为了达到监控众人言论的目的，朱元璋可谓用尽了心思。而他最为后世所知晓的手段，便是设立了一个特务机关，名为“锦衣卫”。
朱元璋在元至正二十七年（1367年）开始自称吴王，也正是在这一年，他首次设立了拱卫司。洪武三年（1370年），朱元璋将拱卫司扩充为亲军都尉府，分别掌握左、右、前、后、中五路卫军大权，对皇城实行特殊保护。1382年，改名为锦衣卫。在保证对皇权绝对效忠的前提下，锦衣卫内还设有法庭和监狱，具有独立于朝廷各部的特殊权力。史载，锦衣卫“专主察听在京大小衙门官吏不公不法及风闻之事，无不奏闻”。即是说，锦衣卫对朝廷大小官员都可以进行不受任何权力约束的监察工作，他们只听命于大明皇帝。因此，从一定程度上来讲，锦衣卫便是朝廷设立的一个特务组织机构。
朱元璋对自己一手办起来的这一特务机构尤为得意，他经常对人说：“朕有了这些人后，就好比普通人家养了一只恶犬，所有人都会因此感到害怕。”当时，出身于锦衣卫的知名特务首领有高见贤、夏煜、杨宪、凌说等人，他们以有效的暗中监听与及时的告发揭秘而受到朱元璋的大加赞赏。在如此高压的政策下，可以说没有人是绝对安全的。
高见贤有一次对朱元璋建议说：“当今在京城羁押的罪犯官员，他们一个个都自认有冤屈，岂能容这等贼民在京城久留？以臣看来，不如把他们都流放到边远荒芜之地，每人分配二十亩屯田，如此还可以给国家缴纳些粮食赋税。”朱元璋一听，觉得此建议甚好，随即马上命令高见贤施行。从表面上看，高见贤的这个建议也合理，但再一琢磨，其实也有惩罚过度的嫌疑。该旨令一经推出，京中官员无不提心吊胆，处处小心行事，唯恐不但乌纱帽不保，甚至还可能被流放他乡。久而久之，民怨也就逐渐累积了起来。之后，多名官员偷偷搜罗高见贤的犯罪证据，并交由杨宪向朱元璋举劾。高见贤一手策划的流放政策，最终还是用到了自己头上。当他被流放到屯田之所时，当初被他流放至此地的官员们无不指着他的鼻子咒骂：“此路是你开，今日到此来，这便是你罪有应得。”之后不久，高见贤便被屯田之人所杀，曾与他一起策划流放政策的其他人也都因为徇私枉法而受到了锦衣卫的弹劾。
当时，被朱元璋视为心腹的还有靳谦、何必聚、毛骧、耿忠、张焕、吴印、华克勤等人。在这些人的通力检校下，整个京城的戒备甚至做到了飞鸟都难以出入的地步。朱元璋有一次于夜间出皇城暗访，路上遇到了一队巡军的阻拦，带队者喝问道：“谁人敢于夜间私自乱走？”张焕却只答是“大人”。巡军队长怒道：“我单知道要负责捉拿犯宵禁者，却不知道什么大人。”张焕回答曰：“大人，当然是天下第一的大人，你也不必知道究竟是谁。你只需要知道我是检校官即可。”说完，张焕把随身携带的通行证交给对方查验，在对方确认无误后，朱元璋一行才得以放行。天子出城尚且如此烦琐，可疑人的行迹更是被追踪得丝毫不差。
朱元璋有一次派吴印去追查某位将官的家属情况，却得到了“有一个摩尼女僧曾经引诱将官妻儿前去敬奉西僧”的汇报。朱元璋听完之后，直接下令将此将官的妻儿及此摩尼女僧一并投水淹死了。这样的情况，在当时不过是极为寻常的监视结果。在锦衣卫的帮助下，朱元璋对所有臣子将领的一举一动都了如指掌，一时间朝廷内外无人再敢有任何隐瞒。朱元璋对皇权唯一性的维护可谓至极。但他似乎并不满足，想要把对皇权无私效忠的思想根植到人们内心深处。于是，他便生起了删改圣人经典的念头。
朱元璋在读书的过程中，发现“亚圣”孟子的很多言论其实都不利于维护皇权的绝对统治。为了让自己的所作所为师出有名，亦或者害怕天下有识之士以圣人言论来攻讦自己的不端行为，朱元璋便命刘三吾等人重新编写了一套《孟子节文》，从《孟子》一书中删去了“民为贵，社稷次之，君为轻”“桀纣之失天下也，失其民也；失其民者，失其心也”等具有以民为本的思想言论。为了避免读书人异议，朱元璋声称这些内容不会出现在科举取士的命题考试中，所以读书人不需要去阅读学习。
在编写《孟子节文》的过程中，还发生了一件至今听来都令人后背生寒的事情。当时，著名诗人钱宰被征召到朝廷参与编写《孟子节文》一书。钱宰在操劳一整日后回到居所，偶然起了诗兴，遂作诗一首，曰：“四鼓咚咚起着衣，午门朝见尚嫌迟。何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”这本来是一个文人闲来无事的自嘲之作，不想却被朱元璋拿在了手中。第二日早朝时，朱元璋半开玩笑地问钱宰，说：“你昨天的那首诗写得不错。不过依朕看来，那句‘午门朝见尚嫌迟’中的‘尚’字，若改为‘忧’，是否更能表达爱卿对朕的一片忠心呢？”钱宰一听，忙跪下请罪。朱元璋微微一笑，说：“朕不怪你，改了就好。”随之，朱元璋又转头问宋濂：“宋先生，朕问你，昨天晚上饮酒没有？”宋濂答曰“有”。朱元璋再追问：“都请了哪些人，吃了什么菜？”宋濂回答说：“请了御史、将军共八人，吃的是海鱼和山菜，共12道，一碗珍珠汤。”听到如此回答，朱元璋脸上才露出满意的笑容，说：“先生没有骗我。”这一句“没有骗我”，使得满朝文武心中暗暗惊恐，原来自己即便是回到家中，所有的一举一动、一言一行也都有锦衣卫暗中察录，细细想来，甚觉惊恐。
锦衣卫的无孔不入，在京城中造成了极大的心理恐怖氛围。洪武二十年（1387年），朱元璋大约也是意识到如此做法略有不妥，曾一度下令焚毁锦衣卫的刑具，将犯人移交刑部审理。洪武二十六年（1393年），朱元璋再次下令，一切案件都由朝廷法司处理，内外刑狱公事都不再允许锦衣卫插手。但这样的宽松政策并没有推行多久。俗话说，江山易改，本性难移。朱元璋嗜欲权力的本性并没有改变，于是不久之后锦衣卫又重新成为了当朝皇帝监察百官的爪牙，并且也成为整个大明王朝历史上最具神秘色彩的组织机构。