一介草莽的出身背景，虽然帮助朱元璋成就了帝业，同时也导致他在称帝后一些思想上的局限。
朱元璋在称帝后，尤其重视在国家治理方面的得失，这是因为前面小明王龙凤政权的覆灭、陈友谅父子和张士诚的祸根以及元朝的自取灭亡，这些事例给了他极为深刻的教训。因此，朱元璋在一统天下之后，一直着力于去改善百姓民生，力图为大明朝奠定百年基业。但是关于朱元璋在位时的所作所为，后世人却有着大相径庭的评价。尤其是在他晚年时候一意孤行而斩杀诸多开国功臣的做法，给整个明王朝的官宦留下了无法抹去的心理阴影。
为了巩固朱姓政权的统治，朱元璋先后进行了两次对文臣武将的大清洗活动。历史上最出名的胡蓝党狱，便是朱元璋为了清理淮西集团而发起的一场运动。有人认为，这只不过是朱元璋长期占据皇位之后鬼迷心窍的做法，人越上年纪，也会越贪恋人间的荣华富贵。这种看法并非全无道理，但若结合朱元璋整个帝王人生，就会发现他对功臣的杀戮，也不过是深埋在心中的庞大计划的一个阶段而已。
早在洪武七年（1347年），朱元璋就开始有计划地对有功之臣进行清剿。只不过当时受到迫害的大臣数量并不多，而且朱元璋此时正处于人生巅峰，所使用的方法也相对柔和。
在这段时间中，朱元璋先后杀害了两名比较重要的功臣，他们分别是淮安侯华云龙和德庆侯廖永忠。二人的罪名都是“违制”，意思是说这二人的所作所为与他们自身的官职并不匹配。
史书记载，华云龙因为“据元相脱脱宅第，僭用故元宫中物”，是说华云龙占据元朝宰相脱脱的王府，并且未经允许而擅自使用了元朝皇宫中的器物，这是僭越的行为。但史书中并没有详细说明华云龙究竟被处以了怎样的刑罚，而只是含糊其词地说其在归京的路上意外死去。朱元璋本意是想把华云龙召回朝中，并以何文辉代替华云龙的职位。这其中的关系十分微妙。何文辉本是朱元璋的义子，常年负责为朱元璋监督在外军将。功臣华云龙死因不明，朱元璋又派自己的嫡系前去取代其职，这一来一去中就给后人留下了许多猜想的空间。
廖永忠虽然算不上十分知名的功臣，但他曾为朱元璋办过一件无法对外人言说的事情，这便是在护送小明王韩林儿的路途上，他派人凿沉了小明王乘坐的船只。小明王一死，朱元璋就可以公开称王了。怎奈这是一件见不得人的事，所以廖永忠回城复命后并没有得到朱元璋的任何赏赐。在之后的征战中，廖永忠作战也是相当勇猛，立下的战功并不少，为此，朱元璋曾手书“功超群将，智迈雄狮”的匾额赐给廖永忠。然而，这样一位忠心耿耿的臣子，却因为“僭用龙凤诸不法事”而被当朝圣上赐死。并且，廖氏家族在之后五年的时光中一直被帝王冷落。虽然廖永忠的儿子最终袭承了他的爵位，但廖氏家族的悲剧并没有就此终结。廖永忠的孙子是方孝孺的弟子，后来奉命前去劝降方孝孺。怎奈劝降不成，方孝孺被诛杀。他曾去为老师收尸，因此而获罪被杀。
纵观朱元璋的种种行径，仿佛每一件事都可以细细琢磨出更多的原因。如果非要说他不仁不义，从人情是非上倒也讲得通。那些曾经和他一起征战沙场的兄弟，此时仅仅因为偶有僭越身份的行为就被诛杀，这只能说明朱元璋对他的皇位具有很强的保护意识。因为在他起兵的过程中，见识了太多臣子与皇王之间的权力对抗，朱元璋不希望，也不允许同样的事在自己身上重演。所以他宁可错杀一切，也不能任由僭越的苗头逐渐蔓延成无法控制的熊熊大火。
朱元璋与众多将领都是贫苦百姓出身，他们之所以参加红巾起义军，也是因为痛恨官府的欺压。年少的英雄们也曾发誓，假以时日自己取得了天下，一定要做百姓的父母官，做个能够改天换日的人。朱元璋谨记着当初的愿心，所以在取得了天下之后，他对贪污、挪用、空印、倒饷等贪污腐败的行为最是痛恨，因此采用的刑罚也最严厉。即便是如傅友德、周德兴等功臣犯了此罪，甚至身边亲近之人如自己的驸马爷，朱元璋也从不讲人情。
采用重刑治理国家，虽然可以起到以儆效尤的效果，但也难免会出现一些滥用刑罚的现象。因此，对于“僭越龙凤”这样的行为，世人总会猜测这是不是朱元璋为保帝位而定下的莫须有的罪名。尽管朱元璋在《资世通训》中告诫文武百官要做到“勿欺、勿蔽”，但这究竟只是当朝皇帝给臣子们定下的行为准则呢，还是他自己也要以身作则，这些其实都是模棱两可的。在穿越了千年的历史迷雾后，再想要去揣度当年人物的心理亦非易事。
此外，在众多功臣之死中，唯独刘伯温的死显得很是平淡。在征伐天下的时候，刘伯温曾为朱元璋立下诸多奇功。早已经洞明了“功成身退，天之道”的刘伯温，在洪武初年就告老还乡了。日后的权力之争再怎么激烈，也不关他山野村夫一丝一毫的关系。但在《明史》的记载中却提到，朱元璋本来不想加罪于刘伯温，但却疑其与胡惟庸的离间有关系而剥夺了刘伯温的俸禄。刘伯温无奈之下只好谢主不杀之恩。至于朱元璋是不是受到了胡惟庸的蛊惑，不得而知。而刘伯温的后人在见到朱元璋后，从来不提及胡惟庸的问题，并且对自己父亲的人生结局没有任何看法。这样一来，又留下一个谜团。
至于朱元璋究竟是谨小慎微，还是心狠手辣，时过境迁，历史的真相究竟如何，这似乎只能成为人们的谈资。不论怎样，朱元璋诛杀功臣的史实不能改变，而朱元璋开创大明基业的史实也是有目共睹的。或是或非，权且留给大河滔滔一般的故事家们去演说吧。