高士其从重庆坐飞机来到昆明后，党组织把他安排在惠滇医院。昆明四季如春，惠滇医院又是当地条件最好的一所大医院，党组织希望高士其能够在这里疗养一段时间。三个月过去了，高士其的病情仍然没有明显起色，党组织派护士护送高士其经开远、老街来到越南河内，再从那里坐船经过广州湾到香港。在海防港口，海关人员拒绝让高士其上船，因为他那时已经病得很重，骨瘦如柴，需要两人搀扶着才能行走，一副病危的样子。海关人员怕他死在船上，受到牵连，不论护士如何解释，就是不准上船，以至惊动了船长。船长用英语发问，高士其一看机会来了，也用英语回答。船长大吃一惊，没有想到病人能说一口地道流利的英语，顿时有了好感。高士其乘机将自己的情况简单地告诉船长，船长非常佩服这位有着坚强意志与毅力的中国科学家，两人愉快地交谈起来，成了好朋友，不仅没有赶高士其下船，而且还让高士其住进了一等舱。一场危机就这样戏剧性地解决了。

高士其到哪里，党组织的关怀就跟到哪里。高士其的父母都不知道儿子的踪迹，但党像母亲一样，安排着高士其的一切。在香港，党安排高士其住在大东酒家。车水马龙、灯红酒绿、纸醉金迷的香港，与延安比起来，有着何等强烈的反差啊！共产党人能够经受住延安艰苦环境的磨炼，也同样经得住香港花花世界的考验。高士其一住下，八路军驻香港办事处和香港党组织的负责人就先后来看望高士其了，这让高士其感到特别温暖与鼓舞，他在心里赞叹说：共产党真是了不起，哪里都有党的关怀，他原先担心的远离延安的孤独再也没有了。

高士其到香港已经是1939年的12月了，待稍稍安顿下来，新年将至，高士其越发想起在延安度过的两个新年，一次是见到了伟大领袖毛主席，一次是他向党表达自己渴望入党的心愿。如今他已经在千里之外的香港，延安的一切都好吗？毛主席、周副主席、朱德总司令都好吗？还有老朋友艾思奇、李公朴，“老大嫂”张若萍、“妹妹”苏菲、干女儿陈希，他们都好吗？高士其陷入了深深的怀念而不能自拔。他打开日记本，想把自己此刻的心情记录下来，可就是不能集中精力，仿佛周围有人在对他说话，有好多种声音在干扰他。原来，不断奔波下来，本来就很虚弱的高士其，终于病倒了！后来他回忆起这段经历，这样写道：

元旦，我正在写日记的时候，忽然听到有人在我耳边讲话。我回头一看，又没有人。这声音一会儿好像在隔壁，一会儿好像在楼上，一会儿好像在对房。同时，我的知觉失常，似乎有人在用魔术暗算我，因而病倒了。表叔把我送到广华医院去，刚出门，口水上涌，呼吸换不过来。在医院期间，我从窗口望见太阳，我于太阳忽然发生了一种热爱，从此天天都有奇迹出来。这种奇迹跟着我，时刻都有声音在耳边讲话……

香港党组织得知高士其的病情后，作出指示：全力抢救这位人民科学家。党付出巨额的住院费，让高士其住进了香港最好的医院——玛王利医院，并且是这家医院的特等病房——一人一间。

能够住进玛王利医院的，都是当时香港有钱有权有势的人，这里的医护人员也属于贵族阶层，视金钱为万能，与贫苦大众有着心灵与情感的彻底隔膜。他们对刚刚住进特等病房的高士其，还算照顾周到，但时间一长，知道高士其不是什么达官显贵，而是一个贫困潦倒的科学家时，态度有了一百八十度的大转弯，不仅没有了当初的热情与笑脸，而且连对病人起码的医德也没有了——不时地嘲笑、挖苦高士其，给高士其颜色看。十年前南京中央医院的情景又浮现在高士其眼前，他慨叹医院是富人的天堂、穷人的地狱。这样的情景，越发让高士其怀念延安的生活，那里虽然穷苦，但他有做人的尊严，有人与人之间的理解、信任与关怀，不像这里，到处都充满铜臭味。在这样的环境里，高士其的心情越来越沉重，病情也越来越严重，他自己也觉得自己真的不行了，对前来看望他的党的同志以及堂弟等人交代了后事：“我可能不行了，表叔这样厚待我，关怀我，我却不能为他做什么，非常惭愧，我对不起表叔。”医生和护士也准备将高士其送到太平间，已经通知在香港的高士其的堂弟高士模安排后事。然而，在昏迷了好多天后，高士其竟奇迹般地苏醒过来。

