1903年9月，清政府裁撤矿务铁路总局，将所有路矿事务划归新成立的商部办理。而商部作为清政府兴办实业的中央机构，在铁路方面的政策，基本上是在总局的基础上加以改进的。

商部接办路矿总局后，铁路方面所做的第一件事是重订铁路章程。商部认为，1898年路矿总局制订的《矿务铁路公共章程》存在许多缺陷，不能适应新的形势，于是就在这一年的12月初，另行颁布《铁路简明章程》24条，宣布华洋官商禀请开办铁路均应按照本章程办理，其有援引前定铁路章程与现在相背者，概不准行。与《矿务铁路公共章程》相比，该章程在不少地方有所改进，其中对洋商的限制就比原章程严密。如该章程规定，如有华洋商向各省督抚请办铁路者，应由该督抚查明此路确于中国商运有所裨益，且于现行章程不相违背者，方能咨会本部办理。这就是说，洋商申办铁路，地方督抚如认为对中国商运无益，可不予批准。章程还规定，无论华商请办铁路附搭洋股，还是洋商请办铁路，均须由商部和外务部核准，如有华人与洋商私订合同，以请办之路抵借洋款，或于开办后将该路工程私售于他人者，一经本部觉察，或由地方官查明，除将路工充公注销全案外，且视案情轻重予以处罚。《铁路简明章程》对华洋在铁路集资中的比例，也做了改变，不再允许华三洋七，明确规定集股总以华股获占多数为主，洋股以不逾华股为限，并且不得在洋股之外另借洋款，如有违者，一经查实，随时注销撤办。同时规定，洋商请办铁路，无论集股若干，总须留出一半股额任华人随时照价附股。①

商部代表清朝政府，力图行使对借款官办铁路的监督权和管理权。1904年7月，商部责备各管路大臣，疏于职守，奏请清廷批准，咨令督办铁路大臣、关内外铁路大臣、云贵总督、江苏巡抚、办理潮汕铁路候补京堂、两湖总督、云南巡抚，要求他们将历年办理铁路情形，包括工程起止、各项出入用费、工程师及华洋员役人数、薪工职业等，造具图册，上报本部，“以期有利与兴，有弊与革，其最要者莫如使铁路公司早一日清偿路款，即中国早一日收回路权”②。两个月后，商部再次上奏，令各管路大臣逐年按季填造表谱图册呈报本部，如再迁延拒不执行者，则“由臣部据实奏明，用以副朝廷整饬百度之至意”③。同时经清廷批准，率先向盛宣怀的铁路总公司开刀，派员会同盛宣怀调查他所办路矿出入款项。④

作为对借款官办各路和各省商办铁路行使监督权和管理权的一个重要措施，1905年10月，商部奏请，仿照商务议员之例，由本部选派路务议员，遇有公事，径行呈报本部核办，或由本部差遣调查。次年4月，商部遵旨颁布《路务议员办事章程》12条，规定路务议员的选派，一是由各该管路大臣及督办铁路的地方督抚在三个月内将在路供差各员，造具履历清册，出具切实考语，咨送商部择优录用；二是在商部章京及新学堂毕业的学生中由商部直接挑选。至于各省自办铁路公举之总理、协理及华工程师等，也由商部直接访察任派。章程赋予路务议员的职权十分广泛，举凡材料之良梏贵贱，工程之优劣得失，用人之能否称职，运输之能否利便，岁出之如何能搏节，岁入之如何能增益，均由路务议员统筹并顾，随时径报本部核办。①1906年3月和7月，商部先后两次选派正太铁路总办记名道潘志俊，京张铁路总办候补道陈昭常、京张铁路正工程司候选道邝孙谋和詹天佑、关内外铁路总办候选道梁如浩，以及代理潮汕铁路事候选道张步青、山西铁路局会办志森等为路务议员。②

与此同时，商部还注意全国铁路线的规划和铁路轨制的统一。1903年冬，商部在《铁路简明章程》中就规定，两轨相距须以四英尺八寸半为标准，以与现行之路一律。1905年年底，因各省申办铁路大增，商部专奏厘定铁路轨道，指出有关钢轨距离之尺寸，桥梁承受之能力，开凿山洞之大小，造作车辆之高宽，以及车底挂钩之形式，均宜各路一律，以免轨辙不一，不相衔接。③次年5月，商部又奏请各省修筑铁路，应统筹规划，破除省界，由各省疆臣先行选派工程测绘人员标明本省干路和支路，最要之路和次要之路，已造之路和未造之路，再由商部参酌厘定成各省路线全图，此后各省官绅即根据商部所绘全图分别缓急，指明段落，次第兴办，避免出现“参互复沓，骈拇枝指”现象，保证“支干相继，脉络相贯，他日全国路成无虚糜之工程，有周行之利”。④

