在朱元璋不断紧收皇权的过程中，其遇到的最大阻碍便是与他一起征战沙场的淮西一派众多开国功臣。这些人从朱元璋最初起事开始，便陆陆续续加入了朱姓队伍，其既有赫赫战功在身，又堪称当今帝王的生死弟兄，所以在建立了大明王朝的稳固基业后，难免会骄奢**逸、恃权无恐。而这正是朱元璋最为担心且最不想看到的。为此，找个机会彻底铲除淮西勋贵，便成了朱元璋的心头事。
淮西一派因为在开创天下的过程中多有战功，因此在立国之后，他们大多都成为了当朝的显贵和重臣，并且手中掌握着大量的财力、人力和兵权。又因为这些人与各地卫所将领的关系非同一般，所以在消除外患之后，朱元璋开始担心起军士之间的袍泽关系。此时，他需要找一个典型对象下手，最终，朱元璋选定常遇春的妻弟，蓝玉，并由此制造了大明王朝历史上非常知名的蓝玉案。
蓝玉是定远人，也属于淮西一派，他先后跟随常遇春、傅友德、徐达行军作战，其不但有着显赫的战功，并且与淮西一派的诸多有名将领关系都很好。洪武十年（1377年）八月，朱元璋命沐英为征西将军、蓝玉为都督，二人合力统兵西征。蓝玉作战十分骁勇，他曾活捉西番酋长，并斩杀番兵数千人，缴获良马两万多匹，牛羊十万多头。二人班师回朝时，朱元璋率领文武众臣到城外去迎接，并为沐英和蓝玉双双封侯晋爵。洪武十四年（1381年），沐英与蓝玉共同征讨南方。洪武十六年（1383年），蓝玉奉旨还师，沐英则留守云南。洪武二十年（1387年），朱元璋又命蓝玉与大将军冯胜北伐征辽。冯胜因贻误战机而受到朱元璋处罚，蓝玉因此被临时任命为统兵，全权负责征辽事宜。这一战，蓝玉收伏敌众十万余人，并且彻底平定辽东地区。从此开始，蓝玉真正掌握了军中大权。
洪武二十一年（1388年）四月，蓝玉奉旨出征北元。此次战役又一次大获全胜，朱元璋大喜，遂下旨褒奖蓝玉，并晋封为凉国公。一时间，蓝玉声名鹊起，并被朝中众人视为可与汉朝名将卫青、唐代名将李靖齐名的大英雄。洪武二十三年（1390年），西番再次叛乱，蓝玉奉旨前去剿灭，又全胜。回京后，朱元璋再一次对蓝玉大加赏赐，其风头一时无两。躺在功劳簿上的蓝玉，此时似乎已经忘记了心中应该有所忌惮，他自恃功高而失礼放纵。
据记载，蓝玉在北征回师兵过喜峰口时，只因为守关将吏开关稍慢，蓝玉便纵使麾下军士毁关而入。在云南征战时期，蓝玉还命家丁私贩云南盐上百万斤，明目张胆地违反盐法的有关规定。在京城，蓝玉仗着自己劳苦功高且家财丰厚，蓄养家奴数千人，且经常发生欺压百姓的事情。老百姓不得已去御史面前告状，御史本欲出面进行调停，不想却遭到蓝玉及其家奴的毒打。不仅如此，蓝玉还根据自己喜好而擅自提拔、贬谪军中将领，甚至还曾放纵个人**欲而私占北元主妃。如此种种行为，其实早已经被朱元璋记在心中。朱元璋一方面念及蓝玉是淮西旧人，另一方面也略微忌惮他手中的兵权，因此也只是对其进行了适当的警告。在封爵时，原本该封蓝玉为“梁国公”，最终却只是赐号“凉国公”，一字之差，寓意却有着天壤之别。蓝玉并没有体会到朱元璋的深意，他不但依然我行我素，甚至还变本加厉地插手朱氏皇族事务。
皇太子朱标的王妃，是常遇春的女儿。从血源关系上讲，皇太子与王妃都要尊称蓝玉一声舅老爷。蓝玉倚仗此关系，对朱家皇权的最终归属尤为上心，甚至在背后还偷偷地嚼过燕王朱棣的一些口舌。从北方讨元回城后，蓝玉曾对朱标讲道：“燕王尽管有所分封，但他却一直有取代你而继承皇位的野心。我听算命之人说，燕王分封的幽燕之地有王气上升，此人不可不防。”不想蓝玉的这番话却传到了朱棣的耳朵中，朱棣暗藏心机，朱标在位时他一直隐忍不发。待到朱标一死，朱棣直接面圣把此事禀告给了朱元璋，并提醒父皇应该戒备权臣的“纵恣不法”。朱元璋本就对蓝玉的一些做法很有意见，又兼此事发作，于是他终于生起了铲除蓝玉的念头。
之后有一次，朱元璋命蓝玉率军出征。蓝玉带领诸将前去向朱元璋辞行后，朱元璋本打算让蓝玉暂留议事，而让其他将领先行退下。不想在他三次示意后，众位将领仍旧毫无反应。这时，蓝玉只是袍袖轻轻一挥，众人便纷纷离身。这一幕使朱元璋深受刺激，再联想到蓝玉独掌军中大权，如果此时不除掉他，日后恐成大患。于是，朱元璋心中渐渐有了盘算。
洪武二十六年（1393年）二月初八，蓝玉如同往常一样入朝面圣。刚刚见到朱元璋的龙颜，两旁的锦衣卫就冲将出来将其拿下。在之后的审讯中，蓝玉虽然对所有罪状一概否认，但最终还是禁不住锦衣卫的严刑拷打而招认画押。见一切罪证全部到手，蓝玉仅仅入狱三天，朱元璋便将其斩首示众了。
蓝玉之死，掀起了大明王朝的一场血雨腥风。根据蓝玉所招供的诸多线索，在当朝锦衣卫的严加追捕之下，只用两个多月的时间便牵扯出朝臣两万多人。五月，朱元璋命人把所有的审讯结果和笔录结集成册，取名《逆臣录》，共列有一公、十三侯、二伯的口供，以及数千人的主要供词。在经过审校核对无误后，一字不差地公之于天下。
蓝玉可以看作是开国功勋中的典型代表，同时株连出来的对象中有大量老臣名将的后代子孙，在被朱元璋全部作为“逆臣”诛灭后，众人心中皆充满恐惧。为了安抚百官，朱元璋声称此后办案均交由司法机关审理，不再动用锦衣卫。尽管如此，也再没有人敢肆意妄为。
此时，朝廷中掌握着实际权力的臣子已经为数不多，朱元璋正一一细数每个人对自己皇权的威胁程度究竟有多大，并开始了进一步清君侧的行动。