城中村的形成是城乡二元结构的重要表现，土地和户籍制度是二元结构的重要制度内容。当前，户籍制度改革已经逐步推行。2012年2月23日《国务院办公厅关于积极稳妥推进户籍管理制度改革的通知》提出，要继续探索建立城乡统一的户口登记制度，逐步实行暂住人口居住证制度。
我国实行的是城乡分割的二元管理模式，城中村中有宅基地、自留地以及工业用地，有住房、新房及出租房，有合法产权以及违章、违法建筑，形成了复杂纷繁的土地、房屋关系。因此，城中村的改造涉及面广、政策性强，涉及了方方面面的权利和利益，是一项复杂的系统工程。我国城中村土地使用中的问题及制度障碍，其中集体土地流转受限，集体土地所有权不完整、主体缺位是城中村土地使用中存在的主要制度障碍。所以要想完善我国城中村的土地使用权制度，应该从明晰集体土地所有权主体、城中村集体土地所有制的创新入手，使我国城中村的土地得到有效的利用。
深入分析城中村现象发现，城中村的形成、显现、发展和改造都与城中村土地使用制度有着密切的联系。要彻底解决城中村问题，实现人与土地资源的可持续发展，就必须对现有的城中村土地使用权制度与所有权制度进行更新。明晰城中村集体土地所有权主体以及城中村集体土地国有化是其必经之路。
（一）在土地法律约束下的制度创新
我国《土地管理法》第2条规定，“中华人民共和国实行土地的社会主义公有制，即全民所有制和劳动群众集体所有制”；第8条规定，“城市市区的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有”。也就是说，农村土地是集体所有性质。
但是，《土地管理法》第2条又规定，“任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地使用权可以依法转让”。这句话的意义在于国有和集体的土地（所有权）不得买卖和转让。但国有土地实行使用权与所有权分离以后，使用权进入市场自由流转，而集体土地使用权的转让还有种种限制。
农村集体土地的法律关系性质在《土地管理法》第63条规定，“农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设”。同时国家保护耕地的基本政策也是限制集体土地的使用权流转的政策依据。这样的集体土地产权从市场经济体制的角度来看就是不完整，产权是一系列权利的集合，不能交易或交易受限的产权不是完全的产权，很难转化为资本。
《土地管理法》第43条规定：“任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地”，“国有土地包括国家所有的土地和国家征用的原属于农民集体所有的土地”。这里所表达的含义是农村集体土地不能直接进入市场，但可先收归国有，然后可以进入市场进行出让。
（二）城中村改造中土地确权的制度创新
城中村改造中的土地确权，关乎城中村的集体经济组织和成员个人的切身利益，是我国城市化进程中的突出问题。加快解决城中村改造中土地确权问题，这是明晰城中村土地产权，保障被拆迁人的合法权益，促进社会和谐稳定的迫切需要。
1．土地确权的对象
在城中村改造过程中，被拆迁人的拆迁补偿是一项很重要的关键环节和相当棘手的工作，被拆迁人的对象主要包括农村集体经济组织和成员个人及其他对象，其中涉及大量的拆迁补偿主要是集体土地、村民土地和未征收土地，这也是土地确权的主要对象。这三部分土地基本上都由农村集体经济组织或成员个人持有和管理，它是集体经济或成员个人长期以来赖以生存和发展的主要资源和收入来源。由于我国城市化发展和农村土地制度变迁的原因，这三部分土地中大量存在未确权，界限不清，产权混杂或产权手续不齐等问题。
2．土地确权制度创新的理论观点
总结借鉴我国部分试点城市和西方国家或发达地区的经验做法，土地确权问题可以运用如下几种主要理论来指导解决。