由于长期卧床，高士其的背上生出一个很大的褥疮，血肉模糊，粘在衣服上，动一动就钻心地疼痛，折磨得高士其无法睡觉。一天夜里，高士其不小心从**滑了下来，一个人多次努力，都不能爬上床去，索性睡到水磨石的地上。没想到，褥疮贴着凉凉的水磨石，有一种凉意直达心底，感到前所未有的舒服，在这凉凉的惬意里，高士其竟不知不觉地睡着了。直到第二天早晨，医生护士来查房，他都没有醒来。看看睡在水磨石地上的高士其，再看看舒软的床铺，他们怎么也想不到高士其为什么有床不睡，而是草率地认定高士其的脑子有毛病。那些势利的早已不愿服侍高士其的医生护士，终于找到了驱逐高士其的借口，不容高士其有任何分辩，以他发疯为由，硬是将他赶出了医院，送往香港精神病院，关进一间监牢似的病房里，受尽痛苦。党组织得知后，迅速与香港精神病医院取得联系，通过多次交涉，终于将高士其从精神病院营救出来，在九龙租了一间楼房，让高士其暂时住下。

离开了玛王利医院和香港精神病医院，重新获得自由的高士其，没有医疗，但随着心情的舒畅反而病情有所好转。党要给高士其再找一家条件较好的医院，被高士其谢绝了。他说，能和同志们在一起，比吃什么好药都强，他希望能够回到同志们中间。党组织经过认真考虑，在病情有明显好转的情况下，听取了高士其的意见，暂时不去医院，但为保险起见，仍然给高士其派了一位护士，照料他的生活。这位护士就是谢燕辉，广东人。高士其不懂广东话，谢护士就做他的翻译。在党组织的关怀与谢护士的细心照顾下，高士其的生活慢慢正常起来，病情得到稳定，情绪越来越好，高士其又重新读书写文章了，开始在香港的《新建设》和《青年知识》等报刊发表宣传自然辩证法的文章。1941年，又出版了两本科学小品集——开明书店出版的《菌儿自传》和读书生活出版社出版的《科学先生活捉小魔王》。

然而，好景不长。1941年12月8日，日本偷袭珍珠港，太平洋战争爆发。就在这一天，九龙也遭到日本飞机的轰炸，很快就传来日本军队进攻九龙的炮声。一向平静的九龙市民顿时慌乱不堪，纷纷逃离家园，寻求避难。12月12日，九龙沦陷。党组织在香港召开了新形势下党的工作任务的紧急会议，当党的负责人问起高士其的情况时，大家都说不上来。党组织马上指派黄秋耘同志赶往九龙，了解高士其的情况，尽快将高士其安全转移。可是，日军对香港与九龙间的海域进行了军事封锁，直到12月25日，香港沦陷后，才恢复通航。黄秋耘火速赶到高士其的住处，没有进门，就闻到一股刺鼻的臭味。他顿时感到不妙，高士其一定还在这里。推门进去，只见一遍狼藉，废纸废物满地都是，简直没有下脚的地方。再看**，好像躺着一个人，却没有一点动静。“老高！老高！”黄秋耘箭步冲上前去，高声地呼唤着，又用嘴唇吻吻高士其的前额，有体温，才稍稍放下心来。

昏迷中的高士其仿佛在做梦一般，他隐约感到有人在叫他，在推他，就是不清醒。直到有人吻他的前额时，那温暖的气流才把他从梦境中唤醒，慢慢睁开眼睛，慢慢看清有熟悉的面孔在自己面前。黄秋耘看见高士其有了反映，对他说：“我是黄秋耘，黄秋耘呀！”高士其的眼睛突然亮了起来，泪水夺眶而出，嘴里“噢噢”地叫唤着。黄秋耘把高士其紧紧地搂在怀里，不停地说：“我来迟了，你受委屈了！”

高士其怎么会落到这样的险境呢？原来，日本军队占领九龙的时候，照顾高士其的谢燕辉正好外出有事，不知道什么原因，就没有再回来，也许是被逃难的人流冲到了别地，找不到回家的路，或者是被困在什么地方，失去了行动自由。谢燕辉出去时，虽然曾经委托过同楼的人帮助照顾一下高士其，可在这兵荒马乱的时刻，大家各自逃命，又哪里想得起来呢！幸亏一位老太太，因为年老体弱，走不动，不愿意逃走，就留了下来。一天，老人在楼道里听见“噢噢”的声音，就大着胆子走过来看看，发现高士其躺在**，已经奄奄一息了，原来高士其已有三四天没有吃任何东西了。好心的老太太实在看不下去，就烧了稀饭，一口一口地喂高士其吃，终于救了高士其一命。在残酷的战争情况下，老人连照顾好自己都有困难，还要照顾高士其，真是太为难她了，又哪里有时间与精力给高士其打扫房间呢！黄秋耘非常感激这位老太太，拿出钱送给老太太，表示一点心意，没想到遭到了老太太的拒绝。她说：“我照顾高先生，又不是为了钱！”黄秋耘明白了，这是多么好的一位老人呀。他连忙收起钱，向老人深深地鞠了一躬：“谢谢您，老人家！”老人快乐地笑了。

