新政改革未能挽救清朝统治的另一个原因是，清政府在存在严重争议的情况下启动政治改革，实行预备立宪，这不但打乱了清末新政改革计划，而且诱发和激化了清朝统治集团内部的权力斗争，并最终葬送了整个新政改革事业以及清朝的统治。

由于政治改革涉及权力的再分配，自预备立宪启动以来，清朝统治集团内部在新政初期达成的大体比较一致的改革共识即趋瓦解，各派围绕政治权力的再分配展开激烈斗争，政潮迭起，且愈演愈烈。1906年9月中央官制改革甫一启动，袁世凯就有意借官制改革机会，裁撤军机处，按照立宪国家成立责任内阁，由拥护他的政治盟友庆亲王奕助出任国务总理，自己做副总理大臣，以此达到控制中央政府的目的。但此方案传出后，立即遭到王文韶、鹿传霖、瞿鸿機、醇亲王载沣等官员的坚决反对，部院弹章蜂起，甚至慈禧太后本人也大为震怒，结果设立责任内阁的方案胎死腹中。1907年春、夏之间，东三省官制改革又直接导致清廷内部发生轰动朝野的“丁未政潮”。以岑春煊、瞿鸿機、林绍年为首的汉族官僚不满直隶总督兼北洋大臣袁世凯勾结庆亲王，借中央和地方官制改革之机扩充个人势力，联合御史赵启霖等人，以杨萃喜案参劾庆亲王贪庸误国，引用非人，亲贵弄权，贿赂公行，结果导致袁世凯的亲信、黑龙江巡抚段芝贵遭撤职、查办，庆亲王之子载振被免去农工商部尚书一职。袁世凯和庆亲王联手部署反击，先以广东有革命党人起事为由，将岑春煊排挤出京，由邮传部尚书调任两广总督，继又贿买御史恽毓鼎，参劾军机大臣瞿鸿襪“暗通报馆，授意言官，阴结外援，分布党羽”,致使瞿鸿機遭革职，后又设计诬陷岑春煊结交康梁二人、密谋推翻朝局，致使岑春煊再遭开缺；同时，林绍年也被赶出军机处，出任河南巡抚。

“丁未政潮”从1907年的4月一直延续到8月，长达4个月之久。虽然最终以奕助和袁世凯的获胜而告终，但预备立宪政治改革引发的权力斗争并没有因“丁未政潮”的落幕而归于平静；相反，以“丁未政潮”为契机，清廷内部的权力斗争之火重新点燃了。“丁未政潮”平息后不久，富有统治经验的慈禧太后就进行权力的再分配，为抑制庆、袁二人权势，9月4日以明升暗降之策，将袁世凯调离北洋，削去袁世凯的兵权，任命袁世凯为军机大臣兼外务部尚书，同时将另一位汉族重臣、湖广总督张之洞调入北京，任命张之洞为军机大臣兼管学部；而在此之前的6月19日，慈禧太后乘罢黜瞿鸿機军机大臣之机，任命醇亲王载沣在军机大臣上学习行走，以此达到既制衡庆亲王、袁世凯权势，同时又加强中央和皇族集权的一箭双雕的目的。

1909年摄政王载沣上台执政后，清朝统治集团内部围绕预备立宪政治改革而展开的权力斗争更趋白热化。为防止袁世凯在将来宪政改革中通过攫取责任内阁总理大臣一职控制朝政，摄政王载沣在一部分满族贵族和汉族官僚的鼓动下，于1909年1月2日下达上谕，彻底剥夺袁世凯的权力，以“足疾”为由，将袁世凯开缺，令其“回籍养疴”。在打击袁世凯势力并尽一切可能排除汉人在中央权力的同时，摄政王载沣还进一步将权力集中在以他本人为首的满族亲贵少壮派之手。他不但自任陆海军大元帅，训练一支由他亲自统率的禁卫军，而且还任命他的亲弟弟载洵为筹办海军事务大臣，载涛和贝勒毓朗掌控凌驾陆军部之上的军咨处，打击妨碍他集权的其他满族贵族，先后解除当时清廷中两位最具干练之才的满族官员铁良和端方的职务。载沣撤除铁良的训练禁卫军大臣和陆军部长职务，将他外放为江宁将军。端方则在直隶总督兼北洋大臣位上，因在慈禧出殡场合所犯的一个小错误而遭到革职。

因政治改革所引发的清廷内部权力斗争，一方面导致清末预备立宪政治改革严重走样，毁坏了清末政治改革名声和实际效果，同时也削弱了新政改革的领导力量，致使摄政王载沣执政末年呈现出“朝中无人”的景象，缺乏一个坚强有力的领导核心。至1911年皇族内阁成立前夕，军机处只有军机大臣奕助、毓朗、那桐、徐世昌四位人物，根本无力解决改革中出现的问题。另一方面，因政治改革引发的权力倾轧还严重激化了清朝统治集团内各派政治势力之间的矛盾，增加了统治集团内部的离心力，特别是瓦解了作为清朝统治支柱的满汉官僚政治同盟关系，由此给清朝统治带来灾难性后果。当辛亥革命爆发后，手握北洋军权的汉族官僚大臣袁世凯没有像曾国藩当年镇压太平天国农民起义那样对付武昌起义，继续维护清朝统治，为清末新政保驾护航，反而与南方革命党人谈判、妥协，逼迫清帝退位。而清朝的满族亲贵们也因清末的权力斗争彼此猜忌、交恶，不能合力对付革命，而是自谋出路，各奔前程。清朝统治就这样在众叛亲离中轰然倒塌，这不能不说是预备立宪政治改革所产生的一个恶果，诚如一位清人评论所说，所谓“革命之事，仍诸王公之自革而已”①。