1944年1月，高士其住进了广西桂林疗养院。经过几天的休养与调整，已经从疲劳奔波中基本恢复过来的高士其，又闲不住了，向党组织提出了工作的要求。党组织看到，随着生活环境安定下来，高士其的病情也有了明显好转，就根据高士其的申请与他的专业特长，决定在桂林成立一个食品科学研究所，请高士其担任研究所的所长和东南盟军服务处技术顾问。
这一天，东南盟军服务处处长孟用潜同志来看望高士其，商量筹办食品科学研究所一事，高士其将自己的两本科学小品集《细菌与人》和《抗战与防疫》送给他。第二天，孟用潜和董君有同志将根据高士其的意见拟定的冰箱、消毒用的高压蒸锅、蒸馏器、摇肉机，以及各种玻璃仪器的设备名单，送来给高士其过目。这些设备，除冰箱是从美国进口外，其余都是根据高士其的设计与要求订制的。有了这些设备，就为食品科学研究所打下了一个牢固的基础。一星期后，高士其被接到丽君路一间小洋楼定居。这间小洋楼就是食品科学研究所的所在地。食品科学研究所隶属于东南盟军服务处。
食品研究所一共有十个人，包括一个男工和一个女工。男工的任务是采购兼看门；女工的任务是厨师兼清洁工。一名医师，一名药师，其余六名是护士。医师的职责，在技术上，是高士其的助手；在行政上，是食品研究所的秘书。护士的职责，是照顾高士其的生活和工作。这不是一件简单的事情，高士其的一切动作，都需要人帮助，如穿衣、喂饭、洗脸、洗澡、大小便、上下床。至于走路、拿东西、写字等就更不用说了。
在高士其的主持下，食品科学研究所取得了很多骄人的业绩。首先是规模生产花生酱。花生酱的制法很简单，把花生仁去皮炒熟，再用铁制的摇肉机把它磨成酱，速磨两次，就会出油。这样制成的花生酱非常可口，把它放在消毒过的瓷罐里，包装起来，就可以运出去销售。花生酱实验成功后，桂林的几家工厂争相仿制，食品科学研究所也将在桂林的干部家属动员起来，参加生产。又进一步地扩大生产规模，新盖了厂房和员工宿舍，作为食品科学研究所的附属工厂。这样，不仅有源源不断的花生酱运往市场销售，将所得利润补贴生活，而且还以工厂为掩护，开展党的地下工作。
在制作花生酱之外，食品科学研究所还研制生产用蒸馏方法制成的枇杷露，对气管炎和咳嗽很有疗效，在当时也很受欢迎。还研制成用蜜枣生产的蜜枣糖，可惜未能得到大量生产。而高士其等倾注很多心血研制的啤酒，因为设备与条件等原因，没有成功。
在桂林这段时间，高士其抓住自己身体较好，身边又有人照顾的机会，开展一些力所能及的研究工作。首先是研究“科学字母”。最初是因为自己写字困难，想找到一种用字母来记录的速记法，以解决自己的实际问题。但他随即对语音学发生了浓厚的兴趣，希望能通过自己的努力，设计出一套能够代替难写难认的方块汉字的“科学字母”体系。高士其为此写了一系列文章，但在当时的战争环境下，很少有人注意到他的研究，更不要说重视了。后来高士其又研究过逻辑学，并且写了一部名叫《逻辑新符号》的著作，但也没有逃脱与“科学字母”同样的命运。
可喜的是，与高士其在九龙失散的谢燕辉女士，也辗转来到了高士其身边，为方便照顾高士其，谢燕辉决定与高士其结为名义上的夫妻。高士其非常感谢谢燕辉的好意，当得知自己的父亲高赞鼎也在重庆时，马上写信告诉父亲自己将要结婚的喜事。高赞鼎突然收到多年失去消息的儿子的来信，欣喜若狂，一边写诗表达自己的喜悦心情，一边准备到桂林去主持儿子的婚礼。父亲在诗中写道：
官斋正上灯，致邮来纲纪。睨见病儿名，宛然露柬尾。持翦急开之，失笑不自已。字势虽孱弱，文辞实渊美。频年艰辛状，历历陈一纸。语简情殊真，奉我以甘旨。兵氛此岁月，山川此父子。得书吾其仙，万金奚足抵。
