第一，建立学院制是对20世纪50年代院系调整的修正。我国首次建立学院制是20世纪20年代。1929年，南京国民政府颁布了《大学组织法》和《大学规程》，规定“大学分文、理、法、教育、农、工、商、医各学院，须具备三个以上学院者，才能成为大学。且三个学院必须包括文理学院或农、工、医各学院之一。不足三个学院者称为独立学院……大学的各学院或独立学院各科，可分若干学系”[1]。1939年，国民政府对上述法规进行了修订，并颁布了《大学及独立学院各学系名称》，进一步规定了学院中各学系的组成。例如，文学院（或独立学院文科）可设中国文学、外国语文、哲学、历史学、语言学、社会学、音乐学及其他各学系。理学院（或独立学院理科）可设数学、物理学、化学、生物学、心理学、地理学、地质学及其他各学系。法学院（或独立学院法科）设法律、政治、经济三个学系。教育学院（或独立学院教育科）设教育原理、教育心理、教育行政、教育方法及其他各系。农学院（或独立学院农科）可设农学、林学、兽医、畜牧、桑蚕、园艺及其他各系。工学院（或独立学院工科）设土木工程、机械工程、电机工程、化学工程、造船学、建筑学、采矿、冶金及其他各学系。商学院（或独立学院商科）设银行会计、统计、国际贸易、工商管理、交通管理及其他各学系。医学院不分系，学生从二年级起选定一个主系，并以另一系作为自己的辅系。至1951年院校调整前，我国高校校内体制和专业设置都是依上述规定进行的。

新中国成立后，在政治、经济发展全面“以苏联为师”之时，我国高等教育的发展也受到了苏联的影响。1949年12月，教育部在北京召开第一次全国教育工作会议，会议决定“以老解放区新教育经验为基础，吸收旧教育有用经验，借助苏联经验，建设新民主主义教育”。根据这一指导思想，教育部决定对高等学校进行院系调整。调整方针是：仿效苏联高等学校的类型，将全国高等学校分为综合大学（设文理两个学科）及专门学院（按工、农、医、师、财经、政法、艺术、语言、体育等学科分别设置）两种；整顿与加强综合大学，发展专门学院，首先是工业学院与师范学院；高等院校的布局上，综合大学，各大行政区最少1所，最多4所。专门院校视各大行政区的实际情况设置；专科学校视情况进行调整。这样，从1951年至1953年，教育部对高等院校进行了两次调整。

截至1953年年底，调整后的高等学校共有183所。其中，综合性大学14所，工业院校39所，师范院校31所，农林院校29所，医药院校29所，财经院校6所，政法院校4所，语言学院8所，艺术院校15所，体育学院5所，民族学院2所，其他类院校1所。由于这两次调整是以减少综合性大学、增加专门学院为目标，这使单科性的大学或学院成为我国高等学校的主体。这些学校按一级学科设置，校内再按二级学科设置系，按三级学科设置专业。学科涵盖面极小，在这种情况下，学院失去了存在的基础。此后，系成为高等学校培养专门人才的教学行政单位，校、系两级组织结构在我国高等学校中成为普遍现象。虽然这两次调整使我国高等学校“走上了适应国家建设需要，培养专业人才的道路”[2]，对恢复与重建我国的工业和经济基础产生了重要作用，但是，它也为后来我国高等教育的发展留下了隐患。这主要表现在：①以系所为单位存在明显的资源浪费。各系自行购置仪器设备、图书资料，不仅重复购置行为严重，而且利用率低，浪费了有限的教育资源。②实行校、系两级结构，系级组织既是教学机构又是行政机构，导致学术机构行政化，弱化了学科在大学中的基础地位。③这两次调整是以当时的产业结构为基础的，所以，无论是通过调整综合性大学的专业而设立的学院还是新建立的高校，都是一科一校的专业性院校。这一特点既制约了这些学校的进一步发展，也影响了这些学校人才培养的质量。这些学校培养的学生大多局限于一专一艺，知识视野狭窄，专业技能单一，适应能力弱，学科发展也缺少新的增长点。④经过调整，我国高等学校虽然数量有了较大幅度的增长，但同一类型的学校重复设置的现象比较严重，这些学校普遍存在规模小、效益低的问题。因此，在我国高等教育发展结束了非正常的荒废与停滞之后，对这种组织结构进行调整，也就势在必行。

1979年4月，中共中央在北京召开工作会议，提出对整个国民经济实行“调整、改革、整顿、提高”的方针。在这一方针的指导下，高等教育领域也开展了一系列的调整和改革，包括：调整高等学校的领导班子，提高师资水平，改善办学条件，调整学科之间的比例与专业划分，稳步进行教学改革和领导管理体制改革，建立学位制度，大量派遣留学生等。1985年，《中共中央关于教育体制改革的决定》指出，我国高等教育发展的战略目标是：到20世纪末，建成科类齐全，层次、比例合理的体系，总规模达到与我国经济实力相当的水平；高级专门人才的培养基本上立足于国内；能为自主地进行科学技术开发和解决社会主义现代化建设中重大理论问题和实际问题做出较大贡献。为了实现这个目标，当前高等教育体制改革的关键是：①改变政府对高等学校统得过多的管理体制，在国家统一的教育方针和计划的指导下，扩大高等学校的办学自主权，加强高等学校同生产、科研和社会其他各方面的联系，使高等学校具有主动适应经济和社会发展需要的积极性和能力。②扩大高等学校的办学自主权。在执行国家的政策、法令、计划的前提下，高等学校有权调整专业的服务方向，制订教学计划和教学大纲，编写和选用教材；有权接受委托或与外单位合作，进行科学研究和技术开发，建立教学、科研、生产联合体；有权提名任免副校长和任免其他各级干部；有权具体安排国家拨发的基建投资和经费；有权利用自筹资金，开展国际教育和学术交流等。对不同的高等学校，国家还可以根据情况赋予其他权力。关于高等教育结构，文件还指出，当前我国高等教育内部的科系、层次比例失调，要根据经济建设、社会发展和科技进步的需要进行调整和改革，要改变高等教育科类比例不合理的状况。大学本科主要通过改革、扩建和各种形式的联合，充分发挥潜力。

