1375年（洪武八年）10月，明廷下诏定都指挥使司制。

原先，京师、行省皆设都卫指挥使司，以节制各方面。至此下诏命“改在京留守都卫为留守指挥使司，在外都卫为都指挥使司”。设置了13个都指挥使司（简称“都司”）：北平、陕西、山西、浙江、江西、山东、四川、福建、湖广、广东、广两、辽东、河南；又设置了两个行都指挥使司：甘州和大同；俱直接隶属大都督府管辖。云南平定后，又增云南、贵州二都司。

都指挥使等官员掌管一方军政，执掌练兵、屯田、军器、漕运等。遇战事奉中央之命征调，事平后则各归本部。