这样，1944年6月4日，在父亲高赞鼎的主持下，高士其与谢燕辉结为夫妻。见到多年失散的儿子，看到儿子现在的生活被安排得很周到，父亲的心中有了安慰，一颗长期悬挂的心，也放了下来。高士其夫妇热情地挽留高赞鼎在桂林多住几天，无奈日本飞机经常到桂林来轰炸，国民党政府又下令疏散，高赞鼎不得不回重庆。临别时，父亲再一次关切地询问高士其的身体情况，嘱咐他要注意休息，保重身体，表示等形势稳定下来，就再来看望高士其，又对谢燕辉说：“辛苦你了，有空，你们一道到重庆来。”可谁也没有想到，这次却是生人作死别。就在这年冬天，高士其的父亲因病而去了。得到噩耗，高士其万分悲痛。1944年6月27日，衡阳沦陷，桂林随即开始紧急疏散。这时，有一位自称是高士其父亲密友之女的李忆梅小姐找到高士其，自愿来做他的护士。1944年7月1日，新婚未满一月的高士其夫妇在李忆梅小姐的陪同下，乘船沿漓江而下，抵达平乐县城。不久，广西省政府误信了“衡阳解围”的传言，竟严令疏散到平乐的省级机关一律返桂办公。9月6日，高士其等人只好乘船返桂。不料两天后形势突变，广西省政府下令第二次紧急疏散，而且期限仅为5天。
然而，就在高士其一家准备疏散的时候，一天夜里，桂林城外枪声不断，城内乱作一团，原来敌人使用的是诈降法，乘人不备，又发起了猛烈进攻。毫无戒备的国民党军队像潮水般退败下来，形势非常严峻。本来就生病的谢燕辉更是焦急万分。李小姐不在这里，谢燕辉服侍高士其睡下后，就自己到外面去看看能不能找到人帮忙。谁知，谢燕辉出去后，就没有再回来，后来得知，她心脏病发作，在动乱中病逝了。而这一切，第二天醒来的高士其一点也不知道，他喊了半天，都没见人来，只有外面的枪炮声回答着他的呼喊。直到中午，李小姐才回来。她一进门，就对高士其说，我们马上转移。说着就收拾东西，不论是值钱的还是不值钱的，一概全收，打成包袱。这时只听外面传来汽车的喇叭声，接着进来一位国民党军官模样的人。李小姐对高士其说，是来拉行李到车站托运的。高士其也就没有在意，反而在心里庆幸有这样一位父亲朋友的女儿，目送着李小姐与那位军官将行李一一搬出，眼里充满感激之情。
李小姐临走时对高士其说，托运行李的人很多，需要排队，可能要到傍晚才能回来。高士其点点头，表示明白了，意思是说，你放心地去吧。可等到晚上，李小姐没有回来，谢燕辉也没有回来。高士其饿了，可没有人来照顾他。他环顾四周，也没有留下任何可吃的东西。到了夜晚，又饿又担心的高士其，更面临着一场未曾想到的蚊虫大战。因为那位李小姐把蚊帐也收走了，不能动弹的高士其只能忍受蚊虫成群结队的进攻，很快浑身到处都是被蚊虫叮咬的点点包包。高士其像是突然明白了什么，陷入了深深的绝望之中，一切只有听天由命了！
咚咚！咚咚咚！突然传来急促的敲门声，高士其顿时精神一振，连忙用“啊啊啊啊”的喊声来回应。可外面的人好像没有听见，又敲了两下。情急中的高士其，一边“啊啊啊啊”地发出喊声，用竹杖竭力地敲击着床板，要让门外的人听见，一边不顾一切地从**滚下来，向门口爬去。门外的人一定是听到了里面的声音，不断地推门，但门锁着，怎么也推不开。“贻甲，贻甲！”高士其听见有人在喊自己的乳名，听出了是马宁的声音。这时，马宁捡起一块石头，砸开铁锁，破门而入。马宁快步上前将高士其扶起，高士其则竭尽全力同他紧紧地拥抱着。高士其得救了！是党组织，又一次使他死里逃生，转危为安。
马宁很快明白了所发生的一切，赶紧把高士其抱到**，就出去买吃的。马宁一边喂高士其吃饭，一边抱歉地对高士其说：“请原谅，是我们的疏忽，险些酿成大错。”高士其笑着说：“还好，书和稿子都在。”
原来，那个李小姐是个女骗子。在高士其成家后，虽然有妻子谢燕辉和李小姐照顾，党组织还是不很放心，就指定共产党员、青年作家马宁，经常到高士其家去看看。马宁是高士其的同乡，福建龙岩人，喜爱文学，创作有多部长篇小说。参加革命时，叫黄震村，意思是要在“村”里闹地“震”，后来学习了马列著作，又加入了中国共产党，在写作时，就给自己取了个笔名“马宁”。他解释说：“马克思的‘马’，列宁的‘宁’。”就这样，马宁成了高士其家的常客。就在前一天晚上，桂林危急，党组织指示马宁，要不惜一切代价，将新四军军长叶挺的家属和人民科学家高士其一家安全撤离桂林。
为了送走高士其一家，马宁用金条才在火车站买到三张桂林到柳州的高价火车票。当他匆匆赶到高士其家时，谢燕辉不在，他就把车票交给了李小姐，同时将党给高士其的两万元疏散生活费也交给了李小姐，如此这般地交代一番后，就赶过去护送叶挺的家属了。待送走叶挺的家属，马宁总是对高士其放心不下，特别担心高士其的身体，在这兵荒马乱的时候，很难挤上火车。这样想着，他不知不觉中加快步伐，向高士其家赶去，于是有了前面的一幕。