（1）集体土地产权制度理论。由于我国城市化发展和农村土地制度变迁的原因，城中村的大量土地仍然由原农村集体经济组织或成员个人持有和管理，城中村改造中土地确权的实质就是对城中村集体土地的所有权或使用权的制度创新问题，针对城中村土地的权属、数量、界限、用途等相关问题运用土地产权制度理论来指导解决。
（2）利益相关理论。城中村治理改造的实质是相关者利益再调整和均衡问题。由于城乡二元管理体制及其造成的利益代表的偏好，加上土地产权市场的封闭交易使城中村改造过程中的多方利益非常难以协调，村民宁可是“村民”而不愿是“市民”。有学者运用动态博弈理论分析了政府、村民和开发商三者的利益冲突与协调关系，求得的均衡结果表明：城中村改造有政府主导型；村民自治型；政府、村民、开发商共同改造型三种模式可选择。城中村改造的基本逻辑是构建政府、村民、开发商的多维利益协调机制。
3．国内外土地确权的经验启示
在我国，土地确权问题是城市发展中的一个重要问题，为解决这个问题我国部分城市已经启动了制度创新改革并出台各种试验性政策。以成都市为例，成都在解决农村土地权属问题方面，探索出一套较为有效完整的经验做法。2007年6月国务院批准成都市为全国统筹城乡综合配套改革试验区。多年来，成都以城乡统筹为战略导向，全面推进各个领域的体制改革，其中在农村产权制度改革方面进行了积极探索，并取得了显著成效，有较强的示范效应和典型价值。为推动农村产权制度改革，成都市先后出台了多个文件政策，2008年1月1日出台了《关于加强耕地保护进一步改革完善农村土地和房屋产权制度的意见（试行）》，接着在2008年2月29日出台了《关于加强耕地保护改革农村土地和房屋产权制度工作的指导意见》。农村集体土地和房屋确权登记，包括明确农村集体土地所有权、明确农村集体土地使用权和明确农村房屋产权是改革的重点之一。
成都市在全国率先启动了农村产权制度改革，推动建立“归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅”的现代农村产权制度，对农村土地和房屋实施确权、登记和颁证，将对农村土地和房屋的财产权落到实处。一是确认集体土地的所有权。将集体土地所有权分别确权给集体经济组织的农民集体，并颁发土地所有权证书。二是确认集体建设用地的使用权。通过依法确权和登记，为农村集体经济组织依法取得集体建设用地的业主及宅基地使用者颁发土地使用权证书。三是确认房屋的所有权。通过依法确权和登记，为房屋所有人颁发房屋所有权证书。各项确权工作依法依规办理，具有明确的确权基本程序：清理、勘界、确认、登记、发证。据有关报道，成都市于2010年在全省率先完成了全部255个乡镇（街办）、2622个村（社区）、3万多个村民小组、170余万村民的确权登记发证。
西方国家对土地管理方面的研究起步较早，有关土地产权管理的制度比较健全。在美国，实行集中垂直的土地管理体制，强调土地的社会职能和利益高于一切，实现土地资产的可持续利用是美国土地管理的根本宗旨和主要目标。美国实行公私兼有的多元化土地所有制，土地的所有权、使用权和受益权各自独立，土地界线清晰，不存在任意占用或平调，土地可以通过自由买卖、租赁等有偿方式取得确权。对土地管理的地位和职责，通过制定各种土地法令，例如，1785年颁布的《土地法令》、1862年颁布的《宅地法》、1997年颁布的《联邦土地政策和管理法》，等等。以法律的形式给予进一步的明确和界定，若土地权属出现纠纷就由法院解决，政府不担任调解仲裁角色。在俄罗斯，土地实行私有化制度，农村掌握了土地的所有权，实行农用土地自由流通制度。2001年10月出台实施了《俄联邦土地法典》，2003年1月出台实施了《农用土地流通法》，这两法明确了包括农用土地在内的土地私有化原则和土地买卖的程序，确立了俄罗斯土地的私有权，认为界定产权是为了市场交易，只有通过市场交易，产权才能够真正得到清晰和明确的界定。