高校由于缺乏科学的成本核算机制与竞争机制，在制度安排上漠视了成本效益在高校经济运行中的重要性，造成办学成本高昂、结构倒挂，具体表现如下。

第一，高校行政成本近年来一直居高不下。随着高等教育投入的不断增加，高校的规模越来越大，高校行政部门和行政层级有增无减，加上受到物价上涨、社会收入普涨等因素的影响，高校人员经费和行政运行经费普遍增加。另外，尽管自1999年国务院办公厅召开第一次全国高校后勤社会化改革工作会议以来，全国高校后勤发生了深刻变化，高校后勤保障能力、运行效率和服务质量显著提高，但是由于受多方面制度的制约，部分地区和部分高校后勤服务模式落后、后勤保障的运行效率和服务质量还不能适应形势发展的要求。

第二，高校的成本结构中存在着投资“重物不重人”“重行政不重学术”的失调现象。目前，一线教学人员和科研人员的工资待遇与行政后勤人员没有明显差距，甚至出现倒挂。我国公办高校从2010年1月1日起实施绩效工资。实施绩效工资的目的，是把工作人员的薪酬待遇和个人工作成效密切挂钩，是排除“干多干少一个样，干好干坏一个样”顽疾的一个重大改革举措。但在高校行政化背景下，很多高校一线教师的地位和待遇实际上比行政管理人员要低。[18]这种情况与迅速发展的我国劳动力市场的现实形成强烈的反差，造成教师人力资本贬值、浪费，加剧了高校一线教学、科研人才的流失。

另外，高等教育资源共享不完全。随着高等教育的蓬勃发展，高等教育教学等领域出现了合作的趋势。相邻的学校间或“大学城”内开展合作，以实现资源共享。信息技术和互联网的迅猛发展使高等教育资源共享更加便捷。但由于现行高等教育的设置、布局、结构仍带有计划经济体制下的痕迹，总体上反映不出现实的市场选择和市场导向，很多高等教育资源如师资、课程、实验室及运动场地等不能共享或共享不完全，造成了不必要的浪费。甚至在同一所高校内，由于部门管理不规范，仍然存在着设备、实验室重复建设及教学和科研资源不能共享的状况。我国本身存在着高等教育经费投入不足的问题，而有限资源的共享又不完全，且又有许多花在了与教学、科研没有必然联系的方面，这就导致了高校人才培养成本的增加，使得办学效益下降。