高士其终于获救了，马宁也向党组织检讨了在用李小姐时没有审查的错误。组织上充分肯定了马宁的工作，并决定暂时仍然由马宁继续照顾高士其。马宁的爱人王斯正好是当时桂林医院的内科护士长，他们夫妻便一起承担起照顾高士其的重任。他们设法弄到一条小船，将高士其从桂林撤出，来到平乐县，再从平乐到了昭平县。
昭平县城里的旅馆都住满了，经过党组织的安排，高士其终于在关帝庙住下了，马宁住在条件更差的孔庙。当马宁帮助高士其洗脚时，吃了一惊：高士其的脚后跟鲜血淋漓，袜子与肉结在一起，鞋垫也被染红了。原来，在坐小船时，要求每位旅客将鞋和袜子都脱掉，只能赤脚走在甲板上，因为到了晚上，甲板就是床铺。下船后，匆忙中的高士其，没有穿袜子，就穿了皮鞋，而从码头到昭平县城，有三个多小时的山路，高士其这样一步一步走下来，怎么能不血肉模糊呢！高士其看到马宁难过的表情与一脸自责的样子，就笑着对马宁说：“不要难过，没什么，很快就会好的。”说着，高士其为减轻马宁的负担，给他讲了一件事。那是几个月前，从广州向桂林转移的途中，因为要穿过日本人统治的沦陷区才能到达国统区，所以，高士其与黄秋耘一起，一路上装扮成舅舅与外甥，高士其因为不会说广东话，就装哑巴。从芦苞到清远，有上百里的路程，黄秋耘特意为高士其雇了一副滑竿，让高士其躺在上面，由脚夫抬着走。一路上走得快，滑竿颠簸得厉害，而高士其躺着时的背部，正好与躺椅的横栏相摩擦，但高士其没有吭一声，一直到清远，大家把高士其从滑竿上扶下来时，才发现高士其的背部已是血肉模糊，衣服都被鲜血染红了。所以，高士其对马宁说：“你看，脚上这点小伤，又有什么关系。”
马宁连忙与爱人王斯一起，用红药水给伤处消毒，又小心翼翼地用温水擦洗。看到高士其的脚后跟伤成这样，马宁爱人一边流泪，一边打开药箱，找出消炎药“伊克度”，准备给高士其敷上。这种药必须与凡士林调和成药膏才能敷用，但当时在昭平县城竟然买不到凡士林，王护士长灵机一动，想到当地人烧菜用的茶油也可以用，就用茶油替代了凡士林，将“伊克度”调成糊状，给高士其敷上，又用纱布包扎好。等他们忙完这一切才发现，高士其不知什么时候已经睡着了。
半夜里，高士其从睡梦中痛醒过来，隐隐约约感到脚后跟有什么东西在动，他以为是白天走路伤得太重，晚上静下来时才感觉很痛。但很快他就觉得不对劲，分明感到是老鼠在咬他的脚后跟，甚至还发现大胆的老鼠爬到他的身上，咬他的手指头。开始，高士其还能用脚动一动来吓一吓老鼠，后来老鼠仿佛知道高士其行动不便，更是大着胆子，拼命地撕咬，高士其只感到一阵阵钻心的疼痛。但高士其强忍着，没有喊，因为关帝庙里住了很多逃难的人，他们好不容易能够睡一个安稳的觉，高士其不忍心打扰别人，就只有自己受苦了，直到第二天早晨，马宁夫妻过来，发现被老鼠咬过的脚后跟，已是惨不忍睹，有肉的地方全部被老鼠咬光了，有的地方已经露出了白色的骨头，鲜血一直流到地上。目睹惨状，马宁夫妇泣不成声，后悔自己的粗心，给高士其招来这样大的痛苦。原来，都是茶油惹的祸，老鼠闻到了茶油的香气，就都跑过来啃吃。这回，又是高士其来安慰马宁夫妇了。高士其轻描淡写地说：“没有什么，不是只咬破点皮吗？”
住在关帝庙里的人知道事情原委后，都非常钦佩和同情高士其。一位妇女还用责怪的口气问道：“怎么没有人照顾他呢？他的家人都到哪里去了？”马宁告诉她：高先生的夫人在动乱中走散了，原来照顾他的护士又骗走了他的钱财，跑掉了。这位妇女越发同情高士其的遭遇，用严肃认真的口气说：“就让我来照顾他吧！”
说这话的妇女叫周行先，也是一位革命同志，她和她的爱人带着三个孩子，从上海逃难来到这里。党组织吸取上次李小姐的教训，对周行先同志进行了考察，觉得可靠，就决定由周行先和她的妹妹一起照顾高士其。马宁接到组织上新的任务，离开了昭平。临走前，按照组织的指示，在昭平的一个名叫黄姚的小镇，给高士其租了房子，让高士其暂时住下。