在采取何种方式兴办铁路问题上，商部极力提倡商办。1903年9月，商部在成立伊始即表明拥护铁路商办的立场，宣布对商办铁路公司如同其他的商办公司一样，随时维持保护，并表示不用官督商办名目，也不另派监督总办等员，以防弊窦。⑤稍后，商部在《铁路简明章程》中规定，华商请办铁路如系独立资本至50万两以上者，由本部专折请旨给予优奖，如招集华股至50万两以上者，俟路工告竣，即按照本部奏定之十二等奖励章程核办。在此同时，商部还支持全国性的收回路权运动，不顾西方列强的阻挠和抗议，鼓励各省士绅、华商成立铁路公司，筹款自办，以防利权外溢。在商部的大力提倡下，商办铁路盛极一时，自1903年至1906年，由各省将军督抚会同绅商筹办而经商部核准的铁路公司有川汉、滇蜀、西潼、洛潼、粤汉、黑龙江、吉长等路，由各省绅商士民集股自办而经商部代奏者则有江西、安徽、浙江、福建、江苏、陕甘、山西、广西、广厦、潮汕、新宁等。①而尤为重要的是，这一时期商部对奏准的商办铁路还多加保护。如商部尚书载振在请准侨商张煜南筹办潮汕铁路折中就吁请明降谕旨，令两广总督和广东巡抚谆饬该处地方官出示布告，晓谕沿线居民，俾知开办铁路，原为兴商便民之举，有关办理勘路、购地、运料、兴工等一切事宜，该地方官均应随时妥为关照，即便将来路成之后，也仍须认真保护，“不得以事属商办，稍存漠视之意，致拂舆情”②。再如当华商陈宜禧经办新宁铁路遇到地方劣绅干涉揽权时，商部即出来替他说话，态度坚决，表示“决不令邑绅干预路权”,声明附股士绅，“均照公司律股东权限办理；若并未附股者不得干预公司事宜，以清界限”。③并于1906年2月予以立案奏准，称“该职商陈宜禧请办新宁铁路，自行修筑，洵足创开风气，保全利权，于路政、商务均有裨益。……俟全路工竣，应请照章奏请奖励，以资观感”④。

很明显，商部的铁路政策，无论是加强中央对铁路的监督和管理，还是提倡商办，目的都是要收回路权，促进路政的统一，同时推动铁路事业的发展。但在清末封建政治体制之下，商部的这些政策也没有得到很好的贯彻。

首先，商部推行的中央集权政策便因地方督抚和不同权力派系集团的阻挠而步履维艰。开始时，盛宣怀的铁路总公司和各管路大臣无视商部的权威，对商部的指令不予理睬，商部很难行使监督权和管理权。后来，商部虽然借助国内收回利权运动的浪潮，迫使盛宣怀辞去铁路总公司督办一职，但权力却又落到北洋大臣袁世凯的手上。袁世凯除自任关内外及津浦铁路大臣外，举凡盛宣怀借用外债所筑或拟筑的各路，包括芦汉、沪宁、广九、汴洛、正太、道清、苏杭甬、浦信等均由他的一位得力助手唐绍仪一手接管。袁世凯是一位怀有政治野心的人物，他虽然在削弱盛宣怀的权力中曾与商部联手合作，但他的目的是要取盛宣怀而代之，将铁路作为培植个人势力的工具。因此，当商部试图通过奏派路务议员加强对借款官办各路的控制时，袁世凯即以这一举动侵越地方督抚权力为由表示反对，说什么“部中为立法之地，非行政之地，部员为中央议事之人，非地方办事之人”,责问路务议员隶属商部，“则置管路大臣于何地”。①由于袁世凯的反对，商部只好在《路务议员办事章程》颁布两个月后遵旨对有关路务议员的选派和任免的规定加以改动，将路务议员的隶属关系变为双重隶属关系，既隶属于商部，也隶属于各管路大臣或地方督抚。②这样一来，商部统一路政的政策就遭到重大挫折。

其次，商部的铁路商办政策也不能始终如一地贯彻，它不仅遭到西方列强的抵制和破坏，而且还因清朝统治集团内意见不一而受掣肘。譬如在收回利权运动中，商部站在华商和地方士绅一面，态度积极，往往不顾中外条约、合同及其他有关章程的限制，支持各省铁路公司不认洋股，不借洋债，集款自办。但外务部以及具体负责路权交涉官员的态度则不同，他们在有关收回路权问题上比较谨慎，往往屈服于西方列强的压力，倾向于在中外条约和合同的范围内切实行使中国主权。而像盛宣怀、张之洞、袁世凯、唐绍仪等清朝要员也不认为完全拒绝外商投资铁路是明智之举，他们在路权交涉中并不重视商部的意见，更多的是根据自己的判断行事，只对皇帝负责。对此，商部因权力所限，鞭长莫及。它积极提倡的撤退铁路外资、改归华商自办的目标，因西方列强的反对和清朝有关官员的妥协让步，大多未能实现，如粤汉、津浦、沪杭甬等，依然受中外条约或合同的限制，维持借款的局面。①又如商部曾支持湖南成立商办铁路公司，但在老臣张之洞的反对下，商部的奏请也未能得到清廷的批准，而仍维持官督商办。②

检讨1903—1906年商部的铁路政策，几乎无不带有强烈的民族主义色彩。这些政策的出台，对20世纪初年收回路权运动的兴起和各省商办铁路公司的大量涌现起到了积极作用，并在一定程度上促进了中国近代路政的统一。但商部的政策在推动中国铁路事业的发展上却表现得软弱无力。虽然这一时期各省铁路公司一个接着一个成立，但雷声大、雨点小，实际修筑的铁路里数少得可怜。在1906年邮传部设立之前没有一条完工，到1911年才总共筑了401英里(1英里约等于1.609千米)的铁路，仅占当时中国铁路总长度的6.92%。③因此，笔者认为，商部的商办铁路政策在政治上确实产生过非同寻常的影响，它几乎使全国的士农工商都来关心铁路问题，唤起人们保护路权的意识，但在推动铁路事业发展上并没有取得预期的效果，甚至可以说是失败的。