在新加坡，实行混合型的土地制度，在625平方公里的国土总面积中，国有土地面积约占53%，公有土地面积约占27%，私人拥有的土地面积约占20%。国有和公有土地约占国土总面积的80%，其中相当大部分是通过土地收用制度而逐渐转变为国有和公有土地。新加坡的土地可以通过土地市场来完成确权，土地市场有三种基本类型。第一种是以土地私有制为基础的土地市场。通过土地交易买卖，土地的所有权由一个私有者转移到另一个土地私有者，在完成交易一个月内到政府有关部门登记，办理产权移交手续，缴纳印花税，并在不动产协会所办的周刊上发表，将交易公开，便于指导实际交易和社会监督。第二种是以土地国有和公有为基础的土地市场。政府的法定机构（如建屋发展局、港湾局、公共工程局等）向国土局购买土地的市场。通过土地交易，并不发生所有权的变更，而仅是土地使用权的变化。实质上，这是土地使用权的交易市场。第三种是以私有土地转变为国有和公有为基础的土地市场，这种市场又可称为土地收用市场。运用市场买卖机制，通过土地收用制度将私有土地逐渐转变为国有和公有土地。
4．城中村改造中土地确权制度创新的主要建议
针对城中村土地确权的对象，包括集体土地、村民土地和未征收土地给予明确的合法身份，对集体土地给予土地使用权证，村民土地房屋所有权证，未征收土地给予调查登记，明确土地产权。城中村的土地确权主要涉及城中村原村集体经济组织和村民个人的资产、利益以及村民的就业、福利等切身问题，若处理不当，容易与集体或村民产生矛盾，这是解决城中村土地确权问题的关键点和突破口。
（1）深化行政改革，建立城中村土地确权制度。城中村改造是一项涉及大量土地和房屋产权的巨大动迁工程，土地确权是关键。在城中村存在土地权利界定不清，权属关系混杂，违法违章建筑数量庞大等现实问题，在全国大部分城市都存在这些问题，这是当前各城市政府面临的重要难题。政府行政体制和制度的缺位和滞后是根本，因此要大胆深化行政体制改革，建立和完善各项相关制度。一是政府要加快深化行政体制改革，大胆推进建立城中村土地确权的相关制度。二是政府加快推进对未确权的土地和房屋，进行彻底的调查登记。针对城中村中已建、在建、待建和停建的违法违章建筑尽快出台相关处理政策，大力整顿城中村的建设秩序和规范建设审批程序，对违法违章建筑采取先登记后处理的做法，并制定土地确权的相关制度。三是建立城中村土地和房屋的流转制度，规范城中村的土地和房屋交易行为，防止集体土地进入黑市交易，通过合法的市场交易来完成土地确权。
（2）大胆改革集体股份合作制，建立创新的集体土地产权制度。在城中村，集体经济组织是城中村土地的主要产权主体和管理主体，城中村的土地大部分都在集体经济组织和成员个人持有和管理。因此，大力推进集体经济组织的管理体制转换，大胆尝试以地入股的新型集体股份合作制，村民以地入股集体经济组织成为股东，有效集中和管理土地资源，由村民来经营管理集体土地使其实现保值增值，有效杜绝集体土地出现违法违章建筑的现象，有效减轻城中村改造的土地征收拆迁难度，创新城中村土地确权的新思路和新做法。
（3）建立健全的社会保障制度，加快完成城中村的土地确权。城中村的改造和土地的确权涉及城中村的集体经济组织和成员个人的切身利益和社会保障问题。长期以来，城中村的土地都是原有集体经济组织和村民赖以生存和发展的生产资料，它是创造收入、福利和就业的根源和社会保障功能。因此，针对集体经济组织和成员个人建立健全的就业和社保机制是关键，通过城中村改造和土地确权的机遇，增加集体经济组织和成员个人的经济收入、社会福利和就业机会，让他们享受到所带来的经济效益和社会效益，促使他们支持和加快完成城中村的土地确权工作。
（三）明晰城中村集体土地所有权主体和所有权权能实化
