1868年1月11日午夜11时左右，蔡元培出生在浙江省绍兴府山阴县城笔飞弄内的一个商人家庭里。蔡元培乳名阿培，入塾时，按字辈取名元培。原字鹤卿，及治小学，以“鹤卿”二字庸俗，乃自字“仲申”,并改“鹤卿”作“崔顾”为号。1902年创办爱国学社时，又自号曰“民友”。迨1904年主编《警钟日报》,乃取《诗经》中“周余黎民，靡有孑遗”两句中各一字，改号为“孑民”,自兹一直沿用。此外，还用过“蔡振”“周子余”等笔名。①

蔡元培青少年时代走的也是传统的举业道路。虚龄6岁那年，家里就为他延师授读，13岁开始学作八股文，1883年17岁考中秀才，结束10年私塾教育，开始自由阅读。1886年入浙东著名藏书楼“徐氏铸学斋”,帮助校勘藏书6年，得以博览众书，开始形成泛览百家、兼收并蓄的治学风格，所作的八股文也打破传统旧规。受龚自珍文章的影响，为文奇古博雅，常以古书中通假之字易常字，以古书中奇特之句法易常调，表现出深厚的文字功底，他在1889年的浙江乡试中考中举人，就以“怪八股”而闻名。②翌年，赴京参加会试，中式为第80名贡士；1892年又赴京补应殿试和朝考，名列二甲第34名进士，授翰林院庶吉士；1894年春，应翰林院散馆考试，升任翰林院编修，登上科举道路的巅峰。

1894年中日甲午战争爆发之后，受民族危机的刺激及维新思潮的影响，蔡元培终于冲破传统的樊篱，开始由一位旧式士大夫向新型知识分子转变，在阅读中国古书之外，广泛涉猎西学书籍。据蔡元培《日记》所载，他在1894—1899年里所读的有关西学图书多达百余种。这些图书除介绍外国史地、政治、战史外，其中不少属于自然科学方面的书籍，内容涉及声光化电以及医学、算学、天文、地质等诸多领域，表现出蔡元培对文化本身的极大兴趣和兼收并蓄的态度。在寻求如何救国自强问题上，蔡元培并不十分认同当时康有为、梁启超等维新派发起的自上而下的变法维新运动，批评他们“不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌”③。他认为只有从培养人才、开发民智着手，才能自强救亡。1898年10月15日，在戊戌政变发生后不到一个月，蔡元培便告假，携眷离京，回到南方从事新式学校教育，先后担任绍兴中西学堂监督、嵊县(今嵊州市)剡山书院院长、上海南洋公学特班总教习、上海中国教育会会长、爱国学社和爱国女学校长等职。

在20世纪初年的兴学活动中，蔡元培还因有感清朝政府的腐败和卖国，一度秘密从事反清革命活动。1904年11月，他在上海发起创立光复会，任会长。翌年加入中国同盟会，任上海分会会长。但蔡元培并不是一位职业革命家和职业政治家，他的秉性正如他本人自谓“性近于学术而不宜于政治”①,在革命活动遭受挫折和得知清廷将派送翰林院编检游学东西洋的消息后，他便“为之心动”②,于1906年8月回北京销假，呈文学部，申请赴德留学，称：“窃职素有志教育之学，以我国现行教育之制，多仿日本。而日本教育界盛行者，为德国海尔伯脱派。且幼稚园创于德人弗罗比尔。而强迫教育之制，亦以德国行之最先。现今德国就学儿童之数，每人口千人中，占百六十一人。欧美各国，无能媲者。爱有游学德国之志。”③

在1907—1911年留学德国期间，蔡元培对西方文明表现出浓厚的兴趣，他在莱比锡大学注册的是当时国内尚不被重视的哲学专业，3年中所修课程总计40门，平均每学期几近7门，课程的范围很广，从哲学到文学，从心理学到美学，从民族学到比较文明史，从美术史到自然科学发展史，几乎涵盖了所有的人文学科。④课余，蔡元培还从事学术研究活动，翻译出版德国哲学家泡尔生的《伦理学原理》,另在国内《教育杂志》翻译发表《德意志大学之特色》和《撒克逊小学(国民学校)制度》,介绍德国的教育制度，并运用西方学术方法和观点研究中国传统伦理学，撰写出版《中学修身教科书》和《中国伦理学史》,为融合中西学术和思想做了初步尝试。

蔡元培在清末年间的中西求学经历及其短暂的翰林革命家生涯，为他此后成为中国现代文化界一位学贯中西、熔冶中外新旧于一炉的大师奠定了基础。进入民国之后，蔡元培虽然继续游走在政治与学术之间，亦学亦政，既为政界中人，又为学界中人，但蔡元培在政治上始终不属于核心人物，他的从政生涯只是为他从事文教事业提供了可利用的名望和条件。