1641年（清崇德六年）黑龙江诸部先后被清国征服。

皇太极称帝时，黑龙江领域还有一些从事渔猎的部落。这些部落的语言与清国相似，“携之而来，皆可以为我用”（《清太宗实录》卷21）。为此，他将先后归附的达斡尔部、瓦尔额部、虎尔哈部、索伦部等归附人口编成他录或随军迁来，或留居原地，给予田舍用具。但1638年，索伦部又反清自立。清军于1640年大败博尔博果兵，攻克雅克萨城。第二年在奇洛台（赤塔）生擒博尔博果木，将索伦部男女编人“八旗”，为“新满洲”，赏给衣服、布匹。

在此期间，清兵又先后征服乌札拉、尼满、阿库里等部。

皇太极征服漠南蒙占后，随即派遣使臣去漠北喀尔喀蒙古的三大汗处议事，1638年，土谢图汗、车臣汗、札萨克图汗均遣使来清朝贡，并规定每年进贡白马八匹、白驼一只，称为“九白之贡”。清朝由此不再有后顾之忧了，得以全力进攻明朝。