土地使用制度的改革与建设将是围绕土地资源配置的市场化而进行的多方面的制度创新过程，其总目标是建立适合社会主义市场经济发展要求的新的社会主义土地使用制度，这也是我国城中村土地使用权制度改革和完善的方向：一是土地所有权的明晰，所有权明晰是进行交易的前提条件，是整个经济活动得以正常运行的制度基础，所有权明晰将更加有利于土地权利的保护，特别是农民的土地财产权利将得到更为有效保护。二是所有权权能的细化，将更加有利于提高土地作为空间资源的利用效率。三是适应物权价值化趋势。我国土地制度现在以保护土地所有权为主，随着市场经济的发展，土地的使用价值，常以使用权形态归属于用益权人，土地的交换价值，则以担保形态，归属于担保权人，所有权人以此获得融资。
1．明确集体土地所有权主体
按照《土地管理法》抓好农村集体土地所有权主体的明确工作。不管采取哪种形式，都必须明确集体土地所有权主体，使农村集体土地产权真正做到产权明晰、权属合法、权责明确、责权统一，使农村集体土地的所有权人和使用权人的合法权益得到有效保障。通过明确农村集体土地的所有权主体来进一步强化农民对土地所有者的权属意识和集体意识。与此同时，还要逐步做到所有权、承包权（使用权）、经营权分离，使国家、集体、个人三者利益都得到依法保护。
物权法上要求物权必须有明确的主体和特定的客体。农民集体土地所有权的主体不是单个的农民集体成员，而是通过一定的组织形式的全体农民集体成员。物权立法应当规定村民集体所有权的主体权利实现机构和主体自决权，以落实村民的所有权，村民集体成员大会或代表会议就是形成村民集体成员共同意志的最好形式。同时，将现行的村民委员会和村小组设置与村民集体成员大会衔接起来，达到公司法上法人机关的要求，以真正实现村民对土地管理的自治自决。
2．农民集体土地所有权权能实化
《民法通则》第71条规定：“财产所有权是指所有人依法对自己的财产享有占有、使用、收益、处分的权利”，即所有权包括占有、使用、收益、处分四项基本权能，缺少任何一项，都不能说是完整的所有权。
具体落实到农民集体所有权权能，包括农民集体全体成员以集体名义持有并实际控制土地的权能，依照土地性能和合同在农民集体和土地使用权人之间进行分配的权能，农民集体对所有权转移和转换的处分权能；保护土地所有权免受不法侵害的权能。通过具体行使这些权能，使土地不断增值，以实现村民集体成员的整体利益和个人利益。通过对所有权权能的实化，可以将其纳入市场轨道，可以进行市场运作和配置，从而为集体土地国有化改制创造条件。
3．明确村民股权，政企分开与股权入股
集体组织身兼基层行政和管理经济的双重职能，这使得集体组织结构难以实现城市化管理，使不完全城市化成为必然。因此需要对集体组织的管理职能加以重新界定，分别建立新的经济实体与城市化的行政管理体系。城中村改造中出现村（居）委会身兼两职现象容易导致政企不分，同时影响居民的经济收益。因此，应该尽快将集体资产的经济管理职能从村（居）委会管理职能中分离出来。一方面应按照规范的城市管理模式组建社区居委会，明确管理和服务范围。另一方面将原来由村委会管理的集体经济实体转制为由集体法人股东和个人股东持股的股份公司，股份量化到个人，公司作为代理人管理原城中村集体经济。鼓励实行土地股份制经营，农民变股民。这有利于农民土地所有权和收益权的分离，促进了农民非农化和向第二、第三产业的转移，同时保障了农民的土地收益权。
（四）城中村改造的土地所有制一元化的创新
城中村土地所有制创新的目的是要实现城中村的城市化改造，推动城市化进程。具体而言，其基本思路是要在现有的制度框架下寻求一条出路，以彻底摆脱土地二元所有制结构对城中村城市化发展造成的制度障碍。实际做法就是实行集体土地国有化转制。
1．集体土地国有化转制
集体土地国有化转制，是在现有制度体制下顺应城市化发展而出现的一种社会现象，也是一种法律现象。它是指在集体经济比较发达、整体建设水平较高的城市周边地区或城市内部的城镇在城市化过程中，以农村集体经济组织成员全部由农民转为城市居民，并实现了村镇建制向城建制的过渡为前提，通过行政命令的方式，将原属农村集体所有的土地整体性、一次性地转为国有，并基本不改变原有土地用途和使用权归属。