高士其得救了，但整个香港都在日本军队的控制下，对一切抗日活动采取严厉打击的白色恐怖政策，香港已经不是以前的香港了，党的活动受到很多限制。党组织已经决定，将一些重要的文化人，如邹韬奋、茅盾、高士其等，马上转移出香港，送到由共产党领导的广东东江抗日根据地。邹韬奋、茅盾已经乘小船从水路到了广东，高士其因为身体原因，行走不便，用同样的方法偷渡，有很大的风险。党组织分析了高士其的情况，认为他在香港一直没有露面，很少有人认识他，只要能混上轮船，还是比较安全的，决定让他乘轮船走。这个任务自然又落在黄秋耘身上。

高士其假装成黄秋耘的舅舅，黄秋耘扮作高士其的外甥，外甥护送病重的舅舅到广州看病，这样一路蒙哄过关，终于安全地到达广州。黄秋耘马上在码头附近找到一家西壕旅店，赶紧扶高士其进去休息。刚进房间，旅店的老板跟了进来，紧紧盯着高士其，警惕地问黄秋耘：“他得了什么病？”黄秋耘说：“老毛病，胃病。”老板摇摇头，不信，突然对黄秋耘说：“先生，对不起，请你们尽快离开这里，我们不能让你们住这里。”黄秋耘感到很奇怪，就一再向老板说明，舅舅病重，已经坐了很长时间的船，非常累，需要休息，就住一个晚上。但老板就是不同意，坚持把他们赶了出来。原来，香港一带正在流行伤寒和霍乱等传染病，凡是从香港过来的旅客，都要进行严格检查，有健康证和防疫证。尽管高士其两证齐全，但高士其的形象就最有说服力。而日本人规定，如果在旅店里发现一个传染病人，这家旅店就必须关闭。老板不敢冒险，所以坚决不肯收留高士其。黄秋耘没有办法，只好扶着高士其再去找旅店。

这时已经是下午四点多了，距六点戒严的时间不到两个小时，但黄秋耘接连跑了几家旅店，不是满了，就是不愿接受，直到五点半了，还是没有着落。像这样一步一步地走下去，就是到明天早上六点，也很难找到旅店。黄秋耘急中生智，找来一辆黄包车，这样寻找起来就快多了。在多次碰壁后，黄秋耘想到了教会医院，也许可以一试，因为病人就得住医院呀，而教会医院一般讲究博爱与声誉，不大会拒绝病人。果然如黄秋耘所想，他们马上找到了一家名叫“博济医院”的教会医院，给高士其以“高贻甲”的名字挂了急诊，比较顺利地住了进去。

正当黄秋耘和高士其松了一口气时，一位戴眼镜的女医生走过来，对高士其说：“Doctor　Gao？”

高士其和黄秋耘都懂得英语，突然听到有人用英语直接叫出“高博士”，大吃一惊，尤其是黄秋耘顿时紧张起来，因为在战争环境里，什么样的意外都有可能发生，是不是有人认出了高士其？是不是也明白高士其共产党员的真实身份？经验丰富的黄秋耘马上敏捷地将女医生拉到一边，警惕而又不露声色地问她怎么认识高博士。原来是虚惊一场，这位女医生是高士其在美国芝加哥医学院的同学，那时他们就认识了。但高士其与那时候的变化太大了，以至于在见到高士其时，觉得非常像，却不敢直接相认。这位善良友好的同学一直很佩服高士其的求学精神与顽强毅力，如今相见，慨然相助，以医生的名义，在病历上写下了“同意住院”四个大字。

住院单送到院长手里，院长却没有马上签字。根据战时规定，住院病人还要过一关——政审关，就是审查是否是共产党或抗日激进分子。这位日本院长对这位舅舅与外甥投去了十分不信任的眼光，用英语询问那位好心的女医生：“他们可靠吗？会不会是共产党？”黄秋耘顿时明白了，抢在女医生回答之前，也用英语对院长说：“他是我的舅舅，胃病复发，来势凶猛，连忙赶到贵院治疗。”

院长吃了一惊，这位青年说一口流利的英语，很有学问的样子，心里不仅有了几分喜欢。一路装哑的高士其，眼见时机成熟，突然开口说话，而且说的也是一口纯正的美国英语。这让日本院长大吃一惊。他怎么也没有把这个瘦小病弱、奄奄一息的病老头放在眼里。尽管高士其说话很困难，但还是能听得懂。他说他们刚从香港过来，路上胃病复发，痛苦难耐，还请院长关照，提供方便，以减轻病人的痛苦。院长看他们讲得在理，用语礼貌得体，已经有了好感。再想到共产党都是一伙土生土长的土包子，哪里有说英语的共产党，于是彻底放松了警惕，愉快地在住院单上批示：“同意住院，住特等病房。”

广州当时是日本占领区，黄秋耘根据广州地下党的指示，将高士其送到广州北面的清远，再经曲江，送到韶关，从那里出发到桂林养病，桂林当时是国民党统治区。高士其仍然假装成哑巴，黄秋耘扮成他的外甥，一路上历经艰苦，终于又回到了山清水秀的桂林。