从学科的角度来看，我国高等学校的学院制大致有以下几大类。

第一大类，虚体型学院与实体型学院。虚体型学院是由相关学科的系、所联合而成，各系所负责教学、科研等具体工作，学院只起协调指导作用。如联合开展课题申报、实行资源共享、教师互聘及相互开设课程等。实体型学院也即“虚系实院”，学院作为校内的二级管理机构，拥有相对独立的办学自主权。如职称指标、经费分配、人员定编等都以院一级为核算单位。目前我国相当一部分高校中这两种学院并存，如清华大学的六个学院中有三个是虚体，另外，大连理工大学、华中科技大学、中国人民大学、北京师范大学等都有一定数目的虚体学院。从虚实两种学院的运行情况来看，实体型学院好于虚体型学院。

第二大类，由系直接升格的学院和以学科组建的学院。这类学院的共同特点是以学科为中心。系级院分两种：一为跟风型，名为学院，实际上仍是原来单一的系科；二是拓展型，即在系升格为学院之后，随外延的扩大而积极发展相关的新专业、新学科。以学科组建的学院是利用大学内部多学科的优势，按照某种原则组建的，一般有以下两种：①以一级学科为核心，将相同或相近或相关的二级学科有机地联合起来组建学院；②以骨干学科为龙头建设学科群，构建适合自身特点的跨学科性、小型综合性学院。由于这种方式实施起来需要打破原有系科的运行框架，因此难度较大。

第三大类，按产业或行业的集合设置的学院和与地方政府或企事业单位联合共建的学院。这类学院的共同特点是以社会需要为原则，充分考虑办学的社会适用性。前者突破了单纯按学科组建学院的思路，但仍依靠大学内多种学科力量的支撑。如中国地质大学适应社会需求，以岩石学、矿物学等学科为支撑设置的珠宝学院；南开大学按高技术产业建立的信息技术学院。设置这类学院有利于综合利用大学内部各学科的力量，发挥多种学科人才的优势，产业性、学科性都很强。大学与地方政府或企事业单位联合共建学院，一般来说，是由地方政府或企事业单位出资，学校提供相关专业的人员，两者联合办学。如厦门大学与晋江市共建的晋江学院、湖南大学与岳阳市联合创办的岳阳理工学院、东南大学与南京汽车工业公司联合组建的汽车工业学院等。这种学院的优势在于：学校与社会或企业各取所需，社会或企业利用学校学科和人才的优势发展经济，学校通过吸纳资金缓解经费不足的压力，实现互补。

此外，还有合并型大学中的学院，这类形式的学院为我国所独有。20世纪90年代以来，随着新一轮的院校调整，我国参与合并的高校已达556所，如新组建的扬州大学是由独立的扬州工学院、江苏农学院、扬州医学院、扬州师范学院等6所高校组成的，新吉林大学是由吉林工业大学、吉林大学、白求恩医科大学等5所独立的高校重新组建而成的。此外，浙江大学、上海大学、同济大学、西北农林科技大学等，在组建成新大学之后，其地位便从原来具有法人资格的大学变成了新大学中的二级学院，成为大学中的一个层次。与其他几类不同，这类学院规模都比较大，学科专业也较全面，合并后如何建立一套有效的管理机制、如何对学科进行调整目前仍在探索中。[4]