我国现行的财政分配关系中，高等教育的财权与事权是分离的，教育经费的预算没有单独立项。也就是说，我国高等教育经费的划拨权在财政部门和计划部门，高等教育的规划和政策制定在教育部门，这就导致了财权与事权的分离、拨款行为与政策调控的分离。在实际操作中，一方面，政府往往只根据财力状况来进行教育预算而不考虑高等教育发展的实际经费需求；另一方面，由于教育行政部门没有财权，所以就难以发挥拨款手段对高等教育发展的宏观调控作用，也难以扶持高校面向社会自主办学。我国实行的“综合定额+专项补助”的拨款制度虽然能够很好地体现政府对各个高校拨款上的公平，同时扩大了高校在经费使用上的自主权，但由于它无法体现高校之间在经费的使用效率和社会效益上的差别，因此难以反映新形势下各级各类高校经费需求的差别及其成本行为的变化规律。更严重的是，把在校学生数作为唯一的政策参数，势必刺激一些高校为得到更多的经费而不顾办学条件，盲目扩大招生规模，盲目追求学校层次的升格，从而影响办学质量。另外，政府的这种拨款方式对高校间竞争机制的引入不利。政府拨款基本上起到的只是“输血”的作用，而对高校提高成本效益、提高自主融资能力的激励不够；而且，政府拨款在缩小高校间固有的地区差距和历史背景造成的不平衡方面发挥的作用也不够。