现在中外学者谈汉学，不是说巴黎如何，就是说东京如何，没有提中国的。我们应当把汉学中心夺到中国，夺回北平。

——陈垣：《中国史料的整理》

陈垣身上有着很强的战斗因子，他反抗过清朝政府、北洋军阀和日伪政权，除了在报纸杂志上对各种反动势力进行口诛笔伐之外，还将自己的拳拳爱国心融入教育事业当中。

陈垣利用一切可能的机会宣扬“品行第一”。辅仁大学的返校节上，陈垣给大家讲了一个孔子开运动会的故事。《礼记》中有一节是讲孔子主持射箭比赛的事情，让谁把门呢？弟子子路。孔子说，有三种人不能参加，一种是败军之将，一种是为敌人做事情的，一种是认敌为父的。很多汉奸听了以后都灰溜溜地走了。敌伪统治下，在一个很公开的场合说这样的话，很不容易。

在教学当中，他也会巧妙地灌输爱国思想。他开了一个新的课程叫“史源学”，有一次讲到清朝两个学者讨论一个问题：金灭北宋以后，一时不能灭南宋，在中原地区建立过一个伪齐政权。这两个学者讨论伪齐的头子刘豫死后到底埋在什么地方。分析了两人观点之后，他突然话题一转，说刘豫到底埋在哪里不重要，有一条材料讲，刘豫的后人都不承认他这个祖先。“所以一个人当了汉奸，连后人都不承认他。”

陈垣选择研究历史的道路，和他的爱国情怀也有很大关系。中国五千年连续不断的文明史，一直吸引着众多国内外的学者去研究和探索，外国人称博大精深的中国学问为“汉学”，研究中国学问的人为“汉学家”。近代中国百事不如人，对中国学问的研究也落后于欧洲、日本。陈垣怀着对中华民族历史文化的一片丹诚，对上述现象愤愤不平，在不同场合、不同时期多次呼喊“我们应当把汉学中心夺回中国”。陈垣的学生柴德庚、刘乃和多次听到陈垣在课堂上讲：“每当我接到日本寄来的研究中国历史的论文时，我就感到像一颗炸弹扔到我的书桌上，激励着我一定要在历史研究上赶过他们。”这个所谓的“陈垣要强”，其实就是“国家要强”。曾在燕京大学受业于陈垣的翁独健回忆说，听陈垣讲授“中国史学评论”课时，陈先生说：“19世纪以来，有人标榜东方学、汉学的中心在巴黎，当时巴黎有几个著名的汉学家；后来日本雄心勃勃地要把汉学研究中心抱到东京去，当时日本研究的重点是蒙古史、元史。汉学研究中心在国外，是我们很大的耻辱。”陈垣鼓励学生把它抢回北京来，鼓励青年一代在文史战线上取得超越前人、超越外国人的成果。正是在陈垣的影响下，翁独健选择了蒙元史作为自己一生的学术研究方向。

1925年，北京文化界的爱国人士，组织“敦煌经籍辑存会”，从事搜集、整理敦煌资料的工作，并阻止敦煌珍品的继续外流。陈垣在“辑存会”担任采访部长。他将北平图书馆所藏敦煌经卷8000余轴，编成《敦煌劫余录》。在这部经典的目录学著作中，陈垣不但娴熟地运用了中国传统的目录编制方法，还引用了近代西方目录索引方法。胡适评价说，这部书“考订之详，检查之方便，已远在巴黎、伦敦诸目之上了”。“劫余”二字，取其历劫仅存之意，在序里提到“匈人斯坦因、法人伯希和相继至敦煌载遗书遗器而西，国人始大骇悟”，当时有朋友曾劝他在序中不要直接提名，因为他们来中国，在学术界集会上彼此还常见面；而且“劫余”二字太“刺激”，是否改一名称。陈垣说：“用劫余二字尚未足说明我们愤慨之意，怎能更改！”他对中华民族历史文化的一片丹诚，为师为学的拳拳爱国之心，跃然纸上。