虽然《高等教育法》明确了“多种渠道筹措教育经费”的高等教育投资体制，但由于高等教育投资体制的配套措施不完善，缺乏吸纳各种教育投资的鼓励性政策，导致大有潜力的民间资金投向高等教育的渠道不畅或受阻，高等教育资金来源仍然单一且不稳定，主要表现在以下几个方面。

第一，我国自20世纪90年代浙江、江苏等率先探索和试办二级学院（2003年，教育部把这种形式的高校规范为“独立学院”，以下对这类高校统称为“独立学院”）以来，独立学院十多年来取得了很大的发展，截至2010年3月25日，我国独立学院数量达到322所。由于多数独立学院是由普通本科院校和社会力量合办的，其投入主要是合作方承担或者以民办机制共同筹措，吸引了很多社会资本投入高等教育，为实现高等教育高起点快速发展提供了强有力的支撑与保障。但是由于独立学院的法人、产权等重大法律关系问题不明确，导致独立学院的举办过程中出现了许多不稳定的现象，影响了社会资本对高等教育的投入及独立学院的进一步发展。2008年2月，教育部出台第26号令《独立学院设置与管理办法》，按照要求，从2008年4月1日起，全国独立学院在五年内，符合条件的都要转设为独立建制的普通本科高校。但由于申请专设为独立设置的民办本科高校较少，加上对教育部独立学院规范验收政策有争议，五年后，教育部又把独立学院规范验收的最后期限延迟到2016年。[16]

第二，我国民办高校经费的来源渠道十分单一，学费收入占高校总收入的比重过高。2008—2012年，学费占总收入的比例在80%以上，举办方投入、政府拨款、捐赠、学校自营及其他收入的比例都较低。[17]而以学费为主要融资渠道的办学体制必然使民办高校失去其社会性，最终导致办学困难，民办高等教育的发展也将举步维艰。

第三，高校创收主要来源于校办产业、勤工俭学和为社会服务等方面，其他渠道进一步拓展的空间不容乐观。在我国高等教育经费来源的总盘子里，来自校办企业和高校的社会性服务收入的比例自20世纪90年代中期以来一直呈明显的下降趋势，进入21世纪以来，一直徘徊在1%左右。而社会捐集资经营收益用于教育的经费和捐集资收入的比例停留在1%的水平。总体而言，我国公办高校在除政府和学费两个主渠道外的筹资能力是极其有限的。由于经济环境、经营状况等原因，实际上创收能力真正强的只是少数高校，而且竞争日趋激烈，很难对学校的经费做出大的贡献。

第四，虽然包括个人、企业、机构等在内的社会群体对教育的捐赠已成为我国教育经费的来源之一，但由于我国社会捐赠的配套措施不完善等，捐赠的数量不多，占教育经费的比重较低且不稳定。近十几年来，我国高校社会捐赠占高校教育经费的比例一直低于1%，甚至超低位徘徊于0.5%左右。而且捐赠中有相当一部分是来自港澳台同胞和海外侨胞的捐赠，还没有成为社会对高等教育投入的一支稳定且强大的力量。