尽管朱元璋一直推行重用刑典的律法政策，但仍免不了有一些心存侥幸之徒冒着被砍头的危险来从事秘密交易。洪武年间暴发了一桩惊动天下的盗卖官粮案，朱元璋在处理此案时丝毫没有手软，在《大明律》的加持下，全国诸多官员被牵扯其中。
这桩盗卖官粮案的罪魁祸首，是当朝户部侍郎郭桓。当时，郭桓不但把国家官库中的粮食记在了自己名下，他更与地方官员相互勾结、共同作弊，其所涉及的金额十分巨大，甚至波及浙西四府及全国十二个布政司。朱元璋十分重视此案，下令将所有涉案人员一查到底。而最后禀报上来的官方审算结果显示，郭桓盗卖官粮多达七百万石。但其实真正的损失可能高达两千四百万石，如何追踪这些粮食的最终去向，以及如何填充官库缺口，这成为摆在朱元璋面前的最大难题。为了查明真相，朱元璋开始一级一级地顺藤摸瓜。
首先，如果要收受销售官粮的赃款，那么钱财一定源于各地的布政司。在对布政司的官员进行了一番问讯后，又牵出了一大批与之相关的府官。朱元璋又命人将所有涉及的府官全部羁押起来，逐个去追问赃款的来源和官粮的去向。通过这一番刨根问底的追究，又查出不少贪赃与贿赂的案件。最初，朱元璋下令让所有涉及此案的人员自掏腰包来补国库中的亏空，但这些官员也已经想好了对策。他们利用手中的权力，挨家挨户进行摊派，将补缴亏空的压力全部转移到了当地老百姓的头上，甚至一度形成了包赔赃款的社会景象。这一丑恶的行为最终还是传到了朱元璋的耳朵里，朱元璋一狠心下了一道铁令，命令各地的老百姓赴京面圣，亲自去揭发地方官的犯罪事实。不论牵连到多少地方官员和地主乡绅，只要老百姓能够据实禀报，朱元璋均一查到底。
朱元璋的这一决定可谓惊天动地，历史上还从来没有过大批老百姓进京城告御状的记载。《明史》中对这一案件的审理结果有详细的记载，其称，自六部左右侍郎以下，查明赃款多达七八万，讼词中涉及的官员最高可达省级和中央级别，而由此案件而被处死的人数多达数万人。单是由此获刑的人数已经相当令人吃惊，若要再具体追算起窝赃的人数，恐怕遍及天下诸地也无法计清。当时，已经有人向朱元璋提出建议，认为此案涉及人口数量众多，如果彻查到底，恐怕会坏了大明王朝统治的根基。朱元璋不但没有采纳此等意见，而是严令不放过任何一个可疑人员。待到案件结束时，全国范围内大多数家财殷实的人家因为或多或少的牵连而家道中落。
尽管这并不是一个令人十分满意的结果，但朱元璋却给自己重用刑典、严明律法的行动找到了十分令人信服的借口。他说，当初各个衙门相互勾结起来蚕食百姓的时候，如果能有一个人对百姓疾苦产生些微的恻隐之心，不与那些贪官污吏同流合污；或者当这些贪赃枉法的官员在向百姓强征赋税的时候，能有一个人因为心中还装着大明王朝的公平之心，拒绝在相关的公文上签字画押，亦或者以一封密奏直接上报朝廷，那么今日被查的所有官员都将不会得逞，朕的子民也不会受到如此伤害。并不是朕不分轻重而一律严惩，而是如果不这么做，才是真正伤害无辜。只是可惜，虽然我大明朝有如此严厉的律法，但每当有官员作奸犯科的时候，仍然少有人敢于出来阻拦、告发。令朕感到遗憾的是，这些人既然身为百姓的父母官，却没有对百姓的恻隐之心，反而是大家一起贪污腐败。那朕要这样的官吏有什么用！
朱元璋的这番话一出口，等于在很多人的心中投下了一颗沉重的石头。惩治贪官污吏，虽然在某种程度上会触动国家根基，但对老百姓来说却是一件大好事。其实，朱元璋也曾认真思考过如此处罚是否恰当，但接下来发生的事情却彻底打消了他的疑虑。
在郭桓案中，龙江卫仓官康名远曾因参与盗卖官粮一事而被处以了墨面、文身之刑，即在他的脸上和身上都纹上犯罪的标记。待到此事进一步发酵后，朝廷认为当初的处罚偏轻，又对其处以挑断脚筋和挖去膝盖的刑罚，随后仍让他留在本仓看管粮食。本来以为此人会改过自新，但仅仅在半年之后，有官员奉旨前来放粮，却意外发现早晨发出的筹码和晚上收到的筹码数量不对等。官员当面责问康名远其中缘由，这才发现康名远不改奸诈顽劣的旧性而偷取放粮筹码，并转手倒卖给同样因前事而受过刑罚的小仓官。放粮官把所见所闻如实禀报给朱元璋后，朱元璋不禁长叹一声，说：“当初对于郭桓案所施用的刑罚已经足够严酷了，朕以为天下之人会引以为戒，却没有想到如康名远这般人等还是没有停止作恶。像这样的人，还有其他办法惩治吗？如果没有，那么严刑峻法就是唯一的选择了。”
面对左右为难的情况，朱元璋仍选择推行重刑典的律法方针，酷刑也成为洪武年间最为显著的历史标注。根据记载，当时的酷刑中除了众所周知的凌迟处死之外，“有洗刷，裸置铁床，沃以沸汤；以铁刷，刷去皮肉；有枭令，以钩钩脊背悬之；有称竿，缚之竿杪，似半悬而称之；有抽肠，亦挂架上，以钩钩入谷道而出；有剥皮，剥贪吏之皮，置公座之侧，令代者见而儆惩”。如此种种刑罚虽然令人不寒而栗，但站在朱元璋的立场上，他既不能够放弃对整个国家的治理，同时又要防止因为严刑峻法而导致出现矫枉过正的现象，究竟该如何去平衡二者的关系，才能真正体现出一代帝王的气魄和胸襟？