明初沿袭元制，设中书省掌管行政，大都督府掌军政，御史台掌纠察。后来，朱元璋作了全面改革。

政治制度方面，首先调整了地方机构。1376年，废除行中书省，在全国先后设13个承宣布政使司。洪武几年，全国分设浙汀、汀西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山两十二个布政使司，十五年增设云南布政使司。每省置左右布政使各一人，掌管地方民政和财政；另没提刑按察使司管刑事，都指挥使司管军事，合称“三司”。“三司”互不统属，分别秉承朝廷意旨办事，从而使地方权力更加集中于中央。

布政使司下有府、县两级地方政府，设知府（直录州相当于府，长官为知州）和知县（一般州县相当于县，长官为知州）。各级地方官吏均由中央任免。

由吏、户、礼、兵、刑、工六部分管全国行政。每部设尚书一人、（左右）侍郎二人，直接对皇帝负责。另设殿阁大学士，以备顾问。这样集大权于皇帝一身，使皇权空前高涨。

军队方面，建立起一支一百八十多万人的常备军，按卫、所制度编制起来，驻扎全国各地。112人组成一百户所，1120人组成一千户所，5600人组成一卫，军官分别为百户、千户、卫指挥。兵士平时归卫所操练、屯惋，战时由兵部调遣，由皇帝任命的总兵官统帅。战争结束后，将领缴印回任，官兵各归卫、所。1380年，朱元璋将大都督府分为左、右、前、后、中五都督府，分掌兵籍与军政，但无调兵权。这样，兵部、都督府、总兵官都不能单独掌握军权，军事大权进一步集中到皇帝手中。

1382年，朱元璋改御史台为都察院，长官为左右都御史，下没监察御史和巡按御史，代表皇帝巡察各地。全国最高司法机构是大理寺，负责审理案件。刑部、大理寺和都察院分典刑狱，合称“三法司”。

经过改革、行政、军事、监察机构彼此独立，又相互牵制，最后由皇帝统一指挥。一切权力集中于皇帝手里，中国的封建专制制度发展到了顶峰：