进入20世纪90年代，我国高等教育发展跨入了一个新的历史阶段。1992年，我国确立了建立社会主义市场经济体制的改革目标，同年，第四次全国高等教育工作会议召开，明确提出了在新的历史条件下高等教育发展的战略方针和改革思路。即必须坚持规模、结构、质量、效益统一协调发展的方针，坚持走以内涵发展为主的道路；在高等教育改革中，教育思想和教育观念的改革是先导，体制改革是关键，教学改革是核心，适应社会主义市场经济体制和社会发展的需要、提高教育质量和办学效益是根本目的。[3]1993年，中共中央、国务院发布了《中国教育改革和发展纲要》，这是我国跨世纪教育改革和发展的蓝图与纲领。《中国教育改革和发展纲要》肯定了第四次全国高等教育工作会议确定的思路和方针，并强调要进一步深化高等教育管理体制改革，逐步建立起政府宏观管理、学校面向社会自主办学的体制；要区分不同情况，进一步扩大高等学校的办学自主权；学校要善于行使自己的权力，承担应负的责任，建立起主动适应经济建设和社会发展需要的自我发展、自我约束的运行机制。

按照文件的精神，我国高等学校开始调整既与改革高等教育管理体制、提高高等教育质量和办学效益不相适应，也与高等学校学科和专业发展不相适应的内部组织结构。

第二，建立学院制受到市场机制的影响。与20世纪50年代院校调整由政府周密计划、依靠行政手段自上而下实施不同，改革开放后，我国高等学校组织结构调整与市场因素有很大的关系，这主要表现在就业市场的推动上。尽管从80年代中期起，我国就开始探索大学毕业生就业制度的改革，但是在1992年以前，我国高等学校的毕业生仍然按计划分配。像1987年，我国一方面在353个专业人才奇缺，缺乏大学毕业生达19万人之多；另一方面，有157个专业的毕业生过剩，有十多万名大学毕业生找不到与自己的专业相一致的工作。尽管过剩与不足并存，但由于有政府分配计划的保证，这并没有对大学的专业结构、人才培养方式和办学理念产生多大的冲击。进入90年代，随着我国从有计划的商品经济向社会主义市场经济体制的转变，高等教育发展的内外环境也发生了很大的变化。高等教育不再被视为一种由政府统包统揽的事业，而被视为一种准公共产品。接受高等教育是个人的一种投资，上大学应该缴费。毕业生就业制度也应该由国家“统包统分”向毕业生与用人单位“双向选择”“自主择业”转变。这些观点不仅被纳入1993年颁布的《中国教育改革和发展纲要》，成为我国高等教育领域相应工作的指导原则，而且被广泛地付诸实践。在这种情况下，高等学校不仅要对政府负责，也要对作为一般消费者的学生负责，使他们尽可能地拥有适应社会发展所需的专业知识和技能，在就业市场上处于相对有利的位置，并具有一定的竞争优势，而这些仅靠各高校原有的学科、专业结构和人才培养方式是无法完成的。于是，我国高校一方面设立适应经济发展需要的新学科、新专业；另一方面对相邻或相近的学科进行调整，以拓展专业口径，增强适应性，提高大学的竞争力。在学科、专业结构变化的影响下，我国大学的组织结构也发生了相应的变化。

第三，建立学院制是适应大学管理的要求。从1977年恢复高考，到20世纪80年代末期，我国高等学校不仅数量增长，而且规模急剧扩大。1978年，我国5000人以上的高等学校仅有4所，而到1995年，一些规模较大的综合性大学不仅在校生普遍在5000人以上，而且往往由五六十个系、所和中心组成，平均每位校长要分管十多个单位，管理负担很重。现代管理学认为：一个管理者能够管辖的下属人数或单位是有限的，超过了这个限度，管理效率就会下降，所以任何一级管理机构都应保持一个适当的管理幅度。一般来说，一位上级管理者以直接领导4～8个下级单位为宜，超过10个，由于组织协调任务太重便难以把握，因此，必须实行分层管理。在这种情况下，成立学院，建立校、院、系三级组织结构，实行分层管理，不仅可以减轻校长的负担，提高其领导效能，而且可以缩短管理跨度，降低学校业务管理重心，提高运行效率，节约教育资源。

在上述这些因素的影响下，到20世纪90年代后期，我国绝大多数规模较大的高等学校都建立了学院制，形成了校、院、系三级组织结构。