流徙在外的人不能回到家乡，许多州县的疮痍尚未得到恢复，老百姓普遍还比较贫困，温饱没有解决。若陛下坚持怀仁之心以及养民善政，几年后，百姓贫困得以解除，那时再提太平盛世，也不算迟。”仁宗再次听从建议，将那份奏疏束之高阁了。