从1900年美国出兵中国、镇压义和团运动，与其他列强一道参与勒索庚子赔款，至1909年美国正式退还部分庚子赔款，用于派遣中国学生留学美国的近十年时间里，正是柔克义具体参与制定和执行美国对华政策的时期。因此，他完整参与了美国退还部分庚子赔款的全过程。

1900年北京发生义和团运动后不久，柔克义即被任命为美国派往中国的专使，8月29日抵达上海，随即前往北京以公使参赞和顾问的身份参加辛丑和约的谈判。1901年2月，他被任命为美国全权代表，直至9月7日和约签订，离华返回美国，亲历了有关庚子赔款问题的谈判。

在北京外交团讨论赔款问题过程中，作为门户开放政策的实际制定者，柔克义为确保清政府的生存和发展，当时就极力贯彻美国政府的主张，反对列强过度勒索，强调赔款不应超出清政府的偿付能力，损害中国的行政和行政改革能力，危害中国的独立和完整。②1901年5月7日，当北京外交团决定向清政府提出总数4.5亿两的赔款联合照会时，柔克义以这一赔款数目过高而持保留态度，指出“绝不应把照会中提到的赔款额看成向中国的索赔要求，或要求中国对支付这一赔款额做出任何许诺，这仅仅是将其送交全权大臣，使他们能够就中国偿付能力的限度以及准备采取的偿付办法做出正式表示”③。而在当日写给国务卿海约翰的报告中，他明确表示列强提出的这一赔款要求超出了清政府的支付能力，“必须对赔款总数做大量的削减”,认为现在就提出最后向中国要求的赔款总数“还为时过早”。①为挫败列强提出的这一赔款要求，柔克义甚至于7、9两日分别致电美国驻南京和汉口领事密告两江总督刘坤一和湖广总督张之洞，希望经由中国全权谈判代表提出困难以达到削减赔款的目的，指出“总督应通过中国全权大臣力陈他的观点。美国将尽力阻止这一赔款要求而使中国避免陷入持久的财政困难。我们宁愿清政府实行行政改革和增加外国贸易优惠政策，而不要大笔的现金赔款”②。在愚蠢的清政府答应列强的赔款要求之后，柔克义仍然做最后努力，呼吁列强降低赔款，他在5月22日的外交使团会议上建议外交使团就是否同意对赔款做任何削减进行表决，指出虽然中国政府承认了4.5亿两的赔款，但当初我们提出这一要求只是一个假设性的数字，因此我们不能就此把它理解为要求中国偿付这一巨额赔款的一个承诺。③

1901年9月《辛丑条约》签订后，由于各国申报的赔款总额高达4.6亿多海关两，比和约规定的4.5亿两多出1000余万两，因此各国继续就如何分配庚款问题举行谈判。在此过程中，柔克义继续建议美国政府指示驻华公使康格转告其他列强，在将赔款数削减至4.5亿两之后，美国愿意做进一步的削减，假如其他列强——包括英国在内也按比例削减的话。④但由于其他列强的抵制，柔克义的这一建议并没有得到落实，经过多番商讨，至1902年7月列强仅就内部如何分配4.5亿的赔款达成一致意见，而无意做进一步的削减。

