朱元璋最初在投奔郭子兴后，他很快就发现这支农民起义军是一支纪律相当涣散的队伍，并且常常有劫掠四方民财的现象。待到自己带兵打仗时，朱元璋便尤为注意对军队纪律方面的整顿。新招入伍的将士，不论是一贫如洗的农夫，还是当地大地主的武装力量，都必须经过严格的军事训练，使其明白军令如山。
为了达到令行禁止的目的，朱元璋不惜使出了杀鸡儆猴的手段。有一次，朱元璋带领一支刚刚收编的地主武装团队出军作战，军中有两名士兵因不听从命令而被当众斩首。从此，这支队伍中再没有人敢随意行动。待到朱元璋掌握了军事大权，并可以与其他起义军相抗衡时，他更加深刻地意识到一支军队的纪律性在很大程度上决定着其作战的能力。他曾说，军队只有做到了号令统一，才能像鸷鸟搏击一样，让敌军巢卵俱覆。如果号令不一、人各二心，那么必然会贻误作战的时机，从而只会节节败退，最终导致自己的灭亡。
与此同时，朱元璋也意识到军队纪律与民心得失之间的关系。他说，只有以严格的纪律来要求作战的军士，禁止任何贪行、暴行，才能让老百姓认同我们是一支正义的队伍。只有赢得了民心，才有可能进一步瓦解敌人的统治，壮大自身的实力。于是，朱元璋开始在军营中推行“申严号令，以戢贪暴”的政策。为了引起将士们的重视，他还与徐达特意上演了一出苦肉计。
一次出师前，在将士们都到场后，朱元璋竟然当着所有人的面开始数落起徐达带兵的诸多过错，并且宣布要按照军法对其严加处理。众人一时间都不知所措，李善长此时出面为徐达求情，并以自己的性命担保徐达日后一定会严守军纪，并且当日立下军令状取下镇江，以此功来赎罪。听到此，朱元璋怒气才稍稍消了一些。不过，他虽然免了对徐达的处罚，却严厉警告徐达及诸位将士，曰：“我从起兵之日起，从来没有滥杀过无辜人等。今日你们出兵打仗，也应该与我同心。从今后，出兵只允许缉拿敌方军士，进城之后不许烧杀抢掠。如果有违反这一命令者，以军法处置，再无赦除。”在得到众位将士“谨遵命”的回答后，朱元璋同徐达、李善长的这出戏也达到了目的。
为了加强军事纪律，朱元璋在军队中又推行了“行教化”和“明赏罚”两个措施。所谓“教化”，意在对所有军士进行战争观的教育。借用儒家仁义道德的说辞，使将士们深刻意识到自己所参与的战斗是在为民除害，而不是为了抢夺财物。在此基础上，对违规者严加处罚、对听令者有所奖赏，从而使得所有军士都能够自觉地遵守军队纪律。
在进行赏罚时，朱元璋还秉持着“必在至公”的原则，强调赏不避仇、罚不避亲。朱元璋所推行的这一套军纪军法，并不因为军士的身份而区别对待，即便是受降的将领在日后的作战中立有战功，也一样可以得到相应的奖赏。相反，即便是本军将士，如果触犯了军纪，也要对其处罚。在攻打高邮城时，曾有将士掳掠民女，朱元璋命将领冯胜查明此事后，将所有参与掳掠的军士全部依军法处置。在平定四川后犒劳将士时，杨瑕与赵庸二人虽然都有军功，但杨瑕此前曾经在潞州失陷过军马，并数次兵败城下，而赵庸则有不按统帅作战计划行军的前科，所以二人在得到本次作战的奖赏后，又因为之前的犯错而受到了处罚。
经过了长时间的纪律教育和赏罚警示后，朱元璋所带领的军队终于从一支混乱无序的农民起义军变成一支军容整肃、纪律严明、服从调遣、听从指挥的劲旅。史载，在此之后数次攻打敌军城镇的过程中，大明将士们已经可以做到“秋毫无犯”“市井俨然”。正是凭借这样一支深得民心的队伍，朱元璋彻底取代了军纪败坏、师行无律的元军的统治。
《尉缭子·十二陵》中有句话曰“亡在于无所守，危在于无号令”，朱元璋以令行军的做法使其坐稳了大明江山的帝王宝座。与此同时，他也培养起一支绝对效忠于自己的武装力量，使任何武将的权力都必须控制在律法之内，这从源头上制止了拥兵自重的局面。
加强对军权的控制，是朱元璋力保皇位的第一个手段。为了更好地加强对各个地区的统治权，并且保证地方官吏能够听命于朝廷，朱元璋决定在全国范围内推行分封制。
据统计，朱元璋共有子女42人，其中皇子有26位。除了长子朱标被立为太子、第二十六皇子刚满月便夭折外，其余24人均被封为王，派驻在全国各地，以绝对的朱姓血脉来统领地方。朱元璋既想要加强朱姓家族对大明王朝的绝对控制权，同时又对皇子聚集京城可能引起的权位争夺担心，因此，他做出了“夹辅皇室”的决定，将自己的皇子皇孙分封到各地做藩王，试图达到分散矛盾焦点和进一步实现中央对地方的绝对控制权的双重目的。
当时，皇八子朱梓被封为谭王，分封长沙。史载，朱梓敏而好学且善作文章，他在驻守长沙时经常召集王府儒臣饮酒作赋，这一番温文儒雅的形象受到当地百姓的交口称赞。尽管谭王并没有参与政治斗争的野心，但最后还是被卷入朝堂争斗中。时值朱元璋大兴党狱，谭王母亲族氏因胡惟庸案而被斩杀。朱元璋其实也知道谭王心不在党，所以本是派人召他进宫给予一些安慰，然而谭王却因为心思缜密而误以为父亲也要将自身株连，在使臣还没抵达王府时，谭王便携同王妃等人一起自焚而死。这件意外之事，让朱元璋隐隐痛心了很久。
朱元璋尽管子嗣众多，但在权力面前，人总是难以掩饰内心深处的渴望。即便亲如父子兄弟，也难免为了权力而争杀。谭王朱梓死后因无子嗣，其封地也被收回。
朱元璋兄长的儿子朱文正后来因为谋逆之嫌疑而被贬谪，朱文正最后郁郁而终，他的封地则留给了自己的儿子朱守谦。于此，大明江山的实际控制权仍然掌握在朱姓人手中。在大是大非、大利大欲面前，亲人之间的感情堪比纸薄。这大概也是帝王人家的无奈之处吧。