2．集体土地国有化转制的实践
（1）广州市的实践。2002年5月，广州市出台了《中共广州市委办公厅、广州市人民政府办公厅关于城中村改制工作的若干意见》，其中规定，列入改制范围的城中村要在户籍管理、土地管理、行政管理、集体资产管理等十个方面实现由二元向一元体制的转变，而其中的户籍、行政、集体资产管理体制的转变成为土地管理体制转变的前提。从2002年10月开始，广州市在条件比较成熟的城中村开始进行城中村土地、房产转制的试点工作。各个试点村按照“一个改变、三个不改变”的原则，进行土地、房产转制。“一个改变”是指土地所有权的改变，即实施改制的城中村，在农民成建制转为城市居民后，原村行政管辖范围内的剩余集体土地，一次性转为国有土地；“三个不改变”是指其合法土地使用权人和土地用途不改变，原农用地承包人继续拥有国有农用地土地承包经营权，对转制后的土地使用权人核发国有土地使用权证。如该土地、房产进入市场或改变用途，发生扩建、改建，则按规定补缴国有土地使用权出让金及有关税费。
（2）深圳市的实践。2004年6月26日，深圳市政府印发了推进城镇化进程的《深圳市宝安、龙岗两区城市化土地管理办法》。其核心内容，就是土地权属的改变。文件规定：“根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》的相关规定，两区农村集体经济组织全部成员转为城镇居民后，原属于其成员集体所有的土地属于国家所有。”
3．集体土地国有化转制的具体内容
根据广州市以及深圳市的集体土地国有化转制的实践经验，可以看出城中村集体土地国有化转制应该包含以下内容：第一，在户籍管理方面，农村村民的村民户口转变为城市居民的居民户口，实现居民户籍制度的改革，随之而行的是计划生育和社会福利的转变。第二，农村集体所有的土地转变为国家所有，实现土地使用制度的改革，由政府统一建设规划。第三，农民的私房通过房屋管理制度改革变为城市居民房地产，并可以进入流通市场进行交易。第四，撤销农村的村民委员会，设立居民委员会，将原来村民委员会行使的基层行政管理职能交由居民委员会行使。第五，在经济体制管理方面，将原来由村委会管理的农村集体经济组织转制成为由集体法人股东或个人股东持股的股份制企业（公司），股份具体量化到个人，公司作为代理人通管原城中村集体经济，改变原村集体经济组织政企不分的状态。
4．集体土地国有化转制的评析
现行的法律制度下，要使城中村的土地能够合法地在市场上自由流通，把固化的土地资产变为流动的货币，就必须赋予土地抵押、转让等权利，从而真正实现城中村城市化，而深受我国二元土地制度限制的集体土地却并不具有这些权利。在现有法律框架下，要使城中村的土地能够合法地在市场上自由流通的唯一办法就是改变土地的所有权性质，使其由集体所有转变为国家所有。如果通过土地征用来实现集体所有转变为国有将使政府面临无法负荷的财政压力。至此，各地另辟蹊径，采用集体土地国有化改造的方式，既可以实现土地国有，又可以彻底解决城乡二元结构的矛盾，实现城乡管理的一体化。
需要注意的是，集体土地国有转制在我国尚处于探索和起步阶段，因此，转制前必须深入农村基层组织调查研究，制定配套的法规规章和操作方案，确保利益的平衡和社会的稳定。集体土地国有化转制是一个系统工程，必须有符合转制的基本条件，在城市化发展到一定阶段的基础上才能依法推进转制，不能操之过急。尤其应当注意的是，在目前我国的城中村中，不是每一个城中村都可以采用集体土地国有转制的方式进行城中村土地制度改革，只有在集体经济比较发达、整体建设水平较高的城市周边地区或城市内部的城中村才可以考虑实行集体土地国有转制这种方式进行城中村改造。