在庚子赔款数额尘埃落定之后，对于列强因“镑亏”问题而与清政府发生的争执，柔克义又坚定地站在中国一边，坚决反对列强在庚子赔款中因银价跌落而产生的亏损即“镑亏”问题要求清政府负责补偿，批评列强提出的庚子赔款还金的要求和理由完全不能成立，极力支持清政府的还银主张。1902年6月22日，柔克义以一位当事人的身份，就此问题专门给国务卿海约翰撰写了一份冗长的备忘录，详尽地叙述了外交团确定庚子赔款数额的经过，具体驳斥了列强提出的还金要求是没有根据和不公正的。他指出：当初清政府接受4.5亿两的赔款，很明确这是中国方面的一个赔款总数，并且与以往的赔款一样，均以银为付款单位；而列强提出4.5亿两的索赔要求，也是列强在计算各国的损失和考察清政府的各项财源之后提出的一个总的赔款额，并且也是以银为计算单位的。在此过程中，没有任何证据表明中国应承担列强因银价跌落而造成的可能损失；因金银比价波动所造成的损失，只能由《辛丑条约》第6款中确定的1901年4月1日的固定汇率予以保证。①他还亲自草拟国务院致康格的电文指示，要求康格在与其他列强谈论还金还银问题时坚持美国所持赔款还银观点的同时，表示美国将不会盲从其他列强的要求；如果中国将这一问题提交海牙国际法庭裁决，美国将予以支持。②此外，柔克义还一再鼓动清政府在还金还银问题上坚定立场。在读到6月9日伦敦《泰晤士报》有关庆亲王奕助、盛宣怀承认还金的报道后，柔克义立即劝说清朝驻美公使伍廷芳建议清政府将这一问题提交海牙国际法庭公断，统一清朝内部在这一问题上的意见，与美国保持一致，以免其他列强反对美国对《辛丑条约》第6款条文的解释；声称即使庆亲王表达了不同的意见，但在清政府采取进一步行动之前，美国仍将坚持自己对第6款所做的解释。③

在愚蠢的清政府接受列强的还金要求之后，柔克义为缓解因“镑亏”问题给清政府所造成的进一步财政压力，转而推动由美国率先退还部分庚子赔款，从而达到促使其他列强一同退还的目的。1904年12月6日，他为国务卿海约翰草拟了一份提交国会的关于退还部分庚子赔款的备忘录。该备忘录指出：“经调查，美国公民在义和团时期所遭受的损失以及美国军队的开支并非最初估计的那么多。鉴于这一事实，以及中国目前的财政困难和我们过去也曾向中国归还过超出的赔款，向国会提出这一问题是我的职责。我们宣布退还超出部分的赔款有望减轻中国沉重的债务。如果这一建议获得国会的批准，我建议授权行政部门通知清政府，此后美国只要求赔款总数的一半，随后安排中国与其他列强解决这一问题。”①

1905年4月在被国务院任命为驻华公使后，柔克义为早日促成此事，在来华前夕就如何归还部分庚子赔款征询梁诚的意见。②1905年7月12日，在海约翰病逝后第五天，柔克义又在中国立即写信给罗斯福总统，希望他早日解决退还庚子赔款超额部分的问题，实现国务卿未遂的心愿，声称在过去的几年里，海约翰经常与他说起这件事，每次谈话最后他都这样表达他的意见：我们必须找到某种方式将这一公正的事情付诸实施。但这件事在国务院并没有任何文字记录，只是海约翰和我之间的多次讨论，因此，“提请您关心这件事是我的责任，也是对海约翰的纪念。相信以您的智慧，您能够决定以某种方式完成海约翰这一愿望”③。在这封信中，柔克义还再次以当事人身份，将他去年起草的提交国会的关于退还部分庚子赔款的备忘录附寄给罗斯福，并进一步指出就美国在庚子事变中的实际损失和战争费用来说，美国即使退还庚子赔款的75%也不为过。

对此，罗斯福在8月22日写给柔克义的回信中虽然表示中国发生的收回粤汉路权和抵制美货运动极大地妨碍了他向国会提议退还庚子赔款的决定，但同时明确承诺在清政府取缔收回粤汉路权和抵制美货运动之后，他本人将会解决这个问题，并声称无论是在移民问题还是在赔款问题上，他比任何一个总统更愿意公正地对待中国人。①在柔克义说服清政府平息抵制美货运动之后，罗斯福即兑现承诺，授权国务卿罗脱与清朝驻美公使梁诚商议退款之事。1907年6月15日，罗脱正式照会梁诚，通报美国政府将豁免庚子赔款超额部分。12月3日，罗斯福在递交国会的咨文中正式要求国会批准他退还庚子赔款超额部分。1908年5月，美国参众两院通过决议，正式授权罗斯福总统在适当的时候以适当的方式向中国退还1075余万美元庚子赔款。

综上所述，退还部分庚子赔款的决定虽然最终是由美国政府做出的，但柔克义作为亲历庚子赔款谈判的当事人和当时美国对华政策的实际制定者和执行者，无疑在其中起到了关键作用，是美国政府内主张退还部分庚子赔